宗喀巴大师充分绍继阿底峡尊者所立“三士道”次第教授及其依佛陀金口所宣言教而励力激扬之宗风规制，故格鲁派建立后，宋元时期庄祚鼎盛、演化相望的噶当派，便迅速融入格鲁派；其星罗棋布于卫藏各地之寺院，亦先后成为格鲁派属寺。他如宁玛、萨迦、噶举诸派，源厚流长，在明代依然贤达辈出，绵延不绝。
1.宁玛派
宁玛派发展到元末，经显密兼弘、诸宗共冶之大成就师隆饮饶绛巴综合义理、选择结集，撰成《七宝藏论》、《大圆满广大心要》、《自解脱三部》、《安息三部》、《仰兑三部》、《曙光三部》诸宝典，使该派所传密法中的最高法门(即大圆满法)，在见、修、行、果各个方面，均灿然大备；究竟心髓，揭示无遗。大圆满心要教法，自是日形光大。而且，隆钦饶绛巴一生福泽广被，仅亲炙弟子即达三千余人，他们“大都殊胜卓越，成为大多数众生之师，实堪赞为希有!”①嗣后，诸心子所衍传承(如住持传承、转世传承、弟子传承、世袭传承、寺庙传承等等)，支脉甚多，滔滔不绝，如长江黄河。
朱明一代，在传持大圆满心要教法诸多支脉中，最根本者当属克珠·洽达昆珠——扎巴威色——楚细·桑结温波——嘉色达瓦扎巴——昆桑多吉——贡嘎嘉琛巴桑——南措娘佐——嘉旺·滇进扎巴——克珠·东昂滇进桑波——桑达·廷列昆珠一系(有关此系传承详情，可参阅蒋扬多杰仁波切：《大圆满传承源流——蓝宝石》上册，耶谢桑波仁波切译文监修，台北：全佛文化事业有限公司，2002年，第293—318页)。
克珠·洽达昆珠，西藏山南洛扎唐昭地方人。13岁出家，20岁受比丘戒。陆续依止众多阿阇黎广学显宗经论，精通般若、因明、阿毗达磨等典籍，善讲正法。复从萨迦派喇嘛绛央来丹受学该派密法(包括道果法)。后被选出任拉隆觉丹德寺堪布，以正法化导僧众。
隆钦饶绛巴莅门域传法时，克珠·洽达昆珠往谒，生起无比敬信，礼为根本上师，承事供养，获授大圆满要门灌顶及讲解等许多诀窍。继遵师嘱，闭关专修五年，生起证悟，获得异熟。嗣后，即以讲修师尊隆钦饶绛巴所传大圆满心要为主要事业。圆寂后一个月荼毗，留下舍利累累。
扎巴威色、楚细·桑结温波、嘉色达瓦扎巴、昆桑多吉四代根本传承师，均自幼出家，首先无偏狭地广闻各派教法，精通显密二乘；继从上一代大圆满传承上师处如满瓶倾泻般地获得大圆满心髓之灌顶、讲解、口传加持、诀窍及实修仪轨；随后，超脱世间八法束缚，岩居穴栖，专心精修深奥生、圆二次第；获得圆满证悟后，各各出世，广行利他事业，为矢志求解脱之有缘弟子赐授灌顶、讲解、诀窍和正法传承。
贡嘎嘉琛巴桑(1437—1508年)，后藏门塔域丹恰尔地方人。14岁时，得隆珠曲丁寺喇嘛索尔章·雄努才旺资助，赴卫地出家，先后依止洽译师仁钦曲吉、苯热巴·仁钦曲旺、大译师曲姜桑波、多吉僧格、玉吉瓦·曲吉协饶、贡桑林巴·曲吉白瓦等善知识，广习经教及各派密法。一一精通后，返回后藏，应玉吉法主扎西格培之请，出任尼德寺堪布，不久又兼任隆珠曲丁寺堪布。
其后，贡嘎嘉琛巴桑从大成就者昆桑多吉领受大圆满心髓之讲解、灌顶、诀窍等，顿感从前所有闻、修、讲说均属皮毛，内心刹时对上师及其所授大圆满法要生起坚定信心，恭敬感戴，勇猛精进，发愤实修。见、修、果达到圆满后，相继出任乃囊寺堪布和羊八井寺堪布，调伏化机，作育弟子，门下出有许多精义正法传持者。
