《起信论》的骨纲是一心二门，一为心真如门，一为心生灭门。“心真如门”是如来藏心的第一重含义，是从体性上来说的。它非染非净、非生非灭、不动不静、平等一味；“心生灭门”是如来藏心的第二重含义，是从相用上来说的。它表现为随熏转变，形诸染净；染净虽成，性恒不动等。真如为生灭之体，生灭为真如之用。《起信论》说：
心真如者，……所谓心性不生不灭，一切诸法唯依妄念而有差别。若离心念，则无一切境界之相。是故一切法从本已来，离言说相，离名字相，离心缘相，毕竟平等，无有变异，不可破坏，唯是一心，故名真如。
真如自体相者，一切凡夫、声闻、缘觉、菩萨、诸佛，无有增减。非前际生，非后际灭，毕竟常恒。从本已来，性自满足一切功德。所谓自体有大智慧光明义故，遍照法界义故，真实识知义故，自性清净心义故，常乐我净义故，清凉不变自在义故……名为如来藏，亦名如来法身。
不变的心的本性，就是如来藏自性清净心。一切诸法都是因为众生的虚妄心念而形成千差万别的相状，其本质虚幻不实。若离绝妄念，就没有一切境界之相。因此一切法从本体来说，远离言说、名字、思虑，平等无二，永恒不变。语言是思维的外化，因而《起信论》注重破除语言与思维的意义：
以一切言说，假名无实。但随妄念，不可得故。言真如者，亦无有相。谓言说之极，因言遣言。……当知一切法不可说不可念，故名为真如。
言说只是方便，是建立在对待分别的基础上的，因此不能指称超越二元对待的实体，故《起信论》云：“是故一切法从本已来，非色非心，非智非识，非有非无，毕竟不可说相。而有言说者，当知如来善巧方便，假以言说引导众生。其旨趣者，皆为离念归于真如。”《起信论》还进一步指出，连“真如”也只是为了使人体证佛教真理而权且设立的名目，在第一义上，对“真如”的名相也不可执着。因为“真如”本无名字，说个“真如”早非“真如”了。
《起信论》的“心真如”观念强调真心自体的超越性，“如来藏”观念强调“一切众生皆有佛性”，即人人皆有永恒清净的本心本性。禅宗思想深受《起信论》本心论的影响，表现在以下几个方面。
1.真心本体，超越一切
依《起信论》的观点，万法都是虚妄心念的显现，“若离妄念，则无一切境界之相，惟一真心矣”(《人天眼目》卷5)，“真心本体，超出因果，通贯古今，不立凡圣，无诸对待，如太虚空，遍一切处，妙体凝寂，绝诸戏论，不生不灭，非有非无，不动不摇，湛然常住。”(《真心直说》)宗密还指出《起信论》“一切诸法，唯依妄念而有差别”与《金刚经》的“凡所有相，皆是虚妄”的息息相通之处。⑤延寿则指出，妄念若消，万法本闲，法眼清明，见闻不昧。⑥宗杲则继承《起信论》心性离相特别是离绝语言相的观念，将之运用于禅法实践之中：“佛法要妙，离言说相，离文字相，离心缘相。不可以有心求，不可以无心得，不可以语言造，不可以寂默通!”⑦通过离言绝虑，参禅者走向了内证之路：⑧
言之者失其真，离名字相。知之者返其愚，离心缘相。有之者乖其性，离影像相。无之者伤其躯，离寂灭相。恁么说话，大似泥中洗土块。(《宏智广录》卷4)
境缘无好丑，好丑起于心。心若不强名，妄情从何起?妄情既不起，真心任偏知。(《传灯》卷4《法融》)
禅师首先强调要离文字、名字、心缘、影像、寂灭诸相，因为言说丧失本真、知之即有不知、执实乖离本性、断灭堕于顽空。接着又运用金刚般若随说随扫，提醒学人不可胶着于自己的开示，而要会取言外言，意外意。法融禅偈则指出，好丑等一切对立分别都根源于妄心妄情的分别计度。只要遣除了妄心妄名，真心就会无所不在无所不知。
2.自性清净，远离垢染
《起信论》主张人人皆有不增不减“清凉不变”的“真如自体”，即自性清净心。这也是禅宗本心论的基本观念。所谓自性清净心，“亦云清净本觉。以无起无生自体不动，不为生死所染，不为涅槃所净，目为清净”(《宗镜录》卷3)。慧能开示学人时曾引《菩萨戒经》“我本元自性清净”、《维摩经》“即时豁然，还见本心”，以说明“若识自心见性，皆成佛道”、“万法尽在自心，何不从自心中顿见真如本性”的禅理。《菩萨戒经》的“本元自性清净”、《维摩经》的“本心”，即是《起信论》所说的“自性清净心”。宗密指出，禅宗初祖达摩所传授的，正是这个自性清净心。⑨自性清净又分为两种，一是本来清净，一是离垢清净。众生真如之心体，本来清净无染，称为本来清净；这个清净的心体，远离一切烦恼垢染，称为离垢清净(《华严经随疏演义钞》卷6)：
