元末，乌思藏帕木竹巴万户长、朗拉斯家族的绛曲坚赞(《红史》记其曾被英宗硕德八勅封为“大司徒”)以武力陆续征服卫藏各万户，复乘萨迦昆族高层内讧、兄弟阋墙之机，挥师直下萨迦大寺，摧毁萨迦政权，以第司帕木竹巴地方政权取而代之，威严号令，重如金轭。诸万户乃至“边地诸邦王侯”，纷纷“各依方俗，献呈财物贡赋”①，俯首听命。
其时，被内部倾轧、军阀混战和农民起义折腾得遍体鳞伤、忽剌剌大厦将倾的蒙元朝廷，根本不可能效忽必烈故事给萨迦政权以强有力支持，故于至正二十一年(1361年)藉绛曲坚赞遣重臣仲钦·协饶扎西等人晋京献贡、申辩、请旨之机，承认其执掌西藏地方政权之既成事实，并赐予“子孙可以世袭之诰敕。”②
第司帕木竹巴地方政权建立后，“守持出家戒规，住持沙门律仪”③的大司徒绛曲坚赞即规定：家族男性后裔仅留一人娶妻生子，繁衍后代，其余一律出家，研习佛规，认真修持④；每一代政治领袖(第司贡玛)，均须从自幼出家、戒行高洁、主持过丹萨替寺或泽当寺法座之家族后裔中产生，而不得由未出家之俗人继任。后世继任第司贡玛者，必须“杜绝酒色”、坚守“僧人操行”，不得“同妇人厮混”，不得饮酒，“过午不食”，不得嬉戏、赌博，不得“偏私不公”，不得“私自占有本政权属下的穷苦百姓”。侍奉第司贡玛之“司膳官、侍寝官以及官寨中任何人若给他斟酒或召进妇人。全体撒巴、俗官和士卒应集中起来，以石头活埋之。”⑤身为第司贡玛，必须勤奋好学，“研究从前的箴言和古老的史籍，听从知识渊博和有理智的长者们的意见”，以史为鉴，奉行众善，远离诸恶；“若出现失误”，则应“听从有头脑的知识广博的人的提醒”，以便及早迷途知返。后嗣中有违反上述规定者，“均得从此尊位下台”⑥。
与此同时，大司徒绛曲坚赞在卫藏各地大规模推行“谿卡”制度，发展生产，振兴经济；于卫部各关隘处创建十三大宗，任命各宗宗本，确立宗本三年一任、每年考察各宗政绩之制；以第三十二代吐蕃赞普松赞干布依佛典订定之“十善法”为准绳，颁布实施英雄勇虎律、懦夫狐狸律、官吏执事律、听讼是非律、逮解法庭律、重罪肉刑律、警告罚锾律、胥吏供应律、杀人命价律、伤人处刑律、狡赖赌咒律、盗窃追赔律、亲属离异律、奸污赔偿律、过时愈约律等十五条律令及与“武力作战法”、“坚守寨堡法”、“公正不阿法”、“赔偿命价法”等法规，以期达成“既不舍弃贫弱，亦不纵容强悍，洞察真伪，分清皂白，”“使全藏安宁，虽老妪负金于途，亦可坦然无虑”⑦之大治目标。
藏历第六饶迥木龙年(1364年，元顺帝至正二十四年)，大司徒绛曲坚赞逝世前上表朝廷，举荐其侄子释迦坚赞继位。翌年，元顺帝妥懽帖睦尔敕封释迦坚赞为“大司徒”、“靖国公”、“灌顶国师”，等名号，并赐诰印，令其承袭绛曲坚赞之职，“统御全藏三区”，“世袭罔替。”⑧是为西藏帕木竹巴地方政权第二世第司贡玛。
洪武二年(1369年)五月，代元而兴的明太祖朱元璋，“惩唐世吐蕃之乱，思制御之。惟因其俗，尚用僧徒，化导为善”⑨，遂遣使宣谕藏区，诏告中央政权更替，令各地僧俗领袖归命新朝：“昔我帝王之治中国，以至德要道民用和睦，推及四夷，莫不安靖。向者，胡人窃据华夏，百有余年，冠履倒置。凡百有心，孰不兴愤。比岁以来，胡君失政，四方云扰，群雄纷争，生灵涂炭，朕乃命将率师悉平海内。臣民推戴，为天下主，国号大明，建元洪武。式我前王之道，用康黎庶。惟尔吐蕃，邦居西土，今中国一统，恐尚未闻，故兹诏示。”⑩
翌年五月，“征虏大将军”徐达重创元军劲旅扩廓帖木儿部于陇右定西沈儿峪(今甘肃定西县北)。六月，“征虏左副将军”邓愈率所部由临洮西进，克河州(故元吐蕃宣慰使司都元帅府治所所在地)。七月，陕西行省吐蕃宣慰使何锁南普率部向邓愈投降。其后，“河州以西朵甘、乌思藏等部来归者甚众”(11)；就连受命镇戍藏区之蒙古宗王镇西武靖王卜纳剌(元世祖忽必烈第七子奥鲁赤后裔)，亦“率吐蕃部众诣征虏左副将军邓愈军门款附”(12)。
洪武四年(1371年)春，汤和、傅友德分率南、北两路明军经略四川。六月，明昇投降。阶、文、茂、威诸州蒙藏官吏相继率部属归附。
与此同时，因故元陕西行省员外郎许允德、僧人克新、故元陕西行省吐蕃宣慰使何锁南普、通事舍人巩哥锁南等奉命深入藏区广行招谕，西藏帕木竹巴地方政权第二世第司贡玛释迦坚赞(《明史》记为“章阳沙加”、“章阳沙加监藏”、“章阳国师”)，至晚在藏历第六饶迥水鼠年(1372年，明太祖洪武五年)初归附朱明王朝。明廷随后遣使臣进藏，重新册封其为“灌顶国师”，赐玉印。故而，《明实录》有如下记载：洪武五年(1372年)四月丁酉，“河州卫言：‘乌思藏帕木竹巴故元灌顶国师章阳沙加，人所信服。今朵甘赏竺监藏与管兀儿相仇杀，朝廷若以章阳沙加招抚之，则朵甘必内附矣。’中书省以闻。诏章阳沙加仍灌顶国师之号，遣使赐玉印及彩缎表里，俾居报恩寺化导其民。”(13)
