智*(左岂右页)圆寂后，由其弟子智越综理一宗事务。智越在国清寺建成后，成为该寺第一任住持。
智越(543—616)，俗姓郑，南阳人。少怀离尘绝俗之志。出家后随方问道，抵金陵，遇智*(左岂右页)大师，乃北面请业。智*(左岂右页)授以禅法。智越戒行精严，律仪纯粹，五门六妙莫不深达，诵《法华经》万有余遍。“学徒虽众，其最居称首”，智*(左岂右页)晚年对他特别器重，故付以四众。“二十年间，恂恂善诱，无违遗寄。便为二众依止，四部归崇。姿容伟伟，德感物情，颇存汲引。”(《续高僧传·智越传》)敕造国清寺后，山中每次遭使奉启，必以智越居首。
智越之后，续任国清寺住持的是智璪。智璪(556—638)，俗姓张，清河人，因晋室播迁，寓居临海。年十七，父母双亡，乃投安静寺慧凭法师出家。后闻智者“轨行超群，为世良导”，即前往天台，服膺受道，行法华忏悔。曾随侍智*(左岂右页) 赴陈永阳王镇所。九旬坐讫，往宝林山寺，行法华三昧。隋大业元年(605)，驾幸江都，璪衔僧命出参，引见内殿，受“种种顾问”。后炀帝遣通事舍人卢正方送璪还山，并为智*(左岂右页)设一千僧斋，度四十九人出家，施寺物二千段、米三千石，并香酥等。又为国清寺造四周土墙。大业六年(6l0)，往扬州参见，帝仍遣给事侍郎许善心送还山，又为智*(左岂右页)设一千僧斋，度一百人出家，施寺物一千段。七年，又往涿郡参，帝劳谢远来，施寺物五百段，遣五十人仗防援还山。智璪在任住持期间，“凡经八回参见天子，并蒙喜悦，供给丰厚”(《续高僧传·智璪传》)。
智越和智璪相继担任国清寺住持，主要功绩在于：他们成功地保护了早期天台宗的利益，并通过与隋代帝王的联系(周旋)，扩大了天台宗的影响，也使天台宗在寺院经济方面有了较大的改善，从而巩固了天台宗的实际地位。但是，他们都未能在天台理论方面有所建树。从理论方面对天台宗予以辩护，并扩大其影响的是灌顶。天台传承，向以教理为重，虽然灌顶未曾担任国清寺住持，但由于他对天台宗教理的述说和发扬，故被后人列为天台五祖，以为智*(左岂右页)天台止观佛法的继承者。
灌顶(561—632)，俗姓吴，字法云。原籍常州义兴(今江苏宜兴)，后迁临海章安(今属浙江)，故又称“章安大师”、“章安尊者”。父亲早亡，由母鞠养。少闻佛法，年七岁而为摄静寺慧拯法师弟子。年二十受具足戒。慧拯法师去世后(583)，入天台山，依智*(左岂右页)大师，“沐道天台，承习定纲，罔有亏绪”，“研绎观门，频蒙印可”(《续高僧传·灌顶传》)。祯明元年(587)，在金陵光宅寺听智*(左岂右页)讲《法华经》，后将讲经内容整理成书，即为《法华文句》。陈灭后，随师上江，遍访名山遗迹。开皇十一年(591)，晋王作镇扬州，灌顶陪从智*(左岂右页)，居城外禅众寺。开皇十三年(593)，智*(左岂右页)回故乡荆州，以“答生地恩”，在荆州当阳玉泉山建立精舍。同年，智*(左岂右页)在玉泉寺讲说《法华玄义》，由灌顶记录并整理成书。明年，灌顶又在玉泉寺听智*(左岂右页)说《摩诃止观》，此后仍由他整理成书。
智*(左岂右页)病重时，灌顶“瞻侍晓夕，艰劬尽心”。去世前，灌顶“亲承遗旨，乃奉留书并诸信物，哀泣跪受”。其后，晋王遣扬州总管府司马王弘送灌顶还山，并为智*(左岂右页)设千僧斋，建立国清寺。
国清寺的建立与智*(左岂右页)生前的争取分不开，也与智越、灌顶等人的努力有关。智*(左岂右页)在《遗书》的后半部分中，曾向晋王提出以下要求：“今天台顶寺，茅庵稍整。山下一处，非常之好，又更仰为立一伽蓝。始剪木位基，命弟子营立。不见寺成，冥目为恨。”希望杨广为天台宗在天台山脚建立一座根本道场，使天台宗将以此为中心有所发展。晋王在智*(左岂右页)辞世不久，便一一满足了遗书所提出的要求。晋王《答遗旨文》云：
遗旨以天台山下遇得一处，非常之好，垂为造寺。始得开剪林木，位置基阶。今遣司马王弘创建伽蓝，一遵指划。寺须公额，并立嘉名，亦不违旨。……所求废寺水田以充基业，亦勒王弘施肥田良地。深蒙拥护。当年别资给行，送经一藏。依法为先师别供养，具钟、幡、香等。又施钱直，且充日费。鄮境灵塔、吴内石像、剡县弥勒、尊仪卧疾之处，并使装饰，亦不仰异。(《国清百录》卷三)
