《维摩经》“在欲而行禅”、“处染而不染”等思想，深刻地影响了禅宗，禅宗由此发展出了“烦恼即是菩提”、“出世即是入世”以及“运水担柴，无非妙道；扬眉瞬目，皆是修行”的思想。
《维摩经》运用不可思议的不二法门，消解一切矛盾，影响了禅宗思想、禅悟思维、公案机锋。禅宗由《维摩经》领悟到“见性成佛”，这是禅宗共同的宗旨，禅宗后来分宗立派都修持顿悟成佛、明心见性的法门。《维摩经》中的“于一切法无言无说，无示无识，离诸问答，是为入不二法门”，被禅宗强调为“不立文字”和“教外别传”。禅宗不提倡读经和著书立说，这样便与诸宗划清界限。《维摩经》的理论还由禅宗发展出了“无念为宗”，“于念而不念”，要人取消对任何事物的好恶、取舍等观念，做到自然无为，将修行置于日常生活之中。《维摩经》中教化学人的方式被禅宗发展为重视因材施教，除正面传法外，借助手势、动作，乃至棒打、吆喝等做法提示弟子。