南措娘佐(1494—1570年)，西藏山南洛扎曼塘地方人，父名才旺桑珠，母名乌金吉。15岁那年，南措娘佐从拉隆堪钦茨白瓦和隆哲巴出家，学习法行及大小五明。继在贝康巴·贡嘎洛珠和曲隆巴·茨贝座前圆具大戒，精研律藏。其后，又相继依止仁钦桑波、贝玛林巴、香曲林巴、贡邦·来贝协饶等六十余员善知识，广学格鲁、萨迦、宁玛、噶举、希解、觉域、霞鲁等派传承诸法之灌顶、讲解、口传加持、诀窍等，特别是从贡嘎嘉琛巴桑、佐钦巴·索南仁钦、贡嘎扎西、玛德多扎等大成就者，获授隆钦饶绛巴所传《精义四部》、《七宝藏论》、《安息三部》等为主的大圆满要门及其实修仪轨。复于钦浦、卡尔曲等地山洞闭关，专修大圆满生、圆二次第，亲见诸多本尊。
藏历第九饶迥木羊年(1535年，明世宗嘉靖十四年)，自修圆满的南措娘佐创建达吉曲林寺，专供志求解脱者精进办道之用，并不定期地举行传法灌顶。寺中证悟者不断。其后，南措娘佐又巡游卫藏各地，远至阿里、康区，成熟无数正信具缘有情。77岁时，圆寂于山南乃东昌珠寺。
嘉旺·滇进扎巴(1536—1597年)，西藏门域安隆钦拉(今山南错那县境内)地方人，父名扎西，母名桑丹桑姆。甫满4岁，嘉旺·滇进扎巴即投贝玛林洲寺出家，从伏藏师观却桑波学习宁玛派伏藏诸法。14岁走后藏，依止南措娘佐广学显密经论，最后又特别领受大圆满法与及大伏藏师贝玛林巴所传伏藏法之灌顶、讲解、诀窍和实修仪轨，于诸法要生、圆二次第导引一一无滞。
20岁时，嘉旺·滇进扎巴赴洛扎，从喇嘛吾则巴精习大小五明。复至苯塘，向瑜伽士达瓦求授“修部八教”之灌顶及实修口诀，并随缘说法。继而返回后藏，从萨迦派诸大喇嘛及昭却、囊孜仁津等阿阇黎广习各派教法。其后，隐入钦浦山林闭关专修，终于明解法性，生起证悟。
藏历第十饶迥火鸡年(1597年，明神宗万历二十五年)十月二十八日，嘉旺·滇进扎巴伴随种种奇异征兆，圆寂于达吉曲林寺。
克珠·东昂滇进桑波(1576—1628年)，前藏约茹铎里地方人，父名纽·多吉才旺，母名索南布赤。6岁入达吉曲林寺学习读、写及事部诵文。8岁受居士戒，13岁正式出家。不久即获授大圆满法与及贝玛林巴所传全部伏藏法之灌顶、口传加持、讲解、诀窍及实修仪轨。继从贡嘎扎巴、贡嘎多杰、昆桑班觉、嘉色诺布旺吉、香达旺波德等诸宗善知识广学宁玛、萨迦、噶举等派所传教法。
藏历第十饶迥水蛇年(1593年，明神宗万历二十一年)，克珠·东昂滇进桑波赴锡金哲孟雄幸福林，从苯热巴、塔尔巴嘉琛等阿阇黎精研摄类、因明、中观、般若、律藏及声明、工巧明、医方明等。在幸福林立宗辩论，无人能比。
藏历第十饶迥铁鼠年(1600年，明神宗万历二十八年)，克珠·东昂滇进桑波应噶玛巴·黑帽系九世活佛旺曲多吉邀请，在各种法会上宣讲西藏历史文化及显密二乘主要经论，受到诸多智者一致称道。三年后，避谢世缘，相继隐居钦浦、亚玛隆沟、洛扎卡曲等地，专修自性大圆满法。获得甚深生起次第和圆满次第之证悟后，以身语意三轮事业，广作利教益众之事。藏历第十一饶迥土龙年(1628年，明思宗崇祯元年)十月四日，圆寂于达吉曲林寺。
桑达·廷列昆珠(1611—1662年)，系克珠·东昂滇进桑波与果宗孜玛所生之子，5岁开始学习读、写。8岁受居士戒，广习声明、历算及事部行法，并从其父克珠·东昂滇进桑波获授“静猛本尊”、“修部八教”、“四部精义”以及大圆满等法之灌顶、讲解、口传加持和诀窍等。其后，赴拉隆寺受沙弥戒，精研《究竟一乘宝性论》及其疏释，获授“遍照毗卢遮那如来”、“金刚亥母”、“时轮金刚”等法之灌顶和口传加持。一一熟练精通后，再回父亲身边，接受大圆满精义灌顶和讲解，澄清番关要及疑难之处。
