本论从“亲近善知识”到“修毗钵舍那”，每一科都先依正理成立，次引经论证明，后引迦当诸语录显发，结出要义，多是前人所未道及。如克主杰说：“阿底峡尊者所传菩提道次第教授，如教典派、教授派等，虽有多种道次第论，要像宗喀巴大师的广略二部论中所说的道之总体和一一支分，在过去西藏曾没有任何人能这样说出过，所以应该知道这是大师的不共希有善说。”今就本论突出的独到之处，略举数点：
    (一)修菩提心法
    修菩提心法有多种，如《瑜伽师地论》说的“四因”、“四缘”、“四立”等，都是指已种大乘善根的人说，才能由“见佛”、“闻法”、“见众生受苦”或“因自身受苦”，便能引发大菩提心。若一般有情，采种善根，必须依教渐修，才能发起。发菩提心的教授，过去诸大论师，有时因机对境，略说数语，多不全面。本论将阿底峡尊者所传各种教授，分为二类。
    其一，从金洲大师传来的七重因果的教授：(一)知母(思惟法界有情都是自己的母亲)；(二)念思(思惟一切有情于我有恩)；(三)报恩(思惟当报一切有情恩)；(四)悦意慈(见一切有情犹如爱子，生欢喜心)；(五)大悲(思惟一切有情于生死中受无量苦，我当如何令其得离此苦)；(六)增上益乐(恒常思惟自己应该担负令诸有情离苦得乐的重大责任)；(七)菩提心(须具两种欲乐：欲度一切有情出生死苦，欲成无上菩提。若但欲利他，不求成佛，只是大悲心，不是菩提心；若但求成佛，不为利他，只是自利心，也不是菩提心。菩提心，一定要具备“为利众生”和“愿成佛”的两重意义)。从知母到增上意乐，都是修利他心的方法；已发起增上意乐，知道惟有成佛才能究竟利他，为利他而进求无上菩提，才是菩提心。在修知母以前，还须先修“平等舍心”为基础，才能于一切怨、亲、中庸(非怨非亲)的有情，都容易修起“知母”等心。
    其二，静天菩萨《入行论》中所说的“自他相换法”，就是把贪着自利、不顾利他的心，对换过来，自他易地而居，爱他如自，能牺牲自利，成就利他。此法：(一)先思惟修自他换的功德，和不修的过失(如由利他故成佛，由唯自利故只是凡夫等)。(二)思惟自他相换的心，定能修起(譬如父母精血，本非自身，由往昔习气，也能起我执)。(三)应对治二种障：觉自他二身各不相关，应思惟自他是相对安立的，如在此山时觉彼山是彼山，到彼山时觉彼山是此山，不比青就是青，黄就是黄，绝对不同。觉他人痛苦，无损于我，不须顾虑，当观自他相依而存，犹如手足，足痛虽无损于手，但并不因此手就不治足的病。(四)正修：思惟凡夫无始以来，由爱执我所生过患，令我爱执未生不生，已生者断，制不再起。再进思惟诸佛菩萨由爱他所生一切功德利益，令爱他心未生者生，生已增长，安住不退。(五)最后乃至出息入息，都修与有情乐，拔有情苦。这是利根众生修菩提心的简捷方法(修自他相换之前，也须先修平等舍心)。
    像这样完备具体的修菩提心的方法，是以前诸西藏语录的教授所没有的。
    (二)修止除沉法
    修止有两障碍：掉举和沉没。掉举是心随可爱境转，其相散动，较易觉察。沉没其相隐昧，很近于定，不易认识。修定的人，很多堕在沉没中，还自以为住在定中，久了反转增长愚痴和妄念。又有人把八大随烦恼中昏沉，误认为沉没。修定的时候，只要没有昏沉，便自以为没有沉没了，因此就堕于沉没中而不自觉。本论引《解深密经》说，“若由昏沉，及以睡眠，或由沉没……”证明昏沉与沉没性质不同。昏沉是大随烦恼，其性或不善，或有复无记，唯是染污。沉没是心于修定所缘的境，执持力弛缓，或不很明了。心虽澄净，只要取境不很明了，就是沉没。它的性是善或无复无记，非是染污。又引《集论》说“沉没为散乱摄”，证明沉没不属于昏沉心所。又《集论》所说的散乱，也通善性，非唯染污。以这些理由，说明昏沉性惟染污，沉没则非染污；其性各别，断定昏沉决不就是沉没。
    修定的人，不但已生的沉没应当速断，在沉没将生未生之际，尤应努力防止。本论详细分析昏沉与沉没的差别，使修定的人，能辨认沉没，免入歧途，最为切要。对治沉没的方法，本论引《修次第论》说，“心沉没时，应修光明想，或作意极可欣(兴奋)事佛功德等”，令心振奋；并广引《瑜伽师地论·声闻地》，详说对治方法。
    (三)修空观的抉择
    修观，是为引生圣慧，对治烦恼，所以最重要的是修缘空性(或名无我)的观。正确的修法，要先求通达无我的正见，然后于正修观时，就缘所通达的无我义而修观察。到了由观察力引生轻安，其观即成。
    当宗喀巴大师时代，对于修空现，有很多不同的说话，归纳起来总有如下四类：
