百塔寺位于终南山北麓长安区王庄乡天子峪口，地势高敞，视野辽阔。东眺五台翠华，群峰耸立；西览草堂烟雾，沣水碧涛；南依巍巍秦岭，林木葱郁；北视关中平原，沃野千里。正所谓龙脉龟背，风景绝佳。

    百塔寺始建于西晋太康二年(281)，原名淳化寺。隋开皇十四年(594)重建，称为至相道场。历史上与百塔寺渊源最为深远的僧人要数唐代三阶教创始人信行法师了。

    信行创立的三阶教把佛法分为三个阶段，认为当时是佛法已经完全没落的第三阶段，在这个时候修行佛法必须要采取特殊的方式。三阶教以苦行忍辱为宗旨，每天只吃一顿乞来的饭，不吃寺院的饭。他们说一切佛像都不过是泥巴木头塑的，不需要尊敬，只有一切众生是真正的佛，所以要尊敬。所以他们在路上行走，见人不论男女，一概都要马上礼拜。三阶教竭力提倡布施，乃至到了僧人死后，还要把尸体放在森林里，供鸟兽吃，这叫做以身布施。三阶教还反对净土宗所提倡的念佛，主张不念阿弥陀佛，只念地藏菩萨。

    三阶教的这些宗旨和做法却也有一些新意，尤其是大力布施的做法，将所得到的布施广泛布施给穷苦人民，算是当时的一种“慈善事业”，这导致信众越来越多，在唐代曾信徒众多，盛行一时。但是他们的这些理念都与正统的佛教界很不协调，而且财力越来越大，让官府感到难以控制，所以三阶教在兴盛的300年间屡遭朝廷的禁止和正统佛教的攻击，到了唐末以后，更被认为异端邪说，逐渐日趋衰微而不传。

    隋开皇十四年，信行圆寂，弟子净名、慧了等300余人，根据遗嘱林葬信行法师，然后收其尸骨，建塔于梓谷鸱鸣阜(今终南山天子峪)。后来其弟子数百人，效仿林葬法，“以身布施”，圆寂后都葬于信行墓塔后或两侧。天长日久自然形成了以信行墓塔为中心的数百塔院。因石塔累累，唐大历六年(772)改名为百塔寺，成为三阶教的祖庭，又名信行禅师塔院。

    百塔寺在隋、唐时期盛极一时，规模巨大，殿宇宏伟，寺僧众多。宋明时候百塔寺的规模还相当宏大，颇为可观。清同治元年(1862)南山一带许多寺院均毁于战火，百塔寺亦未能幸免。时人王弘度《游百塔寺》诗云：

    谷口逶迤百塔深，望中烟雾费招寻。

    荒芜蒙蔽千年迹，新碣又留一代新。

    僧老那知思往事，客来犹自续高吟。

    凭栏舒啸情何极，涧水苍茫隔暮阴。

    由此可见当时百塔寺荒凉破败的景象。

    民国初年，该寺残墟犹存，规模已大不如前，只留下北门城楼(即山门)垣墙、古槐、照壁依然可观。民国三十年(1941)前后，国民党黄埔军校第七分校驻扎在王曲曹村一带。为了修建军队营房，将百塔寺大殿庙宇大多拆毁，法器什物抢劫一空，伐树毁像，寺内之古钟、大锅、名人壁画、经幢毁之净尽，荡然无存。当地民间流传有顺口溜说：“第七分校，不干正道；白天睡觉，黑夜拆庙；不要砖瓦，单要木料。”反映出老百姓对毁庙行为的深恶痛绝。

    百塔寺自晋代开始即成为游览胜地，历代名人多有访游。东晋王羲之在此写过《心经》石碑，碑现存西安碑林博物馆内。北宋苏轼游览南五台诸寺及草堂寺、太平峪时，也曾在寺里住宿。

    大殿后的银杏树，相传为隋、唐时栽植，被称为“中国第二银杏树”“千年活化石”，高约30余米，树冠达百余米，树围18余米，浓荫覆盖半个寺院。银杏树历尽千年风霜，依然枝叶茂盛，长势见旺，1998年被西安市公布为重点保护文物。

    现在的百塔寺，于银杏树旁新建大雄宝殿一座，殿内塑有释迦牟尼佛像一尊，流光溢彩，栩栩如生，东为大慈大悲观世音菩萨，西为幽冥教主地藏王菩萨，两边墙壁上有十八罗汉拓版画像，姿态各异，肃穆庄严。宝殿前广植松柏棕榈，竹木花卉，郁郁葱葱，曲径通幽，殿后千年古树生机盎然，浓荫覆盖，庄严国土，利乐有情，晨钟暮鼓，淳朴典雅，再一次成为佛家弟子参禅礼佛的理想场所。