藏历第六饶迥水牛年(1373年，明太祖洪武六年)正月，释迦坚赞遣使晋京朝贡。此前，摄帝师喃迦巴藏卜亦归顺明朝，遣使入京贡方物，并先于帕竹贡使到达南京。不久，摄帝师喃迦巴藏卜亲自晋京，觐见明太祖朱元璋，受封“炽盛佛宝国师”，赐玉印(此举标志着元代帝师制之终止)。其所举乌思藏、朵甘乃至阿里地区故元国公、司徒、宣慰、招讨、元帅、万户等官员六十人，明廷分别授予指挥同知、佥事、宣慰使、同知、副使、招讨、元帅、万户长等官职。
洪武七年(1374年)秋，“元帝师八思巴之后公哥监藏巴藏卜及乌斯(思)藏僧答力麻八剌遣使来朝，请封号。诏授帝师后人为圆智妙觉弘教大国师，乌斯(思)藏僧为灌顶国师，并赐玉印。”(14)至此，整个藏族地区和平归入明王朝版图。
在“不劳师旅之征”便成功继承蒙元朝廷统辖藏区之行政权，利用其近百年治藏果实、吸取其施政经验教训的基础上，明廷复大为恢拓，分别司郡州县，相继在安多藏区建西安行都卫(后易为陕西行都指挥使司，旋废，改置陕西都指挥使司)以及河州、岷州、洮州、甘肃、西宁、必里诸卫，以流管土，以土治番；在康区(明人多称“朵甘”)，设朵甘卫指挥使司(后升行都指挥使司，隶属于西安行都卫，其辖区与元代朵甘思宣慰使司同)，环列兵戎，纲维布置，统诸关堡；在乌思藏和阿里地区，置乌思藏卫指挥使司(后升行都指挥使司，亦隶属于西安行都卫，其辖区与元代乌思藏宣慰使司同)以及宣慰司、元帅府、招讨司、万户府、千户所等行政机构，以摄帝师喃加巴藏卜所举诸官任之：“我国家受天明命，统御万方，恩抚善良，武威不服。凡在幅员之内，咸推一视之仁。乃者摄帝师喃加巴藏卜率所举故国公、司徒、宣慰、招讨、元帅、万户诸人，自远入朝。朕嘉其识天命，不劳师旅，共效职方之贡。已授国师及故国公等为指挥同知等官，皆给诰印。自今为官者务尊遵朝廷法，抚安一方。僧务敦化导之诚，率民为善，共享太平，永绥福祉，岂不休哉。”(15)
藏区各级官吏，虽多大姓相擅，世积威约，但明廷往往以其劳绩之多寡而分尊卑之等差，其袭替又必先奉朝命，故“虽在万里外，皆赴阙受职”(16)。
此外，藏地高寒，人皆食肉，颇倚嗜内地茶叶；明廷因此以贡市羁縻，“设茶课司于天全六番，令以马市，而入贡者又优以茶布。”回赐之物，例三倍于贡物之值，故“诸番恋贡市之利，且欲保世官，不敢为变。”(17)
成祖朱棣夺得帝位后，鉴于藏民“惟僧言是听”之传统习俗，为更高效地治理藏区，陆续敕封两大法王、五大教王以及一大批灌顶大国师、灌顶国师、大国师、国师、禅师等，赐诰印，令岁朝，俾转相化导，共尊中央。
这一系列既有继承又有创新的治藏方略与制度安排，使得藏区各派政教势力倾心内附，奉贡请封者交错于途，从而为明廷赢得了“西陲宴然”之硕果，“终明世无番寇之患。”(18)
释迦坚赞于藏历第六饶迥水牛年(1373年，明太祖洪武六年)九月三十日逝世。继任帕木竹巴地方政权第司贡玛者，依次为：第三世泽细莎玛·扎巴绛曲(释迦坚赞之侄，1374—1381年在位，《明实录》记为“吉剌思巴赏竺监藏巴藏卜”)、第四世索南扎巴(泽细莎玛·扎巴绛曲异母弟，1381—1385午在位，《明实录》记为“锁南扎思巴噫监藏卜”)、第五世扎巴坚赞(释迦坚赞之侄、索南扎巴堂弟，1386—1432年在位，《明史》记为“吉剌思巴监藏巴藏卜”)。上述诸人，均被明廷例封为“灌顶国师”。
扎巴坚赞自幼从堪布迅旺出家，于泽细莎玛·扎巴绛曲座前圆满听受经教讲解，“凡所读诵，不须刻意研习，自能通晓。”(19)后主持泽当寺法座，擅长因明，曾开讲《释量论》，“运用推理至极精微，使自负长于因明而傲慢如象之徒，皆为之心折。”(20)
藏历第六饶迥木牛年(1385年，明太祖洪武十八年)，索南扎巴上表称病辞职，举扎巴坚赞自代。后者遂于翌年继任第司贡玛。藏历第七饶迥土龙年(1388年，明太祖洪武二十一年)，扎巴坚赞受封“灌顶国师”；第七饶迥火狗年(1406年，明成祖永乐四年)，更被成祖朱棣加封为“灌顶国师阐化王”，并“赐螭纽玉印，白金五百两，绮衣三袭，锦帛五十匹，巴茶二百斤。”(21)明廷此次册封，对提升扎巴坚赞在藏区之政治地位影响甚巨，使得其“美名天鼓”，因此而“响彻天界”；藏区众生，“不分贵贱贤愚，莫不共同称其为贡玛大法王也。”(22)
