本论以三个要点为它的骨干，称为三种要道。三士道次第，如整个房屋的结构，三种要道就是房屋的栋梁。三种要道就是：一、出离因；二、菩提心；三、清净见。
    一、出离心，就是厌离三有、希求涅槃的心，也名“求解脱心”。学佛的人，若没有真正的出离心，所作的一切功德，只能成为感人天善趣的因，不能成为解脱生死的正因。若以出离心为发起(动机)，或为出离心所摄持(掌握)，所作不论大小何种功德，就是布施畜生一握粗糠，或经一日一夜受持一戒，都成为解脱生死的资粮。
    修学的次第，须先思惟人身难得，寿命无常，息灭贪求现世五欲的心；再思惟业果不虚，生死众苦，和三有流转的道理。若能看整个三界如同火宅，深可怖畏，毫无顾恋，决意出离，一心趣求涅槃妙乐，便是发起了真出离心。由此进修戒定慧三学，才能证得解脱涅槃。没有出离心，就不能发起菩提心，所以出离心是菩提道次第的第一要点。
    二、菩提心，就是总观三界一切有情，沉溺生死苦海，无有出期，为欲度一切有情出生死苦，志求证得无上菩提。学佛的人，若未发起大菩提心，所修一切功德，或堕生死，或堕小乘，都不能作成佛的正因；这个人也不能算是大乘人。若发起了大菩提心，虽然没有其他功德，也可称为菩萨；所作任何善事，都能成为成佛的资粮。所以在上士道中，修菩提心最重要。
    修菩提心的次第，本论说有两种：一是金洲大师傅的七重因果的教授，一是静天论师的自他相与的教授。这两派教授，都是以出离心为基础，进一步思惟一切有情，都被我执烦恼所缚、善恶有漏业所漂，长期沉溺生死大海，为众苦所逼恼，深发大慈悲心。为救拔有情出离生死苦海，能牺牲自己的一切安乐，而急于利他，求大菩提，就是发起了大菩提心。由此进修六度四摄，经三阿僧衹劫，圆满福智资粮，才能证得三身四智无量功德庄严的大菩提果。
    三、清净见，也称为离增益、损减二边的“中道正见”。一切法唯依仗因缘而生起或安立，本来没有独立的实在的自性(就是涅槃，也是依断障来安立的)。众生由无始传来的妄执习气，于无实性法，执为有实性，就是“增益执”，也叫做“有见”、“常见”等。
    一切法虽无实性，但依一定的因缘，决定当生、当立，并非全无。譬如镜中人影，本无实体，但由明镜、空间、光线、人体等因缘会合，自然便有人影现出，且能发生应有的作用。若说“诸法既无实性，就该完全什么都没有，所见所闻，都是错乱”，这就是“损减执”，也叫做“无见”、“断见”等。反之，则为“增益执”。这“断”、“常”二见，都不合于真理，偏于一边，所以又叫做“边见”。
    “中道正见”，既不执诸法实有自性，也不拨无(否认它的存在)所生所立的诸法，如实了知“诸法仗因缘而有，故无(独立的)自性”而不堕“常边”；也了知“诸法既仗因缘而有，就有(不乱的)因果”而不堕“断边”。由此正见，不堕二边，故名“中道”。无始传来的无明实执，是一切烦恼的根本，也是生死的根本，要由此清净见才能断除。若未得此见，仅有出离心、菩提心，任凭如何修学，终不能断任何烦恼。所以清净见是大小乘一切道的命根，最为重要。
    修此见法，先以四理或七相，观察众生无始时来所执的“我”，通达“我空”；再以四理或破四生等理，观察众生无始时来所执的“实法”，通达“法空”。四理就是：一、认识所破的我；二、决定我与五蕴的或“一”或“异”，二者必居其一；三、认识我与五蕴是一的不合理；四、认识我与五蕴是异的不合理。七相就是：一(“我”与五蕴是一)、异(我与五蕴是异)、能依(我依五蕴)、所依(五蕴依我)、具有(我有五蕴)、支聚(五蕴合聚为我)、形状(五蕴组合的形式为我)。从这七方面，认识执我的不合理。四生就是：自生、他生、共生、无因生(破四生的道理，本论引《中观》诸论广说)。
    以“四理”来破所执实法，先认识所执实法与构成它的支分，再以我和五蕴为例，照上述以四理破我的道理来破。既通达无始妄执的“我”及“实法”空，再详细推察缘起道理，得知诸法虽无性而有“缘起因果”。如果还觉得缘起因果与自性空各是一回事，就是还没有真正通达中道深义。若是由见诸法因果缘起，就能破除内心实执，了达诸法实无自性，才是得了“中道正见”。这样的正见，不只是由见空来破常执，而且由见有(缘起的有)的力量来破常边；不只是由见有来除断执，而且由见空(无实性空)的力量来破断边。这尤其是中道正见的特殊作用。
    本论中士道以前一切法门，都是引生出离心的方法，上士道中广说发菩提心、修菩萨行。《毗钵舍那》一章，详细抉择清净正见。全部《菩提道次论》，此三种要道，为主要内容。