开皇十七年(597)，灌顶接掌荆州玉泉寺。同年底，受智越之遣，与普明一起奉智者遗书进谒晋王。明年初，晋王遣使王弘送还山，始用工造寺。仁寿元年(601)，寺宇初成，名天台寺。住持智越遣灌顶、智璪等人致书杨广道谢。
天台宗在国清寺建成前后，获得炀帝所赐大量“肥田良地”以及日用钱物；与此同时，荆州王泉寺因有晋王作檀越(施主)，也有了可靠的物质保证，晋王应允“住持三宝，弗敢坠失”。佛教天台宗的两个重要活动区域浙江天台山和荆州玉泉山，由于晋王在物质上的大力资助，终于建立起坚实的寺院经济，为后来天台宗的繁荣发展奠定了基础。必须指出，天台宗的幸存和此后的发展，是以智*(左岂右页)付出的沉重代价为条件的。正是智*(左岂右页)在石城遗书中向晋王表达对王权的妥协，才换来天台宗的转危为安，并在其弟子辈时获得发展。当然，智*(左岂右页)弟子辈们能遵循师嘱，在困难的境遇中，将智*(左岂右页)生前的理想一一化为事实，对于天台宗来说其贡献也十分明显。
仁寿元年(601)，杨广立为太子，出巡扬州，灌顶以檀越升位及寺宇初成，出山参贺，“遂蒙引见。慰问重叠，酬对如响，言无失厝，臣主荣叹”。同年，杨广特请灌顶、智璪入内斋，询问智者卒后的神异，灌顶应对如意。杨广遣员外散骑侍郎张乾威送还山寺，施物三千段，毡三百领。又设千僧斋，寺庙台殿更加修葺，使“丹青之饰乱发朝霞，松竹之岭奄同画锦”(《续高僧传·灌顶传》)。
仁寿二年(602)，扬州慧日道场慧庄、法论二师于东宫讲《净名经》，杨广遣使天台山，命指派通达智*(左岂右页)《法华》精神者入京，灌顶乃受智越委派，再次入京。
仁寿四年(604)，杨广即位，智越遣僧使智璪等前往祝贺，炀帝赐物五百段，并赐“国清寺”名①。
据《国清百录》卷三所载，自开皇十七年(597)智*(左岂右页)圆寂至仁寿四年(604)杨广继位，灌顶于八年内先后多次受智越之使，担当起天台宗与隋王朝之间联系的重任。
近据徐文明博士考证，灌顶作为天台宗特使在与隋炀帝交往过程中，仍有不甚融洽、相契之处②，这对我们研究灌顶的思想提供了一条新的线索。
按《续高僧传·灌顶传》所载，仁寿二年，杨广致书国清寺：“近令慧日道场庄、论二师讲《净名经》，全用智者义疏判释经文。禅师既是大师高足，法门委寄，今遣延屈，必希霈然。并《法华经疏》，随使入京也。”道宣以此为杨广宣召灌顶的令书，但实际上是一个误解。接着道宣又记载道：“顶持衣负锡，高步入京，三夏阐弘，副君欣载。每至深契，无不伸请。并随文接对，周统玄籍。后遣信送还，*(亻亲)遗隆倍。”杨广致书并非明确令灌顶参与，这在《国清百录》卷三《皇太子弘<净名疏>书》中可以看出：“右庶子张衡宣令：慧日道场僧慧庄、法论二师，于东宫讲《净名经》，全用智者义疏判释经文，一日二时躬亲临听。令扬州总管府遣参军张谐到天台，有谙委智者《法华》义者一人，仍赍疏入京。使到寺，寺差灌顶随使应令。”这就是说，灌顶此次入京仍由国清寺住持智越派遣。
《皇太子弘<净名疏>书》同时记载，灌顶应命持疏入京，先将疏付有司缮写，写后经灌顶校勘，然后入宫受持。是年八月，张衡宣令灌顶入宫面辞，杨广有令旨曰：“弟子重先师法门，故相劳苦，师亦须为法，勿以为辞。今遣大都督段智兴送师还寺，为和南大众，好依先师法用行道，勿损风望也。”别时杨广赐国清寺和灌顶本人大量财物。灌顶这次夏日入京，而秋日返寺，前后大约一季。道宣《灌顶传》所载“高步入京，三夏阐弘”，显然有误，不知所据。
关于此事，《佛祖统纪》卷七记载则与《百录》基本相符：“二年四月，遣扬州参军张谐入山宣令：慧日道场道庄、法论二师，于东宫讲《净名经》，全用智者疏文判释，可令寺众谙委《法华玄义》者，赍疏入京。众推师随使应令。八月，遣使送师还山。”此说当出自《国清百录》。问题涉及灌顶本人在所著《大般涅槃经玄义》卷下的一段自述：
