唯识的问题是很多的，不单与他宗辩论如是，就是本宗内部，亦有许多辩论。如像前面说的一分家、二分家、三分家、四分家，便是一例。中国因为奘法师译成唯识论，揉取了护法菩萨的学说为主，兼收他家之长，就认为只有护法一家是唯识正义，其他都不是唯识。这是大错特错。凡是承认没有心外之境的，都是唯识知见。十大论师的学说，在印度是并行的，因为奘法师译唯识论的时候，窥基法师添加了一点意见，说本来十大论师的见解在印度就常起争论，要是一起译到中国来，不是中国的学佛人，也要兴争论吗?这是窥基法师免众生争论的意思，奘法师采纳了，便选了护法的正义来译。所以中国学唯识的人，只知道有护法，而说其余各家都不是唯识正义。
    阿底峡尊者，也有一段这样的故事。阿底峡尊者是大众部出家的，西藏向来传的是根本一切有部戒，有人欲从尊者请受戒，尊者很愿意将大众部的戒传给这人。尊者有一个弟子叫种敦巴，向尊者说，别的法都可传，大众部的戒不可传，因为西藏向来传一切有部的戒，没有争论。若传了大众部的戒，不是就要兴起争论吗?所以阿底峡尊者就没有传戒，这都是为免众生争论的意思。
    就唯识宗内还有多种派别，就是一识同时可缘多色的问题，有的说一时只能有一识，一识只能缘一色。有的说虽只一识，但一识可缘多龟。有的说一时可有多识，同缘多色，即一时可缘多色，如说一时，可生起多数眼识，各缘青黄赤白等色。此说和等无间缘冲突，等无间缘说一识只能开导引生一识故。第一说和第二说，哪一个是对的，很难决定，护法菩萨便是主张第一说的。