三论宗的中心理论，是关于诸法性空的中道实相论，认为世间、出世间、有为、无为等宇宙间万事万物只是众多的因缘和合而生，所以无自性，无自性即毕竟空无所得。但是，为了引导众生，而用假名来说有，这就是中道。所以不离空而缘生的诸法历然可见，虽有假名仍是无得的中道实相。为了阐明这空无所得道理，更立有破邪显正、真俗二谛、八不中道三种法义。

    1.破邪显正。按照《三论玄义》的说法，三论的义旨，不外乎破邪、显正二途。破邪就是破“有所得”的观念，显正是显“无所得”的正确见解。但此宗旨是破而不立，即只破斥颠倒虚妄，别无所有，故破邪也就是显正。至于所破邪执可概括为四种：第一是外道，不明了人法二空道理而执著有实我实法，起种种邪见。第二是《毗昙》，虽已了达人空，而执著诸法实有。第三是《成实》，虽然了达人法二空，但仍没有除去偏空的情见。第四是堕于有所得见的大乘，虽除偏空仍执涅槃有得。又为令众生体会这个无所得理，于无名相中强立名相，用真俗二谛言教，来诠显它，仍为显明无所得空义。

    2.真俗二谛。三论宗从摄岭、兴皇以来，即以二谛为能说的言教。其根据是《中论·观四谛品》所说：“诸佛依二谛，为众生说法，一以世俗谛，二第一义谛。”又《百论·破空品》所说：“诸佛说法常依俗谛、第一义谛，是二皆实，非妄语也。”此等均谓二谛乃为引导众生而说，即为著空者依俗谛明有，为执有者依真谛明空；令体会超越有、空言亡虑绝的诸法实相理。从而二谛不过是说法教化上的方便，这叫做言教二谛。但此宗以无所得空为主旨，所以说二谛是言教，亦只适时而用的假设，不许执此说而堕于有所得见。

    3.八不中道。三论宗更依《中论》(卷一)详开不生、不灭、不常、不断、不一、不异、不来、不出等八不法门以明二谛之义。这就要从八个方面体会缘起性空的意义。本来分析种种邪执，不出生、灭、常、断、一、异、来、出的四双八计，其中生、灭、常、断是时间的计执，一、异、来、出是空间的计执，这些计执都和舍离妄见戏论的中道实相背道而驰，而众生都把它当作实在，以致堕于无因、邪因、断常等邪见之中，辗转迷执，不得出离。现在就对这些计执一一用“不”字来遮遣它，以显无所得中道实相。称为八不中道，这是破邪，从而也就是显正。

    在判教方面，三论宗以破一切有所得见为主旨，故说一切大、小乘经同明一道，以无得正观为宗，并无浅深优劣。但因一代佛教，原为对治众生的见执，因病授药，众生的根基不同，因而法门也有种种差别。如对二乘说《阿含经》，对菩萨说《华严经》等。由此，三论宗立二藏、三轮，以判一代佛教。其中，二藏是指《涅槃经》、《大智度论》、《中论》等经论所说声闻藏、菩萨藏，即小乘与大乘。正如吉藏在《法华游意》(第四《辨教意门》)中说：“佛教虽复尘沙，今以二意往收则事无不尽。一者赴小机说名曰小乘；二者赴大机说称大乘。而佛灭度后结集法藏人摄佛一切时说小乘名声闻藏，一切时说大乘者名菩萨藏，即大小义分，浅深教判也。”其次，为了防止二藏的教判堕于有所得，更依《法华经·信解品》说三轮的教判。三轮是：一、根本法轮，即《华严经》；二、枝末法轮，即从《华严》以后到《法华》之前一切大小经乘；三、摄末归本法轮，即《法华经》。佛初成道在华严会上纯为菩萨说佛所证一因一果的一佛乘，是一代教法的根本，所以称为根本法轮。但是，薄福钝根的机类，闻此一乘法门心生迷惑，所以于一佛乘分作三乘。而说诸小乘经乃至“方等”、“般若”等大乘经以陶炼调理。四十余年皆说此三乘之教，所以称为枝末法轮。到《法华》会中，根源已经成熟，能够接受一乘，于是会三乘的枝末，归于一乘的根本，称之为摄末归本法轮。