日既隐于重崖，盲龟眠于海底，凭光想木，讵可得乎?余乃扫墓植树，更伏灰场，口诵石偈，思愆毕世。事不由己，迫不得止，戴函负封，西考阙庭，私去公还，经途八载。(《大正藏》卷三八)
文中所谓“私去公还，经途八载”，是指灌顶作为天台宗的特使与隋王朝交往的全部过程。这与他自开皇十七年(597)首次出使，至仁寿二年(602)最后一次入京前后六年的实际情况不符。《灌顶传》和《佛祖统纪》等都无灌顶在仁寿二年后仍作为天台宗特使的记载。也就是说，根据灌顶自己所说，他与隋王朝的关系直至仁寿四年(604)才告一段落。那样，也就与《灌顶传》所说“三夏阐弘”相符。
但《国清百录》卷三又记载说，大业元年(605)，炀帝驾巡江都，天台宗僧使智璪与诸州僧使至扬州参见，炀帝曾问及“灌顶师何在?”智璪的回答是：“灌顶师在寺，本应出奉参见，为患痢四十余日，不堪在道。”究竟是有病在身，还是不愿出奉，乃至根本就不在国清寺，现有资料都无法作解。唯一可以肯定的是，在此前后灌顶与隋炀帝的关系显得并不正常。而《国清百录》收集的材料基本上也就到大业元年为止。
围绕上述问题，实际上存在着两大难以索解的公案：一是灌顶最后一次在京城究竟停留多久(一季还是三年)?二是此后的受诬、受谗究竟实情如何?
从《大般涅槃经玄义》所述可以看出，灌顶在其师智者大师圆寂后，情绪十分低落，曾有“扫墓植树，更伏灰场，口诵石偈，思愆毕世”的打算。但考虑到天台宗的根本利益，他毅然以智者为楷模，担负起了与不甚协和的杨广周旋的重任。
灌顶长期侍奉智*(左岂右页)，受智*(左岂右页)思想影响极其深刻，并亲历了智*(左岂右页)为杨广迫害致死的事实。所以在他晚年所成的《大般涅槃经玄义》中，如实地倾吐了自己的心声。他写道：
余以童年，给侍摄静，摄静授《大涅槃》。诵将欲半，走虽不敏，愿闻旨趣。于是负笈天台，心欣蓝染，登山甫尔，仍逢出谷，不惟菲薄，奉从帝庭。师既香涂二宫，光曜七众，道俗参请，门堂交络，虽钦渴甘露，如俟河清，讵可得乎?尝面请斯典，降旨垂许，有期无日。逮金陵土崩，师徒雨散。后会匡岭，复属虔刘。爰西向江陵，仍遭雾露。敕征师江浦，顶疾滞豫章。始举帆南湖，已闻东还台岳，秋至佛陇，冬逢入灭。叹伊余之法障，奚可胜言!昔五百群盲，七回追佛；祇洹一狗，听两钟鸣。唯疆唯沈，无见无得；入山出谷，浮坠溯江；希闻斯典，竟不获闻。
智者大师的去世，对灌顶的打击可想而知。这一段沉痛叙述的基本精神，正是灌顶与隋王朝关系的思想背景。对智*(左岂右页)了解之深，非灌顶莫属；对智*(左岂右页)学说把握之真切，也非灌顶莫属。上述文字，也表达了灌顶与智*(左岂右页)相似的对陈王朝的认同感。
《大般涅槃经玄义》卷下又说：
日严诤论，追入咸阳。值桃林水奔，而夜亡其伴；又被谗为巫，收往幽蓟，乘冰济北，马陷身存。临危履薄，生行死地，悼栗兢兢，宁可尽言!昔裹粮千里，担簦于东南；负罪三谗，驱驰于西北。若听若思，二途俱丧。情不得已，寻诸旧疏。将疏勘经，不与文会。怏怏终日，恒若病诸。
这些事实在其他史料中也没有得到反映。“日严”指长安日严寺，“日严诤论”时间应在大业年间，但具体年代无法考究，争论内容也不得而知，至于为什么要将灌顶“追入咸阳”，更无法得知③。“被谗为巫”当是在日严争论之后，或与此争论相关。“收往幽蓟”则在被谗为巫之后。而“负罪三谗”是指“被谗为巫”的整个过程，还是指在与杨广周旋期间来自各方的谗言，也不得而知。
从自述情节来看，当时灌顶面临极其危险的困境，因遭受多方面的迫害，几死而后生。作为智*(左岂右页)天台学说事实上的继承人，却获受如此遭遇，杨广在其中起了什么作用呢?为什么在所有的天台宗其他文献中都避而不谈这些事实?其中或有难言之隐。
由于资料的缺乏，要回答这些问题是很困难的。但唯一可以肯定的是，灌顶继承了其师的作风，与隋王朝保持了距离，或曾流露不满之意。否则，即使他受各方之诬，杨广也应为之开脱。大业元年，杨广在扬州问智璪“灌顶师何在”，似乎不会是表示对灌顶的敬意(因为他明知灌顶此前“负罪三谗”)，相反恐怕包含着别的用意。
