西晋之后，东晋偏安江南。流行于魏吴西晋的佛教般若学，渗透到上流士大夫阶层，涌现出的名僧和议论佛理的名士越来越多。这时玄学的理论重心，已转向佛教的义学方面。名士奉佛，有两种思想倾向，一种是继承玄学中放浪形骸不拘礼法的传统，同《般若》《维摩》的大乖空宗接近；另一种是趋向于佛教有宗，试图调合佛教同儒家的正统观念，注重因果报应和佛性法身等说法。佛教在江南社会迅速扩展的原因，还有赖于帝王贵族浓厚的崇佛之风。东晋诸帝，无一不信奉佛教，结交僧尼，他们予沙门以特殊的礼遇，更有甚者可以出入宫廷，干预政事。考武帝时的尼姑妙音，可谓显赫一时，公卿百官竞相巴结，她在当时“供亲无穷，富倾都邑”， “权倾一朝，威行内外”，从而浮现出一种扭曲的社会现象。士大夫们也不甘落后，他们性好释典，崇修佛寺，供给沙门以百数，却并不接济亲友贫困。皇室贵族大兴土木，竞相修建寺庙，成为东晋王朝奉佛的一个特点，据唐法琳《辨正论》载，东晋共有佛寺1768所，僧尼24000人。这说明，一个前所未有的阶层即僧侣阶层在社会中形成了，佛教在汉地站稳了脚跟。 
　　佛教在东晋十六国的普及与发展中，成为争取各民族共同支持的一种信仰，从而增进了南北各族人民的了解与沟通，这在当时分裂的时局下，对于模糊胡汉各族的民族界限，维系一种共同的心理认同是十分有意义的。同时，佛教对在一定限度内阻止杀伐和稳定社会起到了作用。石勒、石虎在历史上以暴虐残忍著称，面对这样的暴君，佛图澄力劝石勒效“王者”，行“德化”，又恐吓石虎： “布政猛烈，淫刑酷滥，显违圣典，幽背法戒，不自惩革，终无福佑”。《僧传》说石勒听了佛图澄的劝谏之后，“凡应被诛余残，蒙其益者，十有八九”；石虎 “虽不能尽从，而为益不少”。道安（公元312~385年）受东晋之邀至襄阳，一居就是15年，时襄阳为东晋抗胡的前沿阵地，道安久居此地，实有安抚军士，稳定民心的用意。公元378年，苻坚围攻襄阳，道安分散徒众，自己却与守将朱序共守城池，次年2月，城破被俘。苻坚视道安为“神器”，安置他在长安五重寺，予以优渥，道安成为北方学界的领袖。在这种情况下，道安仍然劝说苻坚不要过江攻晋，虽未成功，却表达了他对汉民族正统的东晋政权的热爱。 
　　魏晋天下多故，士大夫崇尚玄学，鼓吹“以无为本”，“以寡治众”。然而，玄学多务清谈，不涉世务，虽风靡一时，却始终在名士豪族之中转圈子，未能深入和影响到社会下层，所以，到东晋以后，玄学思潮就告终结了。但是，玄学本身的精致思辨与魏晋名士善结佛师和崇尚玄谈之风给佛教般若学的驻足和发展提供了适宜的土壤。玄学关心的是名教与自然，佛教关心的是世间与出世间，这两大问题都能够归结到本末、有无这一对总范畴之下。佛教是出世的哲学，但它这时却是以出世的姿态关心着世间，试图协助王化，尽力治道，因此，玄佛两家的“所以迹”是一致的。道安把般若的“空”理解为本体、无，否认现象的真实性，只承认本体的空寂；道安的弟子慧远（公元334~416年）继承师说，以本无为法性，也就是以般若性空为实体。师生二人的观点与王弼的“以无为本”的说法基本一致，被称为 “本无宗”。当时对般若学理解和阐发的不同派别，统称为“六家七宗”，“六家七宗”的解释虽各有差异，但总的来说，都是对玄学化的《般若经》中的所谓的 “空”的意义之不同看法。“六家七宗”的出现，标志着佛教经论的解释权转移到中国知识僧侣手中，佛教在汉地也找到了自己在思想理论上的入口与依据，遂成为中国上层建筑的一部分。 
　　综上所述，佛教起源于印度，在两汉之际输入我国中原，先是依附于中国传统思想中的道术，后与魏晋玄学合流，开始了中国化的历程，并由此走向了南北朝时的独立发展道路和隋唐时的鼎盛时期。