本论是根据《菩提道炬论》所说的“三士道”——下士道、中士道、上士道——的次第而组织的。
    “下士道”，指脱离三恶趣，生人天善趣的法门；“中士道”，指解脱三有轮回，断烦恼、证涅槃的法门；“上士道”，指发菩提心，修菩萨行，证大菩提果的法门。
    说明“下士道”有四大段：一、思惟人身无常；二、思惟三恶趣苦；三、皈依三宝；四、深信业果。
    说明“中士道”有四大段：一、思惟苦谛(三有生死过患)；二、思惟集谛(烦恼及业流转次第)；三、思惟十二有支(流转还灭道理)；四、思惟解脱生死正道(戒定慧三学)。
    说明“上士道”有二大段：一、发大菩提心；二、修菩萨行。修行又分四段，总说六度四摄和别说修止观法。
    在三士道之前，作为三士道基础的，又有二大段：一、亲近善知识；二、思惟人身难得。
    在上士道之后，又说明发大菩提心者如对密咒信仰爱好，亦可进修密乘。
    亲近善知识是修学一切佛法的基础。要亲近善知识才能趣入佛法，所以最先说。趣入佛法后，就要思惟有暇圆满的人身难得，才能策励自己，起大精进，修学佛法。所修学的，就是三士道。
    若不能脱离恶趣，就没有修学佛法的机会，更不能出离生死，成大菩提。若对于现世五欲尘(色声香味触的享受)贪求还不能止息，三恶趣的苦还不知怖畏，就更不能厌三界苦，勤求出离。所以最迫切的，也是浅易的，应当先修下士道。
    修下士道中，若贪着现世五欲，于后世的安乐就不能起猛利希求，于三恶趣苦也不能生真实怖畏，所以先应思惟人身无常，才能怖畏恶趣；由怖畏恶趣，才能至诚皈依三宝，深信佛说因果道理，止恶修善；由此才能远离恶趣。
    仅修下士道，虽能生人天善趣，终不能脱三界生死轮回。因此，应进修中士道：先思惟生死总别过患(总谓三苦、六苦、八苦等，别谓六道别苦等)，对于三界生厌离心；进而研求三界生死的起因，是一切烦恼和有漏业，发起断除的决心；真正认识戒定慧三学是断烦恼的惟一方法，精勤修学，由此才能出离三界生死。
    若自己还不能厌生死苦，如何能发心度脱一切众生?若自己还不能出三界，如何能度一切众生出三界?所以在修上士道之前，必须先修中士道。修中士道后，进一步就该想到：一切众生沉没生死苦海，只是自己解脱生死，仍不能救度一切众生；为欲救度一切众生，自己必须成就无上佛果。由此发起菩提心，求受菩萨戒，学习六度成熟自身，修学四摄成熟有情，就是上士道。
    这三士道，是不论修或是不修密乘的人都要修学的，故又称为“共同道”。为欲迅速圆满福智资粮，在已能修诸共同道的基础上，应进修密乘诸道，即先依善知识受大灌顶，严守三昧耶戒及诸戒律。若学下三部密，当先修有相瑜伽，后修无相瑜伽，由此能得密宗所说的各部悉地。若学无上瑜伽部密法，当先学生起次第，后修圆满次第，最后证得大金刚持果。这就是本论结构的大意。
    菩提道次第，是成就无上菩提必须经历的过程，修下士道不只为自求人天安乐，修中士道也不只为求自了生死，都是为上士道准备条件，所以都是菩提道的一部分。不过由于缓急、浅深、难易的不同，就不能不分出次第。不仅各大科有一定的次第，就是大科以下的细支，也都有一定的次第，不可紊乱。但是，由于修前面各科，就更能引起对后面各科要求学习的心；学习后面各科，又更能促进对前面各科要求修习的心；所以三士道又是一个整体的，要平行修行，不能偏废。哪一部分缺乏之，就应该多修哪一部分，使其平均发展。不是各种孤立的前后无关，而是脉络贯串，通体灵活的。