扎巴坚赞执政47年间，可谓帕木竹巴地方政权鼎盛时期。在位期间，他借助宗喀巴大师、达隆巴·扎喜贝孜等高僧大德之崇高威望，以和平方式消解社会矛盾，安定俗政，推动社会发展(23)；先后18次入贡，密切与中央政府之关系(24)；两次整修西藏与内地间之驿道——第一次在藏历第七饶迥火猪年(1407年，明成祖永乐五年)，扎巴坚赞奉成祖朱棣之命，“与护教、赞善二王，必力工瓦国。师及必果、朵甘、陇答诸卫，川藏诸旅，复置驿站，通道往来。”(25)第二次是第七饶迥木马年(1414年，明成祖永乐十二年)，扎巴坚赞再次奉成祖敕命，与阐教王、护教王、赞善王及川卜、川藏、陇答、朵甘、答笼、匝常、剌恰、广迭、上下邛部、陇卜诸处大小头领，共修驿站，诸未复者尽复之，“自是道路毕通，使臣往还数万里，无虞寇盗矣。”(26)
与此同时，扎巴坚赞还积极弘扬佛法，广造佛像经塔，组织硕学高僧精心勘定藏文大藏经中所有梵语密咒，大量缮写藏译佛典《甘珠尔》以广流传，“用纯金书写两部，金银相间书写一部，用上品白纸书写三部。类此为首之语密所依，建造之多难以数计。”(27)对于藏传佛教各个流派硕德，均予“恭敬供养”(28)，虚心请教。藏历第七侥迥土牛年(1409年，明成祖永乐七年)正月，复以巨大财力物力资助宗喀巴大师在拉萨大昭寺兴建殊胜祈愿大法会，并为随后创建之甘丹寺奉献众多谿卡。
帕木竹巴地方政权缔造者绛曲坚赞治下之宗本，为三年一任之流官(29)。扎巴坚赞执政期间，改流官制为世袭制(30)，由此埋下贵族恣意专权、割据称雄之种子。
扎巴坚赞甫一去世，其侄子扎巴炯乃(《明实录》记为“吉剌思巴永耐监藏巴藏卜”)即与其父仲·桑结坚赞(扎巴坚赞幼弟，《明实录》记为“桑儿结监藏巴藏卜”)争夺第司贡玛和阐化王之继承权。最后，时任丹萨替寺座主的京俄·索南坚赞(扎巴坚赞弟弟，仲·桑结坚赞之兄)以仲·桑结坚赞不曾出家为由，判其不适宜担任第司贡玛，扎巴炯乃方得以升登乃东王宫宝座(31)。两年后(即1434年，明宣德九年)，因京俄·索南坚赞圆寂，仲·桑结坚赞复谋夺第司贡玛之位，终于酿成“虎年(1434年为藏历木虎年)大乱”(32)。帕竹重臣、仁蚌巴家族首领罗布桑布(其祖父南喀坚赞曾被阐化王扎巴坚赞任命为仁蚌宗宗本兼萨迦大寺总管；其父亲南喀杰布承袭仁蚌宗宗本后，明廷设仁蚌宗行都指挥使司，敕封南喀杰布为仁蚌宗都指挥佥事)乘乱以武力夺取道那、雅德等寨，征服贾塔果哲等诸小邦之属民，将其纳于治下，复攘夺娘麦桑朱孜寨，自称寨主(明书多称“宗”为“寨”，称“宗本”为“寨主”或“寨官”)，开始形成仁蚌巴家族半独立之割据状态。
藏历第七饶迥铁猴年(1440年，明英宗正统五年)，英宗朱祁镇遣使赍诰命、敕书赴西藏，封扎巴炯乃承袭阐化王，并赐锦绮、梵器、僧服等物。木牛年(1445年，明英宗正统十年)，扎巴炯乃去世。其父仲·桑结坚赞不久即遣绰思恭巴为专使，晋京求封阐化王。明廷最终同意仲，桑结坚赞之请，但却用“借袭”这样一个颇耐人寻味之词：“正统十一年六月庚子，故阐化王吉剌思巴永耐监藏巴藏卜父桑儿结监藏巴藏卜借袭阐化王，命礼部遣官赍敕及彩币等物，同来使绰思恭巴等，往给赐之。”(33)
其后，朗拉斯家族父子兄弟为争夺阐化王王位耗斗不绝，诸家臣外戚则为扩张权势拥兵自重纷争迭起。帕木竹巴地方政权便在这耗斗、纷争中日趋衰败。阐化王之名号虽然一直承袭、延续至清初(34)，显赫一时的帕木竹巴地方政权，却因仁蚌巴、辛厦巴两大贵族集团先后崛起与背叛，而于藏历第十饶迥土马年(1618年，明神宗万历四十六年)彻底退出历史舞台。
仁蚌巴家族自罗布桑布起，即渐肆狂妄；其孙子顿悦多吉承袭父、祖诰封及职位后，出兵卫部，“从谿卡内巴人手中夺取谿卡扎噶及曲水、伦布孜等地”；复征战后藏拉堆及山南地区。第十一世第司贡玛阿旺扎西扎巴升登乃东王位后，顿悦多吉欺其年齿未逮，肆元忌惮地“以众生救主自居”，累累兵犯机雪(拉萨旧称)；惟因第八任甘丹赤巴、大成就者衮勤·门朗白瓦·勒必罗珠干预，始末得逞。藏历第八饶迥水鼠年(1492年，明孝宗弘治五年)，衮勤·门朗白瓦·勒必罗珠圆寂。顿悦多吉随即率兵再攻机雪，守军将领甘丹巴·南喀杰布献城投降，终致，“纷乱益炽，谿卡内邬等地皆被沦陷。”(35)
罗布桑布另一孙子阿旺朗杰，承袭其父玛桑·措杰多古(罗布桑布第四子，阿旺扎西扎巴继任第司贡玛时年仅三岁，玛桑·措杰多吉因此代摄乃东政务)雅砻喀托宗宗本职封后，亦骄横自大，于艾、湼等地兴兵作乱(36)。嗣后，阿旺朗杰之子顿朱才丹多吉，更以武力侵夺其父、祖均未涉足之白朗伦珠宗。