徐文明博士的论文《章安灌顶大师与隋炀帝的恩怨》提出了一条颇具建设性的意见，认为“被谗为巫”与天台宗诸禅师的神异相关。我们认为，这是比较容易接受的看法。而它的起因可能系灌顶与三论学者的交恶有关。
佛教东渐，主要通过所谓的“丝绸之路”，其早期传播地区首先是北方。或有从南海泛舟而达于沿海地区的，但为数有限。为达到布教目的，其时来华僧侣普遍以禅定和神异取胜，故带有神异色彩的禅定实践在北方具有深厚的基础。据《高僧传》等记载，凉州僧侣中不乏禅法大师。如释玄高深得浮驮跋陀(觉贤)的禅法，北魏道武帝平凉时被掠往平城，太子晃师事之。昙无谶也是凉州大禅师，北魏太武帝曾遣使索求，途中为沮渠蒙逊所害。昙曜也以禅业见称，为北魏文成帝等重用。
因受印度佛教和西域佛教的影响，中国内地早期禅学以及前期禅宗均含有神异成分，天台宗先驱者慧文、慧思的禅法中也杂有神异成分。即使在智*(左岂右页)大师的禅法中也仍然包含神异。对此神异，隋代帝王既惊奇又害怕，并随着其统治的日益腐败而倍加重视。
据慧思《誓愿文》所说，他曾多次遭受恶比丘毒害，但都借助神异之力而得以免死。《续高僧传·慧思传》也记载说，慧思因神异力，“怨嫉鸩毒，毒所不伤。异道兴谋，谋不为害”。在金陵栖玄寺时，“尝往瓦官，遇雨不湿，履泥不污”，从而引起“举朝属目，道俗倾仰”。
智*(左岂右页)因其师“恨其定力少耳”，在离开慧思后，一再入山修习禅定、修建忏法。据《别传》所载，智*(左岂右页)生前即因禅定之力而有神异之迹。如荆州当阳玉泉寺建立之前，该地“本来荒险，神兽蛇暴”，智*(左岂右页)到后，“口自咒愿，手又*(扌为)略；随所指处，重云叆叇；笼山而来，长虹焕烂；从泉而起，风雨冲溢”。在慧思和智*(左岂右页)的禅法中，都与陀罗尼修习相联系。智*(左岂右页)所立的忏悔法，夹杂着大量陀罗尼诵念，使其神秘色彩得以凸现。智*(左岂右页)去世后，表现出大量的神异事迹，《别传》具体记载有十条，《国清百录》卷三《僧使对皇太子问答第七十四》载灌顶向杨广陈述有五条。
北方禅法中的神异即使在禅宗北宗弟子那里也还保存着。据《宋高僧传》分析，裴宽之所以礼敬普寂，是因为“寂之阐化，神异颇多，裴皆目击。又得心印，归向越深”(卷九《普寂传》)。这表明，裴宽奉佛虽勤，“日夕造谒，执弟子礼曾无差脱”，但重在神异信仰而缺少理论的见解，因为他感兴趣的是北宗禅的神异部分。
天台先驱者以及智*(左岂右页)大师的神异事迹，无疑与北方禅法传统保持着某种联系，他们在地理上从北方转移至南方时，并没有完全抛弃这些神异，这是天台宗与后期禅宗的重大区别。后期禅宗的一大成就，是连同禅法一起，把夹杂于禅法之中的神异彻底清除出自身体系，纯粹依赖明心见性、智慧解脱。如沩仰宗的禅师教导一切禅者，不要追求“行通”，而要争取“理通”。“行通”指传统禅法中幻想的神通；“理通”指通达佛教的义理。理通涉及人们的见解，玄学也是见解，它有助于摆脱佛教神异。
打出弥勒信仰的旗号发动起义，在北魏时期已有多次。据《隋书》等载，隋代大业年间，民间以弥勒佛出世名义发起反隋暴动的有三次，其中大业六年(610)一次，大业九年(613)两次。佛教在民间的影响，尤其是弥勒信仰在民间的传播，对隋统治者来说，绝对不是普通信仰的问题。杨广对佛教的关心，根本上说是为了保持对僧众的警惕，这在他与智*(左岂右页)的交往关系中已经看到。
智*(左岂右页)去世后，杨广曾一再追问灌顶、智璪：“先师亡后有何灵异?”灌顶举以五条灵异相答。《智*(左岂右页)传》和《别传》都提到，智*(左岂右页)在临终前嘱咐弟子，将衣钵道具分作两分，“一分奉弥勒，一分充羯磨”，表达了他的弥勒信仰。据《续高僧传·智晞传》说，智*(左岂右页)弟子智晞也有弥勒信仰。智晞临终时，有弟子问“和上当生何处”?智晞答曰：“如吾见梦，报在兜率，宫殿青色，居天西北，见智者大师。”接着还说：“左右有诸天人，皆坐宝座，唯一座独空。吾问所以，答云：灌顶却后六年，当来升此说法。”灌顶去世正是在智璪之后六年，这暗示着灌顶死后也上升兜率天。而《灌顶传》也记载，灌顶临终时授命弟子，依《弥勒佛》所说烧香送行。可以说，早期天台宗的弥勒信仰是一个普遍的现象。
