地宫后室地面的中北部有一约0.65米见方的口，其下挖出约0.5米的竪坑，竪坑北部有一秘龕，秘龕呈正方形，四壁及底部均用磚砌，口宽0.28米，高0.26米，秘龕内进深0.28米。顶部距后室地面约0.24米，正位于后室北壁之下。
秘龕中只有一个外用织金锦包裹的盝顶铁函，铁函内依次套置鎏金四十五尊造像顶银函、银包角檀香木函、嵌宝水晶椁、壼门座玉棺。檀香木函因年代久远，发掘时已经散架，现留有当时微雕人物像。此檀香木函与四十五尊造像银函一起覆盖于水晶椁和玉棺上，表示十大弟子仍然侍隨供养本师释迦牟尼佛的真身。玉棺内供放佛指舍利之金骨，就是释迦牟尼的真身，亦称灵骨。密教认为释迦牟尼佛就是金刚界的北方不空成就佛、胎藏界的北方天鼓雷音佛，按密教曼荼羅方位，将佛指舍利安放在地宫后室北壁，正是曼荼羅的正确方位。顯教谓释迦牟尼佛涅槃，也是头朝北，足向南，佛指舍利安奉方位，也契合顯教教义。
覆盖释迦牟尼真身舍利的正是鎏金四十五尊造像银宝函。宝函正南有“奉为皇帝敬造释迦牟尼佛真身宝函”一行鏨文。宝函底部有“大唐咸通十二年十月六日，遗法弟子比丘智英敬造真身舍利金函永为供养”，可见这个宝函是密宗遗法弟子比丘智英于公元871年专为唐懿宗皇帝盛放佛指舍利而敬造的，是名符其实的“真身宝函”。
真身宝函四十五尊造像分五面。顶一面有二十五尊造像，四周侧面各为一面，每面均有五尊造像，以顶面为中面不动，将前后左右四个侧面往上揭开而平展之，此四十五尊造像，乃金刚界根本成身会曼荼羅。
顶面方壇内为金大日及四波羅蜜、内四供曼荼羅。方壇外为外四供、四摄、四大神、四明王曼荼羅。
以鏨刻有“奉为皇帝敬造释迦牟尼佛真身宝函”为前侧面的方壇为西方无量寿如来及其四亲近菩萨的曼荼羅。
右侧面为南方宝生如来及其四亲近菩萨的曼荼羅。
后侧面为东方阿閦如来及其四亲近菩萨的曼荼羅。
左侧面为北方不空成就如来及其四亲近菩萨的曼荼羅。
现将各面分述如后：
一、顶面唐密中台方壇内为金刚界大日如来、四波羅蜜、内四供养曼荼羅
大日如来，为密教供奉之本尊与最上根本佛。位于五佛中央，现菩萨形，身呈白色，戴五智宝冠，结智拳印，结跏跌坐于七狮子座。
四波羅蜜菩萨，位于金刚界曼荼羅中央大月轮中，大日如来前后左右之四亲近菩萨。呈现女形，司掌定德，与司掌智德之四佛相对。前为金刚波羅蜜菩萨，左为宝波羅蜜菩萨，后为法波羅蜜菩德，右为羯摩波羅蜜菩萨。
内四供养：内院之四供养。又作内四供、内供养、内供。在金刚界曼荼羅金刚轮内四隅之嬉、鬘、歌、舞四菩萨。系由中央大日如来心中流出以供养四佛者。
二、顶面唐密中台方壇外四供、四摄、四大神、四大明王曼荼羅
外四供养：外院之四供养，与“内四供养”相对。即密教金刚界曼荼羅外院四隅之香、华、灯、涂等四位菩萨。又称外四供、外供养。外四供养，乃四方如来所流出以供养中央大日如来之菩萨。即：①东方阿閦如来流出黑色香菩萨，又称金刚焚香菩萨，持香爐。②南方宝生如来流出浅黄色华菩萨，又称金刚花菩萨。③西方阿弥陀如来流出白色灯菩萨，又称金刚灯菩萨。④北方不空成就如来流出青色涂香菩萨，又称金刚涂香菩萨。