然而，行业果报不可恩议，积善获吉，为恶得凶，幽明潜感，不爽锱铢。当仁蚌巴·阿旺晋美扎巴(阿旺朗杰幼子)征战拉堆绛家族之时，自恃暴强、迭叛帕竹的仁蚌巴集团内讧骤起——其家臣辛厦巴·噶玛·才旦多吉(时任桑朱孜宗宗本)，突袭仁蚌巴后方，杀死阿旺晋美扎巴之子；复联合纳塘巴、罗穹巴、甲措瓦等南北地方势力首领，利用属民对仁蚌巴家族之积怨，“发动属民叛变事件。”(37)乱中取胜后，辛厦巴·噶玛·才旦多吉便将仁蚌巴家族在后藏之霸主地位窃为己有，自称“藏堆杰布”，意为“后藏上部之王”；汉文史籍称其为“藏巴汗”。
在对待各教派的态度方面，由于戒律清净、次第完备的格鲁派自兴起之日起便一直受到朗拉斯家族鼎力支持，故而，意欲在政治上取代帕木竹巴地方政权的辛厦巴家族，与迭叛帕竹的仁蚌巴集团一样，均反其道而行之，对格鲁派采取抑压、敌视政策。
噶玛·彭措朗杰(1568—1620年，噶玛·丹松旺波之子，辛厦巴·噶玛·才旦多吉之孙)嗣位后，辛厦巴家族势力更是迅速膨胀：藏历第十饶迥铁狗年(1610年，明神宗万历三十八年)，战胜山南地方势力；水鼠年(1612年，明神宗万历四十年)，攻占阿里、拉堆南北等地；水牛年(1613年，明神宗万历四十一年)，征服彭波及内乌宗等地；土马年(1618年，明神宗万历四十六年)，击败蒙古喀尔喀、土默特两部进藏骑兵，攻打格鲁派色拉寺及哲蚌寺，彻底摧毁仅存空名之帕木竹巴地方政权，将后藏大部乃至昔日不受帕木竹巴地方政权直接控制之拉堆绛、江孜等地以及前藏大部，悉皆收归治下，权势领属盛极一时。
然而，“好景不长”，仅仅过了24年，“藏巴所辖之土地属民，又悉归于另一人之手。”(38)这“另一人”，便是漠西蒙古卫拉特四部之一、和硕特部汗王“固始汗”。
洪武二十一年(1388年)四月，“征虏大将军”蓝玉突袭北元朝廷于捕鱼儿海，一举削平漠北。仅以十六骑得脱的脱古思帖木儿可汗，在逃往和林途中遭叛臣也速迭儿谋杀。其后，蒙古各部四分五裂，互相仇杀，混战不已。直至巴图蒙克以达延汗(黎东方先生认为，“达延”二字系“大元”二字讹译)之名义在位期间(1485—1533年)，凭藉武力统一漠南、漠北，纷挈方告暂息(39)。随后，达延汗·巴图蒙克将漠南蒙古及漠北蒙古一部分为察哈尔(察北)、兀良哈(热东)、喀尔喀(辽河与松花江之间)和鄂尔多斯(河套地区)、土默特(绥北)、永谢布(察中、热南)六个万户，前三个万户合称“左翼”，由其直辖；后三个万户合称“右翼”，交第四子巴尔苏·博罗得统辖。复将漠北蒙古另一部划分成车臣、土谢图、札萨克图三部，交另一子格埒森札管辖(40)。其后，巴尔苏·博罗得长子衮·毕里克(1506—1550年)、次子阿勒坦(1507—1583年)相继成为鄂尔多斯部和土默特部首领。
阿勒坦(《明史》记为“俺答”)汗骁勇善战，曾多次风驰电掣般地攻入陕西、山西、河北三省，一度兵临北京城下，给朱明王朝造成严重威胁。
隆庆五年(1571年)三月，阿勒坦(俺答)汗归顺明延，受封“顺义王”。嗣后，他集中力量进击漠西蒙古，经略河西、青海地区；后受西藏高僧教化，对佛教生起信心(41)。另据《万历武功录》记载，阿勒坦(俺答)汗曾请求明廷颁赐“金字番经”、派遣喇嘛传授经咒。明廷为启其善心，迅速允其所请：“俺答请金字番经数部及喇嘛番僧一人。事隶祠祭司，于是咨僧录，得金字经三部，行顺天府，复造及墨字经，大率十部。遣其喇嘛僧星吉藏、坚赞札巴及其徒领占班麻星吉坚赞锉往。以坚赞札巴曾使西番兼通经故也。崇古幸俺答晚喜佛，意欲番僧阐扬慈教，启发善心，乃取抚赏金，造禅衣褊衫，市税金，治米面、茶果蔬菜及红黄纸扎，贡器具。而以汉僧八人，陈列法器，令番僧至虏中诵经。于是，通事人金奉、珊瑚与具。既至虏营，二僧出地藏十王神像及心经、华严、金刚、观音等诸经。以为此番王初传妙音，与旁门邪法不同。佛家为旁门者七十有二，而传法降魔，皆非正法。因陈说清净贞空，明心见性，令戒杀去暴，全天地好生之德，免阎罗地狱之苦。崇古又恐番僧多习咒法，有如二僧不知，徒为虏王所慢易，乃令传告虏王：‘汉法禁习旁门，徒知奉西方大乘教法。’已乃择日活道场，谢三宝圆满功德如令。俺答既闻僧至，即引众出迎四十余里，膜拜迎入穹庐，与胡中番僧，哈望喷儿剌，夷僧公木儿把实、大都把实、黄金把实、恰打儿窖，参伍无异。俺答即率其子若孙及部众万余，日夕丫手而礼佛。”(42)
万历三年(1575年)，阿勒坦(俺答)汗之子丙兔获朝廷允准，于青海湖西北察卜齐雅勒地方建寺以安藏僧。寺成，神宗朱翊钧赐额“仰华”以示恩宠(43)。
