唯识论已说假法不能为种子作所依，反面就是说种子的所依必是实法。阿赖耶识，为种子作所依，当然是实有。种子既是实有，种子生起的现行，也不会非实有。种子是阿赖耶的相分，种子相分既是实有，更不能说见分、自证分非实有。阿赖耶的相见等分是实有，七转识的相见等分也该是实有，同时是识故。如像一家弟兄，不应该哪一个的势力大些便是实有，势力小些便非实有。所以不独识是实有，就是不离识的色，也是实有。一般讲唯识的人，笼统一点，就说色都是没有的，不分清离识不离识，这样一来，就与现量相违。小乘外道尚且不说违现量的话，何况大乘唯识教呢?简单地说，《深密》若说诸法皆空，便与般若全无差别，如何还说是非有非空了义之教呢?
    本来三转法轮之判了非了义，也就很难。唯识宗说，初在仙人堕处施鹿林中，初转法轮说小乘教，落于常见。次于鹫岭二转法轮说大乘般若，落于空见。第三在广严城等处说《解深密》等，才说非有非空了义之教。一般学唯识的人，都知道这个说法，但是，如何是堕常的有?如何是堕断的空?如何又是不堕二边的非有非空?却少去理会。就依《解深密经》来说吧，《解深密经》说佛初转法轮时，说色蕴自性，色蕴生，色蕴灭，遍之永断等；如是列举五蕴、十二处、十八界、四食、三十七菩提分法等自性差别。二转法轮的时候，说诸法无自性、无生、无灭，本来寂静，性净涅槃；于是皆称赞是甚奇希有；但是称赞过后，仍然说是不了义。又说第三转法轮的教法，但第三转法轮仍然说诸法自性无生无灭、本来寂静、性净涅槃，这第三时了义之教与二时的不同，又在何处呢?
    第一时说五蕴、四谛等，唯识宗能不承认有四谛吧?说四谛举五蕴乃至八圣道品为例，唯识能不承认五蕴等是有吗?既然初时所说的法，唯识都承认有，岂能说五蕴等依他起法是无自性吗?若有自性，何以说初时说法落于有边，堕于常见，是不了义?
    第二时说诸法无自性，第三时也说诸法无自性，差别又在哪里?没有差别，如何又说第二时教落于无边堕于断见，是不了义?既是初时、二时都非了义之教，那么这三时了义之教，对于初二时教，自当有所补充解释；对于第二时教所补充的意思，就是说遍计所执是无自性，依他圆成是有自性，算是加了一个注解。至于初时教之有，哪一部分当有，哪一部分不当有，《解深密经》中却没有解说。若以三时来判教，自然应当把一切佛法，都摄入三时教中。佛成道后第一次说法教弟子，曾教憍陈如等五人，把裙子穿整齐，这算不算教呢?
    又佛悟道以后，不动道场，就说了一个偈子，佛说我所证得的法，是甚深、是寂静、是光明、是无为。如此的甘露妙法，是很难有人信解的。佛说涅槃是甚深寂静、光明、无为，是不是了义教呢?若是了义教，是不是第三时教?若是第三时教，岂不成未转第二法轮之前、先转第三法轮了。又佛临涅槃的时候，给弟子说，凡顺清净的，都是应该遵守的；违清净的，都是当戒的。这教法是不是三转法轮，是不是了义呢?这是佛最后说的教法，此不了义，谁能更说?