四摄菩萨：略称四摄。意为摄引众生之四菩萨。指位于第二院四方金刚钩菩萨、金刚索菩萨、金刚锁菩萨、金刚铃菩萨等四位。
四大神：指密教金刚界曼荼羅成身会四角之地、水、火、风四神。又称四执金刚神。即围绕五大月轮，抱持大圆轮，头出于四隅者。为地神、水神、火神、风神四种。
四大明王：即不动明王、降三世明王、军荼利明王与金刚夜叉明王。
三、顶面唐密金刚界曼荼羅宝珠、宝生草及三股金刚杵界道
金刚界成身会之界道为三股金刚杵饰以宝草。以三股金刚杵为界道，故称金刚界。每边界道有三枚金刚杵，四周共十二枚三股金刚杵。
顶面及四侧面五个方壇，如东密曼荼羅之五轮，五轮四隅之宝珠，是以宝珠出世间的财物而表示供养之义。
四、前侧面为唐密东方阿閦如来及四亲近曼荼羅。
东方阿閦佛，意译不动佛、无怒佛等，位于五解脱轮中之正东月轮中央，前方为金刚萨埵，右方为金刚王菩萨，左方为金刚爱菩萨，后方为金刚喜菩萨。形像为黄金色，左手作拳安于臍前，垂右手触地。
五、右侧面唐密南方宝生如来及四亲近曼荼羅
宝生如来为金刚界五佛之一。位于金刚界曼荼羅成身会等之五解脱轮中，正南方之月轮中央，为五部中之宝部所摄，主五智中之平等性智。前方为金刚宝菩萨，右方为金刚光菩萨，左方为金刚幢菩萨，后方为金刚笑菩萨。
六、后侧面唐密西方阿弥陀如来及四亲近曼荼羅
阿弥陀佛为西方极乐世界之教主。意译无量寿。在金刚曼荼羅中，称为受用智慧身阿弥陀如来，居于西方月轮之中央。其身黄金色，结三摩地印。其四亲近菩萨为：金刚法菩萨、金刚利菩蹈、金刚因菩萨、金刚语菩萨。
七、左侧面唐密北方不空成就如来及四亲近曼荼羅
不空成就佛又作不空成就如来。金刚界五佛之一。位于金刚界曼荼羅五解脱轮中北方月轮之中央。表五智中之成所作智，亦为五部中羯摩部之主尊。在成身会中，不空成就如来身呈金色，左手结拳印，安置膝上，右手舒覆五指当胸，跏趺坐莲花。其四方安置金刚业、金刚护、金刚牙、金刚拳等四菩萨。
我们若将地宫唐密金刚界曼荼羅与日本东密金刚界曼荼羅加以比较，便会发现，二者内壇基本相同，而外护基本相异。唐密金曼外四供不在四隅，而是东西各一，北侧有二，而四摄也不在四方，而是东西各一，南侧有二，正好与外四供相对应。地、水、火、风四天神位于东西两侧，分居两侧两端；四大明王位于南北两侧，分居两侧两端，四天神与四大明王又相对应。显然，唐密金曼的排列不及东密如法工整。变化的原因在于唐密曼荼羅不仅仅源于惠果，还加上了智慧轮一系的创造。
金曼图式有4种，包括：九会曼荼羅、八十一尊之一会金刚界曼荼羅、《五钟心观》金刚界曼荼羅、《初会金刚顶经》成身会曼荼羅。地宫唐密曼荼羅又增一新类，即地宫真身宝函上鏨刻的四十五尊造像——唐密金刚界成身会曼荼羅。现图曼荼羅的作者据多方考證当为中国和尚惠果，地宫唐密曼荼羅亦为惠果一系所传。
比较而言，东曼的体系工整，方位配对，井然有序，是静止的曼荼羅，或称之为本具曼荼羅；唐曼的体系错列，方位配对，错综复杂，是运动的曼荼羅，或称运用曼荼羅、方便曼荼羅，二者从轮圆具足的意义上讲也是一而二、二而一。唐曼是以佛指舍利为中心而灵活运用。