藏历第十饶迥火鼠年(1576年，明神宗万历四年)，誓愿皈依佛门、信奉正法的阿勒坦(俺答)汗遣阿都斯达尔罕、阿嘉达尔罕等人为专使赴拉萨，迎请藏传佛教格鲁派领袖索南嘉措喇嘛。第十饶迥土虎年(1578年，明神宗万历六年)五月，索南嘉措喇嘛应邀莅青海湖畔，大会土默特、鄂尔多斯、永谢布等蒙古诸部首领及汉、藏、蒙、维吾尔各族僧俗人等，向十万余众传播纯正佛法、为阿勒坦(俺答)汗授喜金刚灌顶。土默特部一百余位青年随之削发为僧，与会大众普遍生起正信。
此次历史性会晤，是蒙古王室领袖与藏传佛教高憎相隔两个世纪后的再度聚首；其所产生之直接成果，是蒙古完全接受藏传佛教、尤其是格鲁派教法。法会期间，阿勒坦(俺答)汗便立刻着手修订元世祖忽必烈时期订定之“十善福经白史法规”，颁行“十善福法规”——此法规原文现已失传，据《蒙古源流》、《第三世达赖喇嘛传》、《蒙古佛教史》、《安多政教史》、《金鬘》等蒙藏史籍摘要记载，其主要内容至少包括：(1)废除陈规陋俗，禁止以妻子、奴仆与及马匹、牛只、骆驼等为死者殉葬(殉葬品按死者身份高低而各各不同)；(2)禁止牺牲祭祀(此前，蒙古人每年都要宰杀大批马、牛、驼等牲畜血祭萨满教“翁贡”)，违者罚缴十倍于所宰杀牲畜数；(3)焚毁包括“翁贡”在内的各类偶像，不毁者，破其家；(4)家家都要供奉六臂怙主(一面六臂之观音菩萨)圣像，供品改用“三白”(即乳、酪、酥)及鲜花；(5)人人皆须努力修福积德，每月望、晦及逢八日为持斋戒日；(6)禁止互相杀戮，不得抢掠汉、藏人等，一切按照藏地戒律执行；(7)保护、尊重僧人，免其赋税差役；有谩骂、殴打僧人者，严厉处治，没收财产，直至处死；(8)僧人若违教娶妻，则依教法，以墨灰涂面，责令绕寺三周，逐黜以惩之(44)。
阿勒坦(俺答)汗与索南嘉措喇嘛相处愈久，愈觉其学识超群、显密圆融、教证功德难伦叵测，于是，在重温蒙藏双方友好交往史诗之时，毅然仿效先祖忽必烈与萨迦派高僧八思巴故事，敬赠其“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”之尊号——“圣”，即超凡绝尘、超出世间；“识一切”，意为一切智，或指已于佛教波罗蜜乘取得最高成就者；“瓦齐尔达喇”，意为执金刚，或指已在佛教秘密金刚乘获得最高证德者；“达赖”，是蒙古语大海之意；“喇嘛”，是藏语上师之意——其后，格鲁派即以索南嘉措喇嘛为第三世达赖喇嘛，复上溯其师承，追认根敦珠巴、根敦嘉措为第一、二世达赖喇嘛。索南嘉措喇嘛亦回赠阿勒坦(俺答)汗为“咱克喇瓦尔第彻辰汗”，意为聪明睿智之转轮王(45)。
其后，第三世达赖喇嘛索南嘉措派遣康区僧人云丹嘉措(被认定为第二世东科尔呼图克图)赴察哈尔弘法，承担起维系汉、藏、蒙黄金桥梁之使命。他自己则应邀莅丙兔驻牧之地，建寺弘法。不久，藏传佛教格鲁派教法便如星火燎原，在漠南漠北蒙古各部乃至漠西卫拉特各部中迅速传播。阿勒坦(俺答)汗曾孙云丹嘉措被认定为四世达赖喇嘛后，蒙古各部与西藏、特别是与藏传佛教格鲁派的关系，更得到空前发展。
后藏辛厦巴家族迅速崛起后，口头上宣称对藏传佛教各派均不偏袒，实际上却严分彼此，扶植噶玛噶举派而敌视迫害格鲁派，在两派之间制造矛盾(46)。藏历第十饶迥木蛇年(1605年，明神宗万历三十三年)，辛厦巴·噶玛·才旦多吉联合止贡巴，击败拉萨河流域领主第巴吉雪巴，占据拉萨北部彭域。其后，又打败山南雅觉巴，占领乃乌宗，切断格鲁派与帕竹政权之间的联系。第四世达赖喇嘛突然逝世(史家猜测可能遭辛厦巴·噶玛·彭措朗杰暗杀)后，又明令禁止寻找其转世灵童。
有鉴于此，格鲁派施主第巴吉雪巴遂联合誓为四世达赖喇嘛复仇的蒙古喀尔喀、土默特两部进藏骑兵，与藏巴汗鏖战于拉萨。蒙藏联军先胜后败。藏巴汗噶玛·彭措朗杰乘势于藏历第十饶迥土马年(1618年，明神宗万历四十六年)七月攻破格鲁派主寺哲蚌、色拉二寺，威逼二寺交纳大量罚金。哲蚌寺协敖(俗称大铁棒喇嘛)索南饶丹(后被五世达赖喇嘛委任为甘丹颇章政权首任第巴)巧妙摆脱藏巴汗监视，疾趋青海土默特郎求救。
藏历第十饶迥铁鸡年(1621年。明熹宗天启元年)，拉尊穷哇·罗桑丹津嘉措和洪台吉二人率蒙古骑兵两千余人，与索南饶丹抵达拉萨。此时，藏巴汗噶玛·彭措朗杰已病逝，继任者为其十六岁之子噶玛·丹迥旺布。对阵之下，蒙古军以少胜多，大败藏巴汗。经扎什伦布寺第十六任堪布罗桑却吉坚赞、第三十五任甘丹赤巴林麦沙布隆·绛央衮乔群培和达隆噶举夏仲仁波切等高僧出面调停，藏巴汗被迫同意交还原属哲蚌、色拉、甘丹三寺之寺属谿卡，“卫藏地区的格鲁派被强迫改宗的寺院以及它们丧失的领地照旧全部归还，恢复原来的教派。给第巴吉雪巴以潘域，作为德钦之替代”，并答允“可以请五世达赖坐床。”(47)