此外，灌顶也曾在生前多次以神异解救乡人染患、击破海盗侵袭(见《灌顶传》)。其同学智璪与之相类。据载，智璪因神异之故，遇毒不为之伤。隋大业元年，“驾幸江都，璪衔僧命出参，引见内殿，御遥见璪，即便避席，命令前坐”(《续高僧传·智璪传》)。
作为智*(左岂右页)大师止观学说体系和止观修行、各类忏法的继承人，灌顶在杨广心目中的实际地位在智越之上。灌顶长期侍从智*(左岂右页)，并在智*(左岂右页)去世时“亲承遗旨”，他的弥勒信仰和宗教神异必然也对杨广造成心理压力。
根据上述分析，我们可以推断，灌顶曾因过分渲染智者大师的神异而引起杨广的不快(而这种渲染既出自对智*(左岂右页)大师的崇仰和怀念，又带有对隋王朝的傲慢情绪和不敬色彩)。与此同时，三论学者因与天台宗存在学说等方面的矛盾，故很有可能在日严寺论争过程中，扩大派系矛盾，造成对灌顶的政治迫害。
按《灌顶传》所说，灌顶“晚出称心精舍，开讲《法华》，跨朗笼基，超于云印，方集奔随，负箧屯涌。有吉藏法师，兴皇入室，嘉祥结肆，独擅浙东，闻称道胜，意之未许。求借《义记》，寻阅浅深，乃知体解心醉，有所从焉。因废讲散众，投足天台，餐禀《法华》，发誓弘演”。根据这段记载，则意味着三论宗的开创者吉藏对灌顶佩服之至，并曾依灌顶修习《法华》。但这一记载显然与事实有很大的出入。
据《国清百录》卷四载，吉藏曾四次致书智*(左岂右页)，措辞谦抑，表示要向智*(左岂右页)请教天台教义。四次致书中的最后一次时间是在开皇十七年(597)，即智*(左岂右页)尚在天台修禅时。《国清百录》是灌顶根据原始资料的实录，说的是吉藏对智*(左岂右页)的敬佩，而道宣《灌顶传》所谓吉藏向灌顶求借《义记》，乃至“废讲散众，投足天台”，是将吉藏与智*(左岂右页)关系错置于吉藏与灌顶关系中。又《灌顶传》说灌顶之学达到“跨朗笼基，超于云印，方集奔随，负箧屯涌”的效果，这恐怕也不是灌顶本人的意思，但它很可能曾在当时佛教界传播，这对天台宗与三论宗的关系来说不是件好事。
“跨朗笼基”的“朗”是指法朗，而法朗正是吉藏之师。法朗于二十二岁出家，游学扬都，先后受学禅法、律学、《成实论》、《阿毗昙》。后入摄山，从僧诠学“四论”以及《华严》、《大品》等经典。陈武帝永定二年(558)，奉敕入京，住兴皇寺，以上述二经及“四论”开讲。凡“往哲所未谈，后进所损略，朗皆指擿义理，征发词致”；“听侣云会，挥汗屈膝；法衣千领，积散恒结”。前后二十五年，讲论不辍，阐述二经及“四论”各二十余遍。听讲僧俗常有千余人，知名弟子号称有二十五哲，吉藏是其中之一(见《续高僧传》卷七《法朗传》)。
吉藏于七岁时即依法朗出家，博览经论，潜心研习。十九岁时为法朗复讲经论，颇受大众称誉。陈废隋兴之际，江南凌乱，僧尼奔散，寺庙荒废，吉藏和同学前往各寺，收集文疏写本，满三大间。他勤奋整理、研读这些著述，为三论宗哲学体系的建立打下坚实的基础，所谓“目学之长勿过于藏，注引宏广咸由此焉”(《续高僧传》卷一一《吉藏传》)。隋平定百越(今浙江、福建一带)后，吉藏东游抵达会稽(今浙江绍兴)，住嘉祥寺。在这里，他宣讲三论，弘传佛法，听者常有千余人。因在嘉祥寺居住讲学前后十余年，故后人称他为“嘉祥大师”。在此期间，他曾派弟子智照往返于会稽和天台之间，与天台智*(左岂右页)互致问候。
隋文帝开皇末年，晋王杨广总管扬州，设四道场以延集佛教学者，吉藏以解悟通达的盛名而被召入慧日道场，受特殊礼遇。此后，杨广又在长安建日严寺，请吉藏居住。在长安期间，他著书立说，完成创宗立派的工作。大业年间，他先后撰写成《中论疏》、《百论疏》和《十二门论疏》等“三论”注疏，并完成《大乘玄论》、《三论玄义》、《二谛义》等重要论著，对般若性空理论作了完整的阐述，创建了三论宗的学说体系。
