还有一种顺理行和顺教行的差别，顺教便是对于《瑜伽师地论》所说法教，完全随顺，如何说便如何信。随理的对于《瑜伽师地论》说了的话，都须得考虑考虑，就是阿赖耶识的有无，他都要考虑的。这两派又生出辩论了。
    依《瑜伽师地论》说阿罗汉入了无余涅槃，便灰身泯智，再不能回小向大。阿罗汉入了无余涅槃，究竟是个什么光景。第一阿罗汉入了无余涅槃还有没有阿赖耶呢?若有阿赖耶。便该有他所的第七识；若有第七识，便也该有第六识。没有第六识第七识，便和二无心定有甚差别呢?唯识宗说阿赖耶识，阿罗汉位舍；所谓舍者，依唯识说只有舍阿赖耶名，因为阿赖耶是我爱执藏之意，小乘证罗汉果时，亦断俱生我执，无我爱执藏故。但阿赖耶识的体是不是存在呢?应说存在，叫做第八识，也可以叫做异熟识，又可名阿陀那识。因为阿罗汉的有漏业种是未断尽的，有执持之意。但是，若入无余涅槃后说有阿赖耶，便不能说阿罗汉灰身泯智，也不能说不能回小向大了。
    以上就是证罗汉时无赖耶名，有赖耶之体，今应再问：罗汉入无余涅槃时，赖耶体为有、为无?若谓有者，则不应说灰身泯智，亦不能说不能回小向大。又阿罗汉入无余涅槃，与佛入无余涅槃有无差别?唯识说阿罗汉位通指大小乘，无余涅槃也无差别。瑜伽说阿罗汉入涅槃时是没有断所知障的，只因舍了第八识，同时也把所知障舍了。瑜伽是明白说阿罗汉入涅槃后，没有第八识，那么佛入无余涅槃也没有第八识。何以佛入涅槃后还能饶益众生，阿罗汉入涅槃便无此胜用!
    瑜伽就说佛因为有大悲大愿，所以入涅槃后，还能起来饶益众生；阿罗汉没有这样的悲愿，所以没有这样的胜用。那么更进一步，问唯识宗是不是许有三身的?若许佛有三身，法身常住不必说，报身也是历劫常在不示涅槃的，化身随机示现、缘尽示灭；其示灭的时候，还归于报身可矣，实不须入无余涅槃，直截的就说佛的应身归入报身，不必更绕许大的圈子，用悲愿来解释了。这是瑜伽和唯识宗三身冲突的地方。
    《楞伽经》是唯识的经，也和瑜伽冲突。依《楞伽》说，阿罗汉入涅槃后，如人醉洒一般，后时遇缘还能醒起，回小向大的。学唯识的人都承认《楞伽》，既可引《楞伽》成立唯识，亦可引《楞伽》破阿罗汉究竟入无余涅槃不能回小向大了。又《华严经》，因为它有“三界唯心，万法唯识”的几句经文，就说是唯识的根本经。但是经并未说阿赖耶，有时也说一切法皆空，而与唯识起些冲突。一部经中总不会完全说唯识义，故也可以找些出来观察观察，练习自己的慧根。
    引这许多唯识宗内部的冲突，为的使大家知道这些都是唯识宗人的见解，不要说只有我的见解才是，别人的见解都不是。若如此说，未免太执著了一点；果要如此执著，则佛说的话也可以不信了。佛说无外境，我明明见有外境；佛说诸法无常，我明明看见这张桌子常住不变；佛说无我，我明明看见有我。若依自己的见解，便整个佛法都可推翻，就是涅槃，也可以否认说涅槃我终没见过，哪里会有涅槃呢?唯识宗的知见，说了大概，要说中观的知见罢。恐怕更难懂了，折回来还是说唯识。
    唯识宗，既成立阿赖耶是实有，实有的法便有种子，阿赖耶的种子，是以什么做能熏而熏起的呢?阿赖耶的自身是不会熏起种子的，普通都说用前七识的见分来熏；但七识的见分，只能熏起七识自己的种子，何能熏成别法的种子呢?若许此识可熏起彼识，那么耳识也可熏起眼识，眼识也可熏起鼻识，一切的识都可互熏互生了。再进一步，纵设第八识的种子，是由前七识熏起的，但是阿赖耶相应的遍行心所，又是谁熏起的呢?若这样地层层追问，唯识宗的难题尚多，兹亦不及多说了。