嗣后，因拉尊穷哇·罗桑丹津嘉措与洪台古数度内讧，先后返回青海，藏巴汗势力再次抬头，并开始在蒙古各部寻找同盟者。
崇祯五年(1632年)，蒙古喀尔喀部发生动乱，信奉道教但“伪称是噶举派信徒”的却图汗被逐出喀尔喀(48)。却图汗于是率部属南下青海，征战土默特部，迫害格鲁派僧人。
与此同时，苯教信徒、康区白利土司顿月多吉出兵占领德格、昌都、类乌齐等地，摧毁萨迦、格鲁、宁玛诸派寺院，监禁僧伽领袖。
藏巴汗噶玛·丹迥旺布获悉二人所作所为后，遂派人联络却图汗和白利土司，密谋彻底摧毁格鲁派。三人一拍即合，却图汗更联络持续征讨蒙古“右翼”诸万户、三犯辽东纵掠塞外、多次对明廷出尔反尔的察哈尔部林丹汗(《明史》记为“虎墩兔”)，约其前来青海，共同对付漠西蒙古和硕特部。
崇祯七年(1634年)，林丹汗因出痘死于赴青海途中。其子额哲(又名额尔克·孔果尔)随后率众东走，在上都被俘降后金，向皇太极献上元顺帝退出大都时所携秦始皇传国玉玺。
漠西蒙古卫拉特四部，因受达延汗、阿勒坦(俺答)汗等人长期攻伐，被迫退居今新疆北部地区。万历三十八年(1610年)，和硕特部首领拜巴噶斯和土尔扈特部诺颜赛英台奈思麦根台曼奈等人议定共崇藏传佛教(49)。随后，拜巴噶斯遣使穿越无数险山恶水，由昆仑山入藏，拜谒格鲁派领袖四世达赖喇嘛和罗桑却吉坚赞大师。格鲁派则派彻甘诺门罕回访卫拉特四部。四部王公贵族聆听其所传之法后，一致决定信奉格鲁派。万历四十四年(1616年)，和硕特部拜巴噶斯、昆都仑乌巴什，准噶尔部哈喇忽喇、楚琥尔乌巴什，土尔扈特部和额尔勒克，杜尔伯特部达赖泰什等四部诺颜各遣一子赴西藏出家，入格鲁派寺院学经(50)。其中，拜巴噶斯养子南喀嘉措(1599—1662年)学成并获拉然巴格西学位后，一度随侍五世达赖喇嘛；后奉命返回卫拉特四部广弘妙法，在蒙古各部影响甚巨，人称“咱雅班智达”。
为迫害格鲁派“无所不用其极”(51)的藏巴汗，与骄横自大之却图汗及康区白利土司顿月多吉结成“彻底消除格鲁派”(52)的联盟后，时任哲蚌寺强佐的索南饶丹和第巴吉雪巴，为挽救危局，派遣使者往卫拉特部求援。四部王公显贵会商之际，和硕特部拜巴噶斯之弟图鲁拜琥(1582—1655年)当即表示愿意率部进藏。
据《西藏王臣记》记载，图鲁拜琥自幼即以勇武著称，“年十三岁即统领诸戎，猛袭鄂噶尔万军，全歼敌人，遂有威名。”(53)25岁时，其母阿赫哈腾病逝，图鲁拜琥倾其所有，布施有情，为母亲广作佛事。当喀尔喀部与卫拉特部交恶、战祸日烈之际，图鲁拜琥又冒死往喀尔喀部斡旋，以终止互相残杀，实现和平。东科尔呼图克图与及喀尔喀部汗王、贵族，因此而生随喜之心，赠予“大固始”(实为“大国师”之音转)称号。后人因此称其为“固始汗”。
藏历第十一饶迥木猪年(1635年，明思宗崇祯八年)，固始汗率数名随从以及准噶尔部诺颜哈喇忽喇之子巴图尔珲台吉，扮作商人，秘密进藏。途遇奉父命率军进藏消灭格鲁派的阿尔斯兰(却图汗之子)，力劝其不可与格鲁派为敌。阿尔斯兰进藏后，先是于当雄一举消灭蒙古永谢布部四位王子，继而声称要做噶玛噶举和主巴噶举之施主(54)。噶玛巴·红帽系六世却吉旺秋信以为真，特地从楚布寺前去迎接。唯利是图的阿尔斯兰嫌其礼物太少，竟任性妄为，将其杀害，复与藏巴汗部下发生冲突。随后，阿尔斯兰兵分三路，一路攻打止贡，一路长驱后藏北部，一路(由阿尔斯兰亲率)直趋羊卓雍湖，下令：“见了达赖喇嘛不准磕头礼拜”。但进入拉萨“一见五世达赖喇嘛，他的瞋怒立即冰消，不但进行了礼拜请求加持，并作了有关佛法的询问。”(55)却图汗获悉儿子阿尔斯兰并未遵照自己指示攻打格鲁派，震怒之余，密令部下将其杀死。其部众随之星散。
固始汗秘密抵达拉萨后，立刻拜谒五世达赖喇嘛和罗桑却吉坚赞大师，商定共同派使者往盛京(今沈阳)联络皇太极以结奥援——此前，固始汗就已与后金通好(56)，逐步摧毁穷兵黩武的藏巴汗政权。
返回卫拉特部后，固始汗即率万余和硕特部士兵，于崇祯九年(1636年)秋自伊犁起兵。准噶尔部巴图尔珲台吉亦率援军相助。大军乘天寒地冻之季，穿过沼泽地，翻越天险，进入青海布伦格尔(今青海省乌兰县卜浪沟一带)。翌年正月，固始汗自青海湖西侧突发攻势，一举歼灭却图汗四万余众，活捉却图汗。继以政教相辅之法治理青海地区。五世达赖喇嘛和罗桑却吉坚赞大师共同赠予固始汗“丹津却季杰布”(意为“持教法王”)之号。
