汉、魏之间，安世高、牟子博、昙柯迦罗、康僧会等人的忏悔思想，虽参杂著神异幻化事迹的载述，但那不是一般外道的神秘法术或道教忏悔的成仙成道，而是依於缘起与自作自受宿世因果业理之认识与实践，当时已有设羯磨、传戒律、烧香、礼佛、陈罪、忏悔、发愿等仪节，从史传文献上看，高僧禅师们虽不离於菩萨戒，都极为重视将具体的忏悔灭罪思想落实於生活的践履上，并不是在礼忏仪轨的建制上。
两晋的佛图澄、道安、支遁、郗超、慧远、鸠摩罗什等人，进一步将印度佛教的戒律精神、禅观思想、般若思想、净土思想等与礼忏仪轨合一。尤其道安制《僧尼轨范》、《佛法宪章》，为中国礼忏仪轨建立了标准模式；郗超综引经论所撰的《奉法要》，是在家居士进行忏悔的修行方便；慧远的《明报应论》与「誓愿文」，是一种结合弥陀净土与大乘菩萨愿行的忏悔思想；鸠摩罗什的现业誓愿，亦是般若禅观与忏悔的具体实践；隋唐之後忏悔思想与礼忏仪轨的蓬勃发展，大柢在两晋时代已奠定了扎实得基础。
南、北朝汲取两晋忏悔思想之资糧，慧芽应缘併发，大开忏悔法门，如竺道生、求那跋陀罗等，将禅悟思想、阐提成佛、禅观、戒律、涅槃佛性与忏悔思想作了归纳与会合；萧子良的《净住子净行法门》，俨然是一部忏悔思想的经典，故受到在家佛教徒的重视；梁武帝朝的君臣们悉大量制作忏悔文，并留下至今盛行不竭的《慈悲道场忏法》；陈文帝朝的君臣亦大量制造忏文，但篇幅短小，重视忏悔精髓之确实体证，与梁武帝形成强烈的对比；天台智顗更制作《法华三昧忏仪》等四大忏法，兼融显密思想，结合般若、佛性、禅观与忏悔，提出不少忏悔理论，为我国佛教忏悔思想之集大成者；其他宗派之间，各自皆依自家教义设制了大量忏悔仪轨；至於敦煌地区，亦见大量忏悔文的制作。由此观之，南、北朝大量忏悔仪轨的设立，除了敛摄僧徒心性言行、标显自宗教义以利於禅观修行之外，已隐然成为佛教之所以为佛教而区别於儒、道二家思想的重要象徵。
禅宗在南、北朝高僧大德们大量制作忏悔法门及实践忏悔的殊胜时代中，并未忽略忏悔思想，但他们是将禅观修行配合四卷《楞伽》而体现在二入四行的理论上。勉强而言，达摩的「报怨行」→「随缘行」→「无所求行」→「陈法行」即是忏悔仪轨，但它是质朴而简约的，理入与凝住壁观併行的；实质言之，其中含有「弃末返本」、「宿业果熟」、「甘心忍受」、「体怨进道」四层忏悔义蕴，这在中国佛教忏悔思想的发展史上是独绝奇特的。
慧可的大乘安心禅法，认为「身与佛等无差别」，将「安心」与「忏悔」结合为一；敦煌写本《二入四行论》中，强调自见心法王，由见自心以忏除罪业，自然解脱顿悟，这是不随言教、心佛不二、般若思想与安心方便的灵活实践。中唐宠居士亦可见自心法王忏悔的诗偈，但他的忏悔思想应是融合《金刚经》与南禅忏悔思想的进一步开展。
慧可与僧璨的事蹟虽然模糊不显，但从《二入四行论》、《宝林传》等资料视之，慧可以「汝将罪来，为僧璨忏悔」，他们「居不择地」的随说随行的忏悔思想，已与《维摩诘经》「随其心净，则佛土净」的不二无垢之无相忏悔合一，使得达摩的报怨行忏悔另开新路，成为由探讨「安心→觅心」的思维而切入「觅罪→持罪→忏罪→归依佛法僧三宝→是心是佛」的罪性本空思路之无相忏悔，它是不住内、外、中间的超越性如来藏自性清净心之灭罪，由灭罪清净而契於大乘安心禅法的内涵禅境中。
江南傅大士亦重视忏悔，但他「以心为王」，侧重於怨亲平等的忏悔，将未来弥勒的慈悲真心直接嘉惠於众生，结合了他力忏悔与自力忏悔，而落实於大乘菩萨六波罗的海蜜行的实践；他亲自捨身事佛，将一切财物身行皆布施於众生，如维摩诘居士之示疾说法一般，不二如如；怨亲平等，故超越般若与唯识，活用三论与天台，普化为体无体、缘无缘、俗无俗、真无真的无相济生忏悔。
道信的一行三昧与无相念佛忏悔，在禅修之外加入净土思想，成为禅者修行的新方便。他「择地开居，营宇立象」，置入菩萨戒、念佛与安心的大乘普贤忏悔，让禅弟子不再混迹世俗，使得禅宗心性思想的实践更为开阔，不再是默然无语或混跡世俗的报怨行忏悔，为弘忍般若禅、神秀与惠能的无相忏悔预铺新路。
牛头宗法融兼容了三论空义与天台三谛止观思想，灵活地实践「绝观」与「无心」而证真如「大道」，又融会维摩罪性本空与华严「我心自空，罪福无主」的思想说出兼具惕厲精进而无著罪福的「信心」忏悔，它不用一切外在形式的礼忏仪轨，接近於道信「观心无心」的普贤忏悔，又以「无方便的方便」超越道信的「念佛净心」，为弘忍的金刚忏悔预下根种。从宠禅师与佛窟遗则的资料视之，仍是法融信心忏悔思想的继承，在七世纪中叶至九世纪间的江南地区，进行著独异於东山法门金刚般若的禅法。
从达摩到法融，禅宗忏悔思想的形成与实践，都重视与大乘菩萨戒律、忏悔、禅观、清净、见性成佛思想的密切合一，他们没有像南北朝高僧大德般特别制作出庞大繁冗的礼忏仪轨或礼忏文，但在南北朝佛教礼忏仪轨盛行的大时代中，却屹然别立禅忏异风。