对天台宗与三论宗的关系，灌顶在《智者大师别传》中另有这样的记载：“兴皇法朗，盛弘龙树；更遣高足，构难累旬。磨镜转明，揩金足色；虚往既实，而忘反也。”这里所说法朗的“高足”中，想必应包括了吉藏。在私人交谊上，也许吉藏曾表示对智*(左岂右页)的敬重，但在学说思想上，必然有矛盾和冲突。形式上看，天台和三论都重中道实相，但天台以经命宗，而三论则以论命宗，其内容和方法都有很大差异。天台宗立“一念三千”、“性具善恶”诸说，都是从肯定的角度立论；三论宗则着重于“无所得”，以否定的方式表述自己的观点。吉藏明确提出，三论宗就是要通过“无著无得”的思想原则和论述方式，达到对最高真理的认识。《别传》所说似乎相对比较客观。
吉藏对智*(左岂右页)的敬重不等于对其弟子灌顶的敬重，因此，天台宗与三论宗在教理上的差别有可能在智*(左岂右页)去世后演变为正面冲突。“日严诤论”和此后灌顶命运的不济，很可能是这种矛盾的延续。
从《大般涅槃经玄义》的自述来看，灌顶此后的遭遇始终不尽人意，“运丁隋末，寇盗纵横，海闹山喧；无处纸笔，匿影沃洲；阴林席箭，推度圣文；衣殚粮尽，亏其次第”。他不得以四处流落，先是匿影沃洲，后又卜居安洲，并因“再蒙灵异”，使智*(左岂右页)的著述得以保存。两地人迹罕见，清苦异常，“菜食水斋，冰床雪被，孤居独处，梦抽思乙”。
天台宗和早期禅宗都以印度禅定修习为背景，但禅宗在其发展过程中，逐渐摆脱印度佛教的神异传统，与中国固有人文精神相结合，最终发展到呵佛骂祖，宗教神学色彩日益淡薄。天台宗则在接受中国传统文化影响的同时，坚持印度(及西域)佛教的神异观念，信仰的特征未曾有所淡化。天台宗自创立之时便重视忏悔、念佛，这或许与它的神异观念相应；作为天台佛教的一大特征，神异始终被保留在天台宗的修行体系中，从而也不断强化该宗的忏悔、念佛活动。尽管天台宗与禅宗有许多相似之处，但就这一点而言，两家始终存在着差距。后期禅宗的立场是要彻底摆脱印度佛教的影响，在提升文化品位的角度完成人生意义的追求；而天台的宗旨是要在两个层面上同时实现对佛教理想的追求，即不仅要保证高层次的佛教学说的推进，同时也要落实普通民众的佛教信仰。天台宗教学说的高超绝妙、精湛绝伦，与该宗神异信仰及忏悔修行形成鲜明对照，但又以圆融统一的思想原理作出巧妙安排。——当然，宋以后各宗向净土念佛的归趋则另当别论。
灌顶对天台宗的贡献是多方面的。具体表现如下：
首先，灌顶作为智*(左岂右页)大师的嗣法弟子，为天台学说的传弘作出了重要贡献。
自陈后主至德元年(583)师事智*(左岂右页)起，至隋开皇十七年(597)智*(左岂右页)去世止，灌顶未曾离开过智*(左岂右页)，他是智*(左岂右页)创立天台宗的有力助手。吕澂先生指出：“智者的门下很多，能继承和光大他的学说的是灌顶。”(《中国佛学渊流略讲》第165页)虽然继智*(左岂右页)大师而纲领天台山寺(后为国清寺)的是智越，但从学说思想方面继承和弘传天台宗教体系的却是灌顶。
智*(左岂右页)的学说多经灌顶之手而得以广泛传播，如代表智*(左岂右页)学说体系根本的“天台三大部”(《法华文句》、《法华玄义》、《摩诃止观》)④即经他记录并整理而成书，得以流传后代，故梁肃《天台止观统例》曾说他“于同门中慧解第一，能奉师训”(《大正藏》卷四六)。有“天台五小部”之称的《金光明经玄义》、《金光明经文句》、《观音玄义》、《观音义疏》、《观无量寿佛经疏》，也都由灌顶笔录成书。道宣《灌顶传》末尾记载灌顶对天台学说的贡献说：
自顶受业天台，又禀道衡岳，思*(左岂右页)三世，宗归莫二。若观若讲，常依《法华》，又讲《涅槃》、《金光明》、《净名》等经，及说圆顿止观、四念等法门，其遍不少。且智者辩才，云行雨施，或同天网，乍拟璎珞。能持能领，唯顶一人。其私记智者词旨，及自制义记，并杂文等题目，并勒于碑阴。(《续高僧传》卷一九)