可能是为了五世达赖喇嘛安全起见，固始汗于藏历第十一饶迥土虎年(1638年，明思宗崇祯十一年)派墨尔根噶居喜饶嘉措赴西藏，请其移锡青海。但达赖喇嘛未接受邀请。翌年，墨尔根噶居喜饶嘉措回到青海，详细奏报藏巴汗威胁迫害格鲁派僧人等情。固始汗遂紧急提兵进藏，行至中途，突然改向康区、以迅雷不及掩耳之势、一举击败白利土司武装，生擒土司顿月多吉，释放被其长期囚禁之萨迦、噶当、噶玛噶举、主巴噶举、达隆噶举、止贡噶举等各派喇嘛(57)。随后，乘胜进军西藏，在东噶尔宗、德钦宗、乃乌宗等地与藏巴汗几度鏖战。藏历第十一饶迥水马年(1642年，明思宗崇祯十五年)三月，固始汗攻下日喀则，生擒藏巴汗噶玛·丹迥旺布。继因后藏及工布一些地方势力密谋营救藏巴汗、杀害固始汗、监禁五世达赖喇嘛和罗桑却吉坚赞大师、摧毁格鲁派所有寺院(58)，固始汗遂下令将藏巴汗噶玛·丹迥旺布用牛皮缝裹，投入乃乌谿卡附近之河中。
犹如昙花一现的藏巴汗政权被消灭后，固始汗遂成为全藏区统治者，“藏地所有木门人家王臣上下，均改其傲慢之容，俯首礼拜，恭敬归顺”；“印度柯辛王，尼泊尔阳布王，阿里王与及边地众王侯等悉来朝聘，贡献方物。”(59)攻克日喀则不久，固始汗即迎请达赖喇嘛亲莅后藏桑珠孜宗，商议由格鲁派与蒙古和硕特部联合组建甘丹颇章政权事宜，并向其“献上据传为八思巴的曼朵法铃，子母绿宝石碗等珍物及西藏左右两翼的十三万户。”(60)此处所谓奉献“西藏左右两翼的十三万户”，实质内涵是奉献卫藏四茹之赋税给达赖喇嘛，作为格鲁派寺院日常费用。
藏历第十一饶迥木鸡年(1645年，清世祖顺治二年)，固始汗赠予罗桑却吉坚赞大师“班禅博多克”尊号(“班”为梵文“班智达”之略称，意为通达五明之学者或宗师；“禅”是藏语“钦波”之简称，意为“巨大”；“博多克”系蒙古语之音译，是对睿智英武圣明之人的尊称)。其后，格鲁派遂有班禅活佛转世系统；罗桑却吉坚赞大师被定为四世班禅大师，克珠杰·格勒巴桑、克珠·索南却吉朗布、杰瓦·温萨巴·罗桑顿珠三师，则被追认为一世至三世班禅大师。
顺治九年(1652年)底，五世达赖喇嘛应召抵北京，朝觐清世祖福临。翌年五月，清廷正式尊“襟怀贞朗，德量渊泓，定慧偕修，色空俱泯”的五世达赖喇嘛为全国藏传佛教领袖，册封其为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”(金印以满、汉、藏三种文字镌刻)，谕令“兴隆佛化”、“利济群生”，金册全文如下：
朕闻兼善独善，开宗之义不同；世出世间，设教之途亦异。然而，明心见性，淑世觉民，其归一也。兹尔罗布臧札卜素达赖喇嘛，襟怀贞朗，德量渊泓，定慧偕修，色空俱泯，以能宣扬释教，诲导愚蒙，因而化被西方，名驰东土。我皇考太宗文皇帝闻而欣尚，特遣使迎聘。尔早识天心，许以辰年来见。朕荷皇天眷命，抚有天下，果如期应聘而至。仪范可亲，语默有度；臻般若圆通之境，扩慈悲摄受之门；诚觉路梯航，禅林山斗。朕甚嘉焉!兹以金册印封尔为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。应劫现身，兴隆佛化；随机说法，利济群生。不亦休哉!(61)
随后，清廷遣专使伴送五世达赖喇嘛回程，并赍镌有满、汉、蒙三种文字之金印及金册入藏，正式册封“能度势审时，归诚向化”的西藏地方军政首脑、蒙古和硕特部固始汗为“遵行文义敏慧顾实汗”，谕令其“益矢忠诚，广宣声教”，忠实履行好清廷属部臣工之职能：“作朕屏辅，辑乃封圻。”册文如下：
帝王经纶大业，务安劝庶邦，使德教加于四海。庶邦君长，能度势审时，归诚向化，朝廷必加旌异，以示怀柔。尔厄鲁特部落顾实汗，尊德乐善，秉义行仁，惠泽克敷，被于一境，殚乃精诚，倾心恭顺，朕甚嘉焉!兹以金册印封为“遵行文义敏慧顾实汗”。尔尚益矢忠诚，广宣声教，作朕屏辅，辑乃封圻。如此，则带砺山河，永膺嘉祉。钦哉!(《清世祖实录》卷七十四，顺治十年四月丁巳)
此举标志着清王朝对西藏统辖权正式确立。
① [清]五世达赖喇嘛：《西藏王臣记》，刘立于译注，北京：民族出版社，2000年，第92页。
②③ [清]五世达赖喇嘛：《西藏王臣记》，第91、92页。
④ 参阅[元]大司徒·绛求坚赞：《朗氏家族史》，赞拉·阿旺、佘万治译，拉萨：西藏人民出版社，2002年，第232页。
⑤⑥ [元]大司徒·绛求坚赞：《朗氏家族史》，第229页。
⑦⑧ [清]五世达赖喇嘛：《西藏王臣记》，第92、94页。
