瑜伽宗是无著、世亲兄弟在佛灭后九百余年，约当东晋之末，刘宋之初，也就是公元第四、五世纪之间，根据弥勒的教法而在印度建立起来的。瑜伽是梵语译音，意思是“相应”。此宗学者自称其学说与真理相应，故名瑜伽。学此宗的人称为瑜伽师。其根本典籍有六经十一论。六经是《华严经》、《楞伽经》、《密严经》、《解深密经》、《大乘阿毗达磨经》、《如来出现功德庄严经》。后二经汉地未有译本。十一论之中一部根本论就是《瑜伽师地论》，十部支派论就是《百法明门论》(世亲撰)、《大乘五蕴论》(世亲)、《显扬圣教论》(无著)、《摄大乘论》(无著颂、世亲释)、《大乘阿毗达磨集论》(无著)、《辩中边论》(弥勒颂、世亲释)、《二十唯识论》(世亲)、《三十唯识论》(世亲)、《大乘庄严经论》(弥勒颂、世亲释)、《分别瑜伽论》(弥勒)。最后一论汉地未有译本。
    瑜伽宗在印度的传流有许多派别不同，一般就《三十唯识论》的注家而言，有十大论师各成一家。十大论师中与世亲同时的有亲胜、火辩，其后有德慧、安慧、难陀、护法、净月和护法的门人胜友、胜子、智月。诸法之说颇有差异，互相争议。其共同的理论原则是内而形体，外而世界，一切都是唯识所现，所以此宗又称为唯识宗。其教法以五法、三自性、八识、二无我为基础，以唯识观为当法。
    当元魏宣帝(元恪)时，菩提留支(508—535)、勒那摩提(508—?)、佛陀扇多(520—539)等到洛阳，译出世亲造《十地经论》，是解释《华严经·十地品》的，开始传播了瑜伽宗思想，建立了地论师学派。这是汉地瑜伽宗之始。但是勒那摩提与菩提留支的学说不同，因此地论师分为两派。勒那摩提的学派称为相州南道派，以勒那的弟子慧光为主；菩提留支的学派称为相州北道派，以留支的弟子道庞为主。后来南道派由于慧光(468—537)的弟子法上(465—580)专任僧统四十余年，门徒众多，传播很盛，而北道由此消沉了。现在从菩提留支著《金刚般若经论》(解释世亲著的《金刚经论》，通称《金刚仙论》)，可以窥知其学说的端倪。隋慧远(523—592)著《大乘义章》可以说是南道派的基本概论。
    地论师是依《十地经论》主张如来藏缘起之说的。但是北道派计黎耶以为依持，也就是黎耶生一切法；南道派计真如以为依持，也就是法性生一切法(《法华玄义释签》卷三十四、《法华文句记》卷七)。地论师以《十地经论》所说阿黎耶识、阿陀那识及无明等义，以为三界虚妄，但是一心所作。以阿黎耶识与《楞伽》所说如来藏心、《涅槃》所说佛性相同，名为真常净识；而以阿陀那以下七识为妄识，而阿陀那识名为无明识体，是无明痴暗之心。阿陀那识灭，便证入阿黎耶真识。真识之中又分为二：“一、阿摩罗识，此云无垢，亦曰本净。就真论真，真体常净，故曰无垢。二、阿黎耶识，此云无没，既前真心随妄流转，体无失坏，故曰无没。”(《大乘义章》节三)南北两道以此兴争。
    又南道立四宗，北道立五宗。四宗是：一、因缘宗，指《毗昙》说六因、四缘等；二、假名宗，指《成论》说三假等；三、诳相宗，亦名不真宗，指《大品》、《三论》等，明一切法不真实；四、常宗，一名真实宗，指《涅槃》、《华严》等说常住佛性，湛然本有也。五宗者于四宗外别立《华严》为法界宗，明法界自在无碍法门。
    其后，当梁陈之世有真谛(546—569)在南方传播瑜伽学说，其译品有《摄大乘论》(世亲释)和世亲著《俱舍释论》，流传为摄论师学派。真谛又译有《大乘起信论》，后来成为贤首宗重要典籍。
    摄论师立九识义，以第八识(阿黎耶识)为妄，第九识(阿摩罗识)为真实。第八识是无记无明随眠之识，亦名无没识；九识乃名净识。对治阿黎耶识，方得证入阿摩罗无垢识。第七阿陀那，此云执持，执持第八为我、我所，惟有烦恼障而无法执，定不成佛。第八阿黎耶识自有三种：一、性黎耶有成佛义；二、果报黎耶缘十八界；三、染污阿黎耶缘真如境起四种谤，即是法执而无人执。第九阿摩罗识，此云无垢识，真如为体。于一真如又有二义：一、所缘境，名为真如及实际等；二、能缘，又名无垢缘，亦名本觉(圆测《解深密经疏》卷十一)，此即真如智。
    由于汉地的地论师、摄论师、北道派、南道派各宗学说不同，议论纷纭，于是唐初玄奘决心于贞观二年(628)由长安西行往印度去求学，寻访《瑜伽师地论》以决定是非。往返经十七年，遍学了印度的中观、瑜伽、大乘、小乘各派之学。回国以后专事翻译，而以《成唯识论》为根本。《成唯识论》是玄奘汇集印度各瑜伽师的《三十唯识论》的注解而以护法的解释为主，糅合而成的。弟子窥基(632—682)亲助翻译，撰《成唯识论述记》和《唯识枢要》以及其他主要论疏。玄奘的后期译场设在大慈恩寺，因此这学派称为慈恩宗。玄奘门下又有新罗的学人圆测(613—696)，住在西明寺，其传授与窥基不同。于《摄大乘论》，窥基必崇世亲，圆测多取无著；于唯识义，窥基唯宗护法，圆测常依难陀。两派之间颇有争议。西明一派传入新罗，创立了新罗的瑜伽学派。窥基弟子有慧沼(648—714)，著《成唯识论了义灯》。沼传智周(668—723)，著《成唯识论演秘》。三代相承，世称唯识三祖。而《枢要》、《了义灯》、《演秘》成为研究唯识的宝钥。智周以后，便逐渐消沉了。
    慈恩宗是特别以《解深密经》及《成唯识论》为根据，成立其宗旨，以遍计所执相、依他起相、圆成实相摄一切染净诸法；立五位而判有为、无为诸法；宣扬一切唯识之旨，说阿赖耶识为根本识，含藏现行诸法种子，此种子转变为一切法。判如来一代圣教为有教(小乘)、空教(中观)、中道教(瑜伽)，而本宗为第三时中道教。对一切众生成佛之说主张有五种性之分，以明一乘真实，三乘方便之义。