意思是说，灌顶全面继承了慧思、智*(左岂右页)所传的事业，使天台的学说得以传承久远；在智*(左岂右页)的弟子中，也只有灌顶才能担当此重任。志磐《佛祖统纪》在为灌顶作传后评论说：
昔在智者为佛所使，以灵山亲闻《法华》之旨，惠我震旦，乃开八教、明三观，纵辩宣说，以被当机，可也。至于末代传弘之寄，则章安侍右，以一遍记之才，笔为论疏，垂之将来，殆与庆喜结集，同功而比德也。微章安，吾恐智者之道，将绝闻于今日矣。(《佛祖统纪》卷七)
这就是说，灌顶记录和整理智*(左岂右页)的止观学说，可与当年阿难结集佛陀之教说相比拟，对天台学说思想的弘传贡献甚大。倘若没有灌顶对智*(左岂右页)学说的记录和整理，那么后人也就无法继承和发扬天台教义了。
由于长期受智*(左岂右页)学说的熏陶，并受智*(左岂右页)人格力量的感染，灌顶对天台佛学的领会非常精确。就“三大部”来看，灌顶的笔录相当真实可信，行文风格严谨，学术性很强。经他记录和整理的智*(左岂右页)著作，或属他发挥或补充的地方，一般都有按语，使读者得以区分。这样也就比较完整地保存了智*(左岂右页)的原始思想资料。
其二，智*(左岂右页)大师创立了天台宗，灌顶则为保证天台宗的存在和发展作出了重要贡献。
灌顶在智*(左岂右页)去世后，与智越、智璪等人一起，共同担负起与隋炀帝长期周旋，维护天台宗宗派佛教实际利益的重任。
智*(左岂右页)去世后，将智*(左岂右页)遗书亲自送达晋王的是灌顶(以及普明)，遗书除了陈述“六恨”，还向晋王提出了修建天台寺、为玉泉寺作檀越主等要求。晋王在《答遗旨文》中应允：“遣司马王弘创建伽蓝，一遵指划。寺须公额，并立嘉名，亦不违旨。……所求废寺水田以充基业，亦勒王弘施肥田良地。”又应允为天台“施钱直且充日费”，并于智者卧疾之处“使装饰亦不仰异”。在答遗旨文中，晋王还写道：“灌顶、普明面引询访，具述遗形宴坐，宛若平生。转恨失时，不重餐义味，仰揆定力，如须弥峙。”(《国清百录》卷三)这说明，灌顶等人在向晋王转送智*(左岂右页)遗书时，不失时机地给了对方以一定的精神压力，从而比较顺利地落实智*(左岂右页)大师遗愿。
天台宗根本道场天台寺(即后来的国清寺)的建立，原则上应归之于智者生前的决策，而智越、灌顶等人的活动则促成了这一功德事业。灌顶、普明转还天台山，司马王弘受晋王之命同时入天台山，落实天台寺的营造。三年后即仁寿元年(601)，天台寺成，住持智越遣使灌顶、普明致书杨广，以表谢意。谢启中对天台寺的形制规模作如下描述：“寺居五峰之内，夹两涧之流，堂殿华敞，房宇严秘，方之净土，用集神仙。成就以来，先师恒垂影迹。圣境虽遥，有感斯应。”(《国清百录》卷三)天台寺的具体规划和建造，当与灌顶的努力相联系。据说寺内曾多次设千僧斋，可见该寺规模之恢宏。
此后，灌顶作为天台宗与杨广沟通的特使，又一再担负重大使命，被委派奉启入京，灌顶都不辱众命。在此期间，太子杨广也多次作书(如《敬灵龛文》、《于天台设斋愿文》、《令书与天台山众》、《重令书》等)与天台山僧众，或表示慰问，或施予财物。这些，对天台宗的巩固和繁荣都起到一定作用。
灌顶于开皇十七年接掌荆州玉泉寺，在玉泉寺推进天台佛学的传授，对玉泉寺系统的天台佛教的展开具有重要意义(详见后述)。
为确立智*(左岂右页)大师在教界的特殊地位，灌顶依据《付法藏因缘传》，初创了一个有关天台宗在印度的二十四祖传承世系，即所谓“大觉世尊，积劫行满，涉六年以伏见，举一指而降魔，始鹿苑，中鹫头，后鹤林。法付大迦叶。……法付龙树。……付法藏人，始迦叶，终师子，二十三人。末田地与商那同时，取之则二十四人。诸师皆金口所记，并是圣人”。然后又从智*(左岂右页)大师逆推，与印度龙树菩萨相接，所谓“智者师事南岳……南岳事慧文禅师……文师用心，一依《释论》，论是龙树所说，付法藏中第十三师。智者《观心论》云‘归命龙树师’，验知龙树是高祖师也”(见《摩诃止观》卷首“缘起”部分)。这样，灌顶就创立了以龙树为初祖、慧文为二祖、慧思为三祖、智*(左岂右页)为四祖的天台宗早期传承系统。
