据各种资料记述，法门寺的历史开始于阿育王时代，也就是中国的秦代，大约公元前3世纪时期。学术界的研究则证明，至晚在北魏或北周时期，即6世纪中期，法门寺曾有过建塔寺之举(这段历史上面已经提及)
隋文帝杨坚(581—604在位)，取代北周建立了大一统的隋朝。他幼时生活在寺庙，深受佛教文化的熏陶，登极后大力推行佛教，对中国佛教的发展起了巨大的作用。仁寿元年(601)六月十三日(文帝60岁生日)，仁寿二年(602)正月二十三日，仁寿四年(604)四月八日(佛诞日)三次下诏分舍利于一百一十三州，全国同时创建数目相同的舍利塔安奉。当时的法门寺改称成实道场，但规模并不很大，据载大业五年时，寺僧还不到五十人，以致被并入京师保昌寺。隋仁寿末年，岐州郡牧李敏修葺法门寺，并“继开灵趾，咸荐鲜花”。隋大业十三年(617)，占据陇西地区的薛举派其子薛仁杲于扶风屯兵二十万欲图京师长安。武德元年(618)秦王李世民亲自率兵进击，大获全胜，在去*(左氵右韦)川犒师时见法门寺荒败，决定给法门寺度僧八十名，并请京师宝昌寺僧人惠业入寺主持。
自唐武德元年(618)李渊赐名“法门寺”后，作为皇家寺院的法门寺也掀开了它在中国历史及中国佛教史上最为辉煌的一页。有唐一代，尊奉法门寺佛指舍利为护国真身舍利，敕命宏建地宫供养，重修佛塔，扩充寺域，建瑰琳宫二十四院，御令广度僧尼，皇族每每在这里以身事佛，法门寺升格为皇家寺院。先后有高宗、武后、中宗、肃宗、德宗、宪宗、懿宗、僖宗等八位皇帝每隔三十年左右开启法门寺地宫，以宝帐、香舆、幡、幢、盖迎佛指舍利于长安洛阳皇宫供养，并饰以金玉、锦绣、珠翠等，集历代事佛之大成，形成中国佛教史上最盛大的典仪。
唐末战乱，随后全国政治中心东移，法门寺盛极一时的历史遂告结束。五代初，占据关中的李茂贞多次重修法门寺。建隆元年(960)六月，即位不久的宋太祖赵匡胤颁布诏令，停止周世宗时的毁佛活动，恢复寺庙剃度僧众，于开宝四年(971)雕刻《大藏经》六千多卷，弘扬佛教。到宋真宗时佛教又有了较大的发展，至天禧五年(1021)，天下僧尼已达四十五万八千八百五十五人。在这样大规模弘法的历史背景下，法门寺虽远离宋朝京师，失去了唐时地处京畿的地理优势及佛教中心的位置，但仍保持较大的发展势头，僧尼人数甚至比唐鼎盛时期还增加了一倍。与此同时，法门寺还形成了以农业为主体，以手工业和商业为辅的较具规模的庄园经济。直至民国二十八年(1939)，法门寺还存有北宋咸平六年(1003)所立的《买田地庄园记》碑，此碑记载了北宋时法门寺发达的庄园经济状况。
法门寺及真身宝塔在宋代未见有较大规模的修建，但佛事活动依然持续不断。法门寺内存有宋代碑石两方，一是《法门寺浴室院暴雨冲注唯浴室镬器独不漂没灵异记》，此碑刻于太宗太平兴国三年，记述的是发生在浴室院的灵异事件。浴室院位于法门寺东南隅，为瑰琳宫二十四院之一。供养法会之日，法事活动之前，僧众信徒都要沐浴净身，以示虔诚，当时每天在这里沐浴的人数超过千人，足见其佛事活动之盛，而且这种情况是“洎百年已还，迄于今日，未偿废坠”，由此可以推知，这种盛况是带有连续性和持久性的。
