现在的大慈恩寺位于西安市环塔路，在唐代是长安城的晋昌坊。

    大慈恩寺建于隋开皇九年(589)，初名无漏寺。隋代末年动乱，长安城里大部分寺院都衰落。到唐高祖武德初(816)，终于废弃。

    唐太宗贞观二十二年(648)，高宗李治在春宫当太子时，为了给去世的母亲文德皇后(即长孙氏)追荐冥福，下令在大明宫正南的无漏寺旧址重建寺院，以“慈恩”为名。据《长安志》记载，唐时的寺院是重楼复殿，云阁洞房，凡十余院，总一千八百九十七间。寺院南临黄渠，杏园，水竹森邃，风景之胜为长安之最。寺院建成后，皇太子又宣令度僧三百，别请五十位高僧大德入住。并请玄奘法师任上座，五十名高僧为助理。高宗永徽五年(654)，有旨度窥基为僧，窥基拜玄奘为师，住大慈恩寺，注疏释义，弘扬唯识学说。由于大慈恩寺地位高，寺宇广阔，中外高僧云集，成为当时中国佛教的高等学府，可与印度的那烂陀寺媲美。

    唐永徽三年(652)。玄奘为保存由印度带回的经籍，仿西域窣堵波之法，请建高三十丈的石浮图。这就是今天所见到的大雁塔的前身。(详见下章)

    总之，由于唐代社会风气比较开放，长安又地当丝绸之路的起点，是个开放型的国际大都市，因而与其他地方相比较，长安的佛寺更具有多重的社会功能和文化品格，不仅仅只是宗教的活动场所。特别是这些以大慈恩寺为代表的皇家大寺，地域广，院落众多，建造规格高，寺院经济发达。所以它的服务对象是整个社会。

    大慈恩寺是皇家寺院，所需费用由官府划拨，信众施舍只是其中的一部分。作为官寺，大慈恩寺承担了许多社会功能。根据皇室的需要，寺里经常奉命“为国祈福”，大臣阁僚来行香，僧众举行法事活动，为君祈福，为民祈福。这是国家政治活动的一个组成部分。寺内置有专门翻译佛经的国立翻经院，集中了许多精通外语的人才，又具有了国家文化事业单位的性质。除了翻译佛经之外，还奉命翻译其他文书，例如天文、医药等。东西方外国的传法僧、求学僧来长安，常常让住在这里，大慈恩寺又成了鸿胪寺宾客接待的处所和中外文化直接交流的地方。宗教活动、文化活动、娱乐活动和外事活动，这里兼而有之。对各阶层的人来说，可寄托精神，可开阔视野，也可以消闲观赏。例如，长安人都知道大慈恩寺还有两个特点：一个是牡丹花很有名，备见唐诗和唐人著作；另一个就是“戏场”。据《南部新书》记载：“长安戏场多集于慈恩，小者在青龙，其次荐福。”当然，这里所说的“戏场”，指的是杂耍表演的场所，和今天戏场的概念完全不同，和庙会有类似的地方。

    唐末五代，战争频繁，经兵火破坏，寺院、塔亦沦荒废。宋时，寺宇废毁殆尽，唯一塔俨然。元代，史志未见记载，寺内仅存经幢一块。明成化二年(1466)，对寺院进行了一次大的整修。明万历甲辰(1604)，对塔又重加修葺，安装了阶梯，可登临各层。清康熙、乾隆、光绪间都有重修，大都补缮旧塔破殿，保存古迹而已。现在的寺院布局和建筑物，除了新建的三藏院之外，基本上保持了明代重修后的规模。

    1931年，慈善家朱子桥募款二万四千元，整修大殿和塔的盘梯，添建殿堂一座。竣工后，邀请太虚大师开光，并讲《弥勒上生经》，并由他主持，创办了慈恩宗学院，由朱子桥、杨虎城两将军合力资助。此后，抗日战争爆发，民族生存成为全社会主要矛盾，寺内驻扎军队，周围挖战壕，殿堂残破，寺院荒凉，游人稀少。

    1949年以后，陕西省人民政府为了保护文物古迹，从1952年到1990年，对寺院进行了多次的修葺，1958年在寺内设立玄奘纪念室、人民文化馆陈列室。饱经千年风霜的古刹、古塔，旧貌换了新颜。1958年时住持为宽宗，宽宗在北京读佛学院，由通玄代理。1956年，大慈恩寺与大兴善寺、卧龙寺、广惠寺、木塔寺、开元寺等寺僧众组成高级农业生产合作社，从事农业耕种、蔬菜种植，生活有了保障。

    十年“文化大革命”中，大慈恩寺和全国佛教寺院一样遭到厄运。1976年粉碎“四人帮”后，拨乱反正，逐步开始落实宗教政策，恢复了大慈恩寺宗教活动场所的地位，并被国务院确定为全国汉传佛教重点寺院。现任方丈为增勒法师，为大慈恩寺道风的建设和寺宇的整修倾注了大量的心血。