    第一说以为：修空就是修诸法真理，诸法真理离是绝非，所以只要摄心不散，不起任何思念，无分别住，就与真理自然契合；不须先学空见，然后学空。此说起自唐时摩诃衍那(一个曾到西藏盛传此说的汉僧)。虽然莲花戒论师详加破斥，但宋元以来，西藏讲修空的，仍多堕于此见。宗喀巴大师在本论中，对此抉择甚详(见“抉择大乘道体须双修方便般若”，及“毗钵舍那”科中“抉择真实义”，并“修观方法”诸科中)，今略摘述如下；(一)若不分别住便是修空，闷绝、睡眠、无想定等，应该都是修空。(二)若不起非分别便是修空，眼等五识都不起是非分别，应该也是修空。(三)若摄心一处，不起分别，便是修空，一切修止的时候，应该都是修空。
    他们有的人这样说：“若先观察所执的境，再来断除能执的心；如狗被人抛石块打击，追逐石块，不胜其烦。若摄心不散，不令起分别，一切分别即从自内心断除；如狗咬抛石块人的手，他就不能抛石块了，这才是扼要的办法。”本论对此说，广引经论破斥。
    如引《文殊游戏经》说：“故瑜伽师，应张智眼，以妙慧剑败烦恼敌，住无所畏，不应如彼怯人闲目。”又在《修次第论》说：“犹如戏时，不效勇士张目视敌所在而相击剑，反如怯兵见他强敌闭目待死。”这都说明修空观的人，必须先认清所执的境，再依正理通达所执境空，才能断除妄执。若但不分别住，决不能断任何烦恼。本论喻之为：如于暗中误认绳为蛇，生起恐怖，必须用灯烛来照，看清绳不是蛇，恐怖才能除去；若不看清，恐怖终不能去。
    又引提婆菩萨说，“若见境无我，能灭三有种”；引《入中论》说，“分别依有实事(所执的境)生，实事非有已思择”；“通达我为此(妄执)境已，故瑜伽师先破我”；又引法称说，“若未破此境，非能断此执”。这一切都说明必须先观察所执的“我”等境空，才能断除“我”等妄执，不是闭上眼睛，一切不分别，便是修空。
    这第一种误解，是修空观的最大歧途。本论所抉择的，极为扼要。
    第二说以为：若未得空见，令心不起分别，这虽不是修空，但是只要得了空见，再令心无分别住，就是修空。本论斥之为：若依此说，先得了空见，后修菩提心时，应该也是修空。所以此说不合理。
    第三说以为：未得空见固然不是修空；得了空见，完全无分别住，也不是修空；要每次修空之前，先用观慧思择空理，再无分别住，才是修空。本论指斥此说：如此，则“临睡前先用空见观察一次，再入睡眠，酣睡无分别时，应该也是修空”。所以此说也不合理。
    第四说以为：以上三说，都不合理；唯认为要在修空观前，先引起空见，再缘空性令心住定，才是修空观。实际上缘空之见令心住定，虽是修空见，但只是缘空见的修“止”，不是修空“观”。本论引《修次第论》说：“若时多修毗钵舍那，智慧增上，由奢摩他力微劣故，放风中烛令心动摇，不能明了见真实义，故于尔时当修正奢摩他。若奢摩他努力增上，如睡眠人不能明了见真实义，故于尔时当修智慧。”这说明在修空的时候，止观必须兼修，使止观势力平均，才能明了见真实义。若专修观，不间修止，先得的止，容易退失；止退失了，观也不能成就。但若只修止，不修观，就完全不是修空观的意义了。
    这样详细分析这些错误，申明修空观的正轨，尤为本论独到之处。
    (四)安立世俗谛
    般若部经，中观诸论，都说“一切法都无自性”，所以学中观见的，多偏于空，不善安立世俗谛，易堕所见。本论说明中观宗虽破一切诸法自性，但要安立无自性的缘起——世俗谛。安立俗谛，要具备以下三个条件：
    (一)是名言识所共许。名言识，通指一般人的眼等六识。名言识于境，只随所现而转，不再推求其境是否有自性。世俗谛法，必须是这种名言识所一致承识的。
    (二)无余名言量妨难。名言量，是指正确的名言识。如错乱识见绳为蛇，他人不错乱识见是绳非蛇，就不能安立错乱识所见的蛇为世俗有，因为与他人不错乱识所见不同的缘故。
    (三)无观真实量妨难。观真实量，就是观诸法是否实有的正量。有情由无明习气的力量，任见何物时，很自然地便执为实有体性。如见房屋时，便觉房屋是实有。房屋是名言识共许，也无余名言量妨难。若不推求其是否有自性，也就不为观真实量所妨难。因此所见的房屋，可安立为世俗有。但房屋是否实有体性，就要由观真实量来判断。以观真实最观察，就见房屋并无实体。因此有情所执房屋实体，不能安立为世俗有。
    具备这三种条件的，才可安立为世俗谛。这样安立的世俗谛，既无实体，不堕“常边”；也有因果作用，不堕“断边”。这是本论的一个重要特点。