⑨ 《明史》卷三百三十一《西域传》三。
⑩ 《明太祖实录》卷四十二，洪武二年五月甲午。
(11) 《明太祖实录》卷一百一十六，洪武十年十一月癸未。
(12) 《明太祖实录》卷八十三，洪武六年七月戊辰。
(13) 《明太祖实录》卷七十三，洪武五年四月丁酉。
(14) 《明史》卷三百三十一《西域传》三。
(15)(17)(18) 《明史》卷三百三十一《西域传》三。
(16) 《明史》卷三百一十《土司传》。
(19)(20) [清]五世达赖喇嘛：《西藏王臣记》，第95页。
(21)(24) 《明史》卷三百三十一《西域传》三。
(22) [清]五世达赖喇嘛：《西藏王臣记》，第96页。
(23) 详见[明]班钦·索南查巴：《新红史》，黄颢译注，拉萨：西藏人民出版社，1984年，第87页；[明]达仓宗巴·班觉桑布：《汉藏史集》，陈庆英泽，拉萨：西藏人民出版社，1986年，第319页。
(25)(26) 《明史》卷三百三十一《西域传》三。
(27)(28)(30) [清]五世达赖喇嘛：《西藏王臣记》，第95、96、96页。
(29) 参见[明]班钦·索南查巴：《新红史》，第82页。
(31) 详见[明]班钦·索南查巴：《新红史》，第90—91页。
(32) 参见[明]班钦·索南查巴：《新红史》，第91页；[清]五世达赖喇嘛：《西藏王臣记》，第98页。
(33) 《明实录》卷一百四十二，正统十一年六月庚子。
(34) 详见《清世祖实录》卷一百一十。
(35)(36) [清]五世达赖喇嘛：《西藏王臣记》，第105页。
(37)(38) [清]五世达赖喇嘛：《西藏王臣记》，第125页。
(39) 详见[清]萨囊彻辰：《蒙古源流》，道润梯步译校，呼和浩特：内蒙古人民出版社，1980年，第293—295页。
(40) 详见黎东方：《细说明朝》，第253页。
(41) 详见《明史》卷三百二十七《外国传》八、卷三百三十《西域传》二；[清]萨囊彻辰：《蒙古源流》，第351页；[清]智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，兰州：甘肃民族出版社，1989年，第35—36页。
(42) 转引自德勒格编著：《内蒙古喇嘛教史》，呼和浩特：内蒙古人民出版社，1998年，第91—92页。
(43) 参见《明史》卷三百三十《西域传》二。
(44) 参阅[清]萨囊彻辰：《蒙古源流》，第387页；[清]智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，兰州：甘肃民族出版社，1989年，第36页；德勒格编著：《内蒙古喇嘛教史》，第97—98页。
(45) 参见[清]萨囊彻辰：《蒙古源流》，第387—391页。
(46) 参见[清]智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，第37—43页。
(47) [清]智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，第38页。
(48) 参见[清]智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，第39页。
(49) 参阅[苏]伊·亚·兹拉特金：《准噶尔汗国史》，马曼丽译，商务印书馆，1980年，第160页。
(50) 参阅[苏]伊·亚·兹拉特金：《准噶尔汗国史》，第161页。
(51)(52) [清]智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，第42、39页。
(53) [清]五世达赖喇嘛：《西藏王臣记》，第126页。
(54)(55) 参见[清]智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，第40页。
(56) 参阅《清太宗实录》卷三十九，崇德二年冬十月丙午。
(57)(58) 详见[清]智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，第40—41、41—42页。
(59) [清]五世达赖喇嘛：《西藏王臣记》，第128页。
(60) [清]智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，第42页。
(61) 《清世祖实录》卷七十四，顺治十年四月丁巳。