这一天台传承系统虽然颇存疑问，并且后来引发与禅宗的一系列争论，但它是中国佛教最早提出的具有宗派色彩的法统说，对早期天台宗地位的巩固产生过一定作用。至唐代中叶，湛然为排拒他宗，弘扬本宗，在灌顶上述法统说的基础上进一步推断，并经其弟子梁肃《禅林寺碑》刊定，终于形成为后世天台学者所共遵的天台九祖说。这天台九祖之传承如下：龙树大师、慧文禅师、南岳思禅师、智者大师、章安灌顶禅师、缙云威(智威)、东阳威(慧威)、左溪朗禅师、湛然禅师。
第三，灌顶在天台学说方面也有自己的贡献。
灌顶既以主要精力整理智者大师的著作，又于晚年住会稽称心精舍，讲说《法华经》，阐述天台学说，并有若干著述保存了下来。现存灌顶本人的著作有：
《大般涅槃经玄义》二卷；
《大般涅槃经疏》三十三卷；
《观心论疏》五卷；
《天台八教大意》一卷；
《国清百录》四卷；
《天台智者大师别传》一卷等。
其中，《涅槃玄义》、《涅槃经疏》阐述了灌顶自己对涅槃佛性思想的理解，有若干与其师相异之处，系在智*(左岂右页)思想基础上的发展(详见后述)。由于灌顶的努力，使智*(左岂右页)大师的学说和事迹得以广泛流布。也因灌顶之力，天台宗在此时迅速发展。五代时，吴越王特请谥为“总持尊者”，位列天台第五祖。
灌顶之后，因法相唯识、华严、禅等各宗势力相继兴起，天台止观学说受到强力冲击，天台宗没有得到发展的机会，乃至隐然仅存而已。直至中唐之时，荆溪湛然发挥智*(左岂右页)学说，“网罗遗法”，独创“无情有性”学说，毅然担负起“中兴天台”的重担，方使天台宗的弘传出现重大转机。
近年来学术界在重视智*(左岂右页)思想研究的同时，也已注意到了灌顶对天台宗的重要贡献，并基于以往忽视灌顶研究或对灌顶评价不够的某些缺憾，要求对灌顶予以重新评价。有学者甚至认为，灌顶在天台宗史上具有特殊地位，天台宗的创建是智*(左岂右页)与其弟子灌顶共同完成的，故其地位可与智*(左岂右页)相提并论。
上述看法显然是不合适的，因为它既不符合事实，也缺乏必要的逻辑支持。灌顶作为智*(左岂右页)弟子，是以智*(左岂右页)的学说为前提，展开对智*(左岂右页)著述的整理和阐扬，若脱离了智*(左岂右页)的学说背景，灌顶的地位根本无从谈起。灌顶的思想基本上祖述其师，并未另立体系；灌顶为天台寺建立以及天台宗地位确立所作的贡献，也以智*(左岂右页)生前(在僧俗两界)的实际地位为背景。智*(左岂右页)作为天台宗的实际创始人，已是一千多年来的历史事实，着意抬高灌顶的地位，含有对智*(左岂右页)历史贡献的质疑，这需要有更多的原始资料作出论证。过分夸大灌顶的地位，我们以为是不可取的。
①据《国清百录》卷三《表国清启》云，国清寺之名得自“寺若成，国必清”之意。“前为智者造寺，权因山称。经论之内，复有胜名，可各述所怀，朕自详择。……诸僧表：戒师有行者圣，表寺为禅门、五净居。其表未奏。僧使智璪启云，昔陈世有定光禅师，德行难测，迁神以后，智者梦见其灵云：今欲造寺，未是其时。若三国为一家，有大力势人，当为禅师起寺。寺若成，国必清，必呼为‘国清寺’。”于是炀帝纳其言，名国清寺。此记载不可为信史，“国清寺”之名很可能是隋炀帝为粉饰他的专制政治而亲自内定，然后借他人之口说出而已，所谓托梦神异自然不必当真。
②见《章安灌顶大师与隋炀帝的恩怨》，载于《东南文化》1998增刊。
③徐文明博士在文中对此曾作过推断，可参考。我们认为，此事可能有两种：一是与天台宗跟三论宗的矛盾有关；二是与隋炀帝的正面冲突有关。而二者均与天台禅者的神异有联系。
④《佛祖统纪》卷七记载云：“陈至德初，谒智者于修禅寺，禀受观法。研绎既久，顿蒙印可。因为侍者，随所住处，所说法门，悉能自领解。祯明元年，随智者止金陵光宅寺，听讲《法华》。隋开皇十三年夏，受《法华玄义》于江陵玉泉。十四年夏，受‘圆顿止观’于玉泉。至于余处讲说，听受之次，悉与结集，大小部帙百有余卷，传诸未闻，皆师之功也。”