既云本净，不待断障，即知群生本来皆有，但以惑翳而不自悟。故佛开示，皆令悟入，即《法华》中开示悟入佛之知见。如上所引，佛本出世只为此事也。彼云：使得清净者，即《宝性》中离垢清净也。此心虽自性清净，终须悟修，方得性相圆净。(《禅源诸诠集都序》卷2)
佛教的重要经论，阐说的都是这二种清净。明白了这二种清净，就可以避免两种错误倾向，一是只知离垢清净而诋毁禅门即心即佛，无法获得顿悟成佛的体验；一是只知自性清净而轻视持戒、坐禅调伏诸行，从而堕入狂禅的窟宅。自性清净与离垢清净这二种清净，在《起信论》中兼而有之。这两个看似矛盾的观点，在《起信论》的一心二门中得到了较好的调和，从真如门看，自性本来无染；从生灭门看，自性随缘起染，唯有除妄离垢才能复归于清净。⑩禅宗所要体证显现的“含生同一真性”，亦不外乎是《起信论》所言的人性本具之真如心。
① 全1卷，相传为印度马鸣菩萨所造，南朝梁代真谛译。收于大正藏第32册。本书所论即主要依据此本。
② 如《传灯》卷4《道林》：“诣长安西明寺复礼法师，学《华严经》、《起信论》。复礼示以《真妄颂》，俾修禅那。”《五灯》卷20《宝印》，“从德山清素得度具戒，后听《华严》、《起信》，既尽其说，弃依密印于中峰。”《禅林僧宝传》卷29《德普》：“年十八得度受具，秀出讲席，解《唯识》、《起信论》，两川无敢难诘者，号义虎。”
③ 《楞伽师资记》：“一发道心，乃至成佛，亦不退也。”《圆悟录》卷6：”直得净裸裸赤洒洒，是个无生法忍不退转轮，截断两头，归家稳坐。”《大慧录》卷13：“此一念心既发，当时成佛已竟，尽未来际永不退失。”
④ 《罗湖野录》卷4：“妙喜老师谓其是讲《因明》、《百法》、《起信》等论师，及参得禅了，开口更不着经论一字。”
⑤ 《原人论》：“《起信论》云：‘一切诸法唯依妄念而有差别，若离心念即无一切境界之相。’《经》云：‘凡所有相，皆是虚妄；离一切相，即名诸佛。’”
⑥ 《宗镜录》卷44：“如《起信论》云：‘一切诸法，皆由妄念而有差别。若离妄念，则无境界差别之相。’故知妄念空而根境谢，识想消而尘垢沉，则法眼应时清明，常光了然顿现。见闻本性既尔，诸根所现亦然。”
⑦ 《大慧录》卷5。同书卷19：“唯亲证亲悟底人，不假言词，自然与之默默相契矣。……到这个田地，方可说离言说相，离文字相，离心缘相。”同书卷28：“诸佛诸祖，并无一法与人，只要当人自信自肯自见自悟耳。若只取他人口头说底，恐误人。此事决定离言说相，离心缘相，离文字相。”
⑧ 《宗镜录》卷6：“离言说相，岂可以言谈?离心缘相，岂可以心度?实谓心言路绝，唯证相应耳。”
⑨ 《禅源诸诠集都序》卷2：“此教说一切众生皆有空寂真心，无始本来性自清净。明明不昧，了了常知。尽未来际，常住不灭，名为佛性，亦名如来藏，亦名心地。”
⑩ 《宗镜录》卷6：“清净真如理，不守自性故。而能受染熏，名染净真如。”《禅源诸诠集都序》卷3：“六道凡夫，三乘贤圣，根本悉是灵明清净一法界心，性觉宝光，各各圆满。本不名诸佛，亦不名众生，但以此心灵妙自在，不守自性，故随迷悟之缘，造业受报，遂名众生。修道证真，遂名诸佛。”《圆悟录》卷15：“祖师直指人心，俾见性成佛。然此心虽人人具足，从无始来清净无染。初不取著，寂照凝然。了无能所，十成圆陀陀地。只缘不守自性，妄动一念，遂起无边知见，漂流诸有。脚跟下恒常佩此本光，未常霭昧，而于根尘枉受缠缚。若能蕴宿根本，从诸佛祖师直截指示处，便到底脱却炙脂衲袄，赤条条净裸裸，直下承当。不从外来，不从内出。当下廓然，明证此性。”
