佛与众生，心体是一，而其所受用天渊悬殊者，以其用心不同之所致也。佛则唯以无缘大慈，同体大悲，度脱众生为怀，了无人我彼此之心。纵度尽一切众生，亦不见能度所度之相，故得福慧具足，为世间尊。众生则唯以自私自利为事，虽父母兄弟之亲，尚不能无彼此之相，况旁人世人乎哉?故其所感业报，或生贫穷下贱，或堕三途恶道。即令戒善禅定自修，得生人天乐处，但以无大悲心，不能直契菩提，以致福报一尽，仍复堕落，可不哀哉!是则唯欲利人者，正成就其自利；而唯欲自利者，乃适所以自害也。
    《药师如来本愿经》者，乃我释迦世尊愍念此界一切罪苦众生，为说药师如来因中果上利生之事，实为究竟离苦得乐之无上妙法也。众生果能发慈悲喜舍之大菩提心，受持此经此咒及此佛名号，推其功效，尚可以豁破无明，圆成佛道，况其余种种果位，种种福乐乎哉?然在佛心固欲以无上觉道全体授与一切众生，而众生智有浅深，固不得不随其所乐，令彼所求各各如愿也。须知药师一经及与佛号，并其神咒，即释迦、药师所得之阿耨多罗三藐三菩提法。凡至诚受持者，即是以佛庄严而自庄严也。故玉琳琇国师常持此经及此佛号，以是禅教律净之总持法门，故受持者或生净琉璃世界，或生极乐世界。待至豁破凡情，圆成圣智，则直契寂光，东西俱泯，而复东西历然，随愿往生，则与弥陀、药师同归秘藏，是名诸佛甚深行处。
    圣聪大师以心安和尚所书之本，刻板流通，欲令受持者发起正信，祈简明以告之。又此经系唐玄奘法师所译，其八菩萨但举其目，未标其名，说咒一段，又复缺略。后之知识欲令经义完全，故依《七佛本愿经》添入说咒一段，共四百二十八字，依《灌顶》第十二经添入八菩萨名，以三经原是一经故也。须知在昔贝叶唯属钞写，或有遗亡，以致译文全缺互异，后人添入，深契佛心，故诸注者，咸皆宗之。恐以藏本对校，致生疑虑，故并书缘起，以庆完璧云(说咒一段，从说咒前“复次曼殊室利”起，至“所求愿满乃至菩提”止)。