现存另一方宋碑是《普通塔记》。此碑原为北周碑，侧面有北周题名。宋人磨去原碑上北周题刻，于庆历五年(1045)另刻普通塔记文字，碑文记述寺僧智颙建普通塔安葬亡僧遗骨，做法事超度亡灵的经过，反映了仁宗时代法门寺颇有感召力，游僧信众、文人墨客、官臣衙吏纷纷前来瞻仰的情况。
《扶风县志》、《关中胜迹图志》记载，宋徽宗赵佶曾为法门寺题“皇帝佛国”大匾于山门。此事之真伪已无法考辨。
金代，法门寺没有大的发展，但还是保持了以前的规模。根据大安二年(1210)所刻《奉赞法门寺真身宝塔》的诗，法门寺宝塔在当时依然气势雄伟，光彩夺目。诗中还记述了“百代王孙争供养”的历史。金承安五年(1200)所刻《法门寺藏经碑》则记述了法门寺僧经数十年努力，收集到各类三藏典籍五千余卷，加上原有的藏经，则有上万余卷。
金大安二年(1210)所刻的另一石碑《金烛和尚焚身感应之碑》记载，金烛和尚在法门寺二十四院之净土院忽有“甘露法水”涌出之时，有感于灵异，决定焚身以“真身供养”，此举反映法门寺当时在全国的地位和影响。金代《天王院香雪堂》碑则记载了法门寺天王院“香雪堂”得名之来历及“香雪堂”僧人煮茶诵经的佛家仙境。
明正德二年(1507)再次重修。从重修碑文看，从唐初法门寺建二十四院，止此时近九百年，二十四院规模尚存，并碑载全部院名。
《扶风县志》记载，明隆庆二年(1568)八月十四日深夜，扶风大地“川塬坼裂，郊墟摧圯”。第二年(1569)法门寺唐塔倒毁。为了修复真身宝塔，“西蜀大州居士”“百尺铁锁挂肩筋，欲与如来争气概”，到处奔走呼号。隆庆六年(1572)扶风县令陈子需将此诗刻石，以铭后世。
明万历七年(1579)，在皇太后的督促下，万历皇帝朱翊钧下诏重建法门寺塔。此次重建工程浩大，十分艰苦，历时三十年，于万历三十七年(1609)建成，八棱十三级砖塔，塔上八十八龛内供奉佛像一百零六尊以及宋元明版佛经数千卷，此次修塔期间对唐地宫不曾扰动。
清顺治癸巳年(1653)，邑人党国柱重建钟楼。清顺治十一年(1654)，甘肃天水大地震，塔上佛龛所藏铜舍利塔跌落，时人送上并另刻錾文于塔门上以纪其事。光绪十年(1884)整修寺宇，光绪十二年(1886)重修禅佛院。
进入民国，法门寺更为凋残，寺院的部分殿堂被地方改作私塾。民国十年(1921)军阀陈树藩一度盘踞法门寺，骚扰甚重。民国十八年(1929)，关中大旱，饿殍遍野，寺院支离破碎。民国十九年(1930)，国民党元老、华北慈善会会长朱子桥来陕赈灾，呼吁重修法门寺真身宝塔。经过长期筹备，民国二十八年(1939)正式动工。这是明万历建塔以来法门寺最大规模的修缮。除整修宝塔外，还并及大雄宝殿、山门、道路等项。全部整修过程有文物保管委员会对塔上文物严加保管。其间，先后从塔上清理出六十八尊明代铜佛造像和石刻佛像，还有铜舍利塔及塔内装藏的宝石、水晶等，特别是严格清理了塔上明代安奉的佛经。对这些珍贵文物，朱子桥严命“原塔封存”。在工程即将竣工之际，朱子桥等人发现了唐代地宫，但严守秘密，无一泄露。民国二十九年(1940)工程全面完成。
1949年新中国成立，寺僧良卿、澄观等回寺主持寺务。1956年法门寺被确定为陕西省重点文物保护单位。1988年，修葺一新的法门寺重新对外开放。