父亲圆寂后，桑达·廷列昆珠又依止茨成多杰(贝玛林巴三世)、贤潘多杰、南卡吉美、佐饮·南卡珠扎、苯隆巴·茨成嘉琛、苏尔青·却英娘作、巴吾·祖拉嘉措、固什·扎巴却央、奈色·甘珠尔巴、噶尔滇松等三十余位善知识，广学显密教法。复闭关专修多年，契证大圆满自显密意。
其后，桑达·廷列昆珠巡游卫藏各地，讲经传法，引导具器弟子循序渐进，无误证悟甚深奥道。还常以禳解病魔、遮拦除障等四种事业，调伏各类有情，故被尊为“大持明者”。晚年，桑达·延列昆珠汇集宁玛派众多伏藏师所传之法，刻印流通；并将大圆满要门诀窍、传承等，圆满赐予德达林巴。后者于藏历第十一饶迥铁狗年(1670年，清圣祖康熙九年)创建宁玛派著名寺院敏珠林寺。
2.萨迦派
元代前期显赫尊荣的萨迦地方政权，自第八任帝师、八思巴侄孙贡噶洛追坚赞贝桑布以四大喇章(即细脱喇章、仁钦岗喇章、拉康喇章和都却喇章)分封异母诸弟、肇启四大喇章各自传承系列后不久，便因萨迦昆氏家族高层内讧、分裂而急剧衰落，最终被大司徒绛曲坚赞所创之第司帕木竹巴地方政权所取代。
细脱、仁钦岗、拉康、都却四大喇章，命运各异。
细脱喇章以克准钦布·南喀勒比坚赞贝桑布(1305—1343年，八思巴堂侄达尼钦布·桑波贝与第三位妻子玛久南喀杰摩所生之子)为第一代，经贡噶仁钦(1339—1399年，前者子)，罗迫坚赞(1366—1420年，前者子)、扎巴罗追(1367—1437年，前者弟，一说其卒年为1446年)。至第五代贡噶旺秋(1418—1462年，罗追坚赞之子)逝世后，便首先绝传②。
仁钦岗喇章以贡噶尼玛(1309—1322年，达尼钦布·桑波贝与第六位妻子玛久宣本所生之子)为第一代，经绛央·顿月坚赞(1310—1344年，前者胞弟)、喇嘛当巴索南坚赞贝桑布(1312—1375年，前者胞弟)、喇钦·贡噶坚赞(1344—1418年，绛央·顿月坚赞出家前所生之子，一说其寂年为1419年)、绛央钦波·南喀坚赞(1398—1472年，喇钦·贡噶坚赞出家前所生之子，一说其生年为1397年)、甲噶·喜饶坚赞贝桑布(1436—1494年，绛央钦波·南喀坚赞出家前所生之子)，至第七代洛追坚赞贝桑布(1444—1498年，前者胞弟)圆寂后，亦告断传③。洛追坚赞贝桑布证德奇异、功业难量、神通自在，自修圆满后，曾赴朵甘思、朵思麻等地弘法三年。故在这一区域出有绍继其法位并领受其口传教诫之擦尔巴法主·洛色嘉措。但洛色嘉措及其嗣法叶裔，没有也不可能至藏地住持仁钦岗喇章，故此系传人不能计入仁钦岗喇章世系。
拉康喇章以第十二任帝师贡噶坚赞贝桑布(1310—1358年，达尼钦布·桑波贝与第四位妻子贡噶南喀坚赞所生之子，《佛祖历代通载》记为“公哥儿监藏班藏卜”)为第一代，经大元·却吉坚赞贝桑布(1332—1359年，贡噶坚赞贝桑布出家前与大妻玛久贝丹桑莫所生之子，被元顺帝封为“中兴释教大元国师”)、大元·洛追坚赞贝桑布(1332—1364年，贡噶坚赞贝桑布出家前与次妻玛久索南贝所生之子)、贡噶扎西坚赞贝桑布(1349—1425年，《明史》作“昆泽思巴”，大元·却吉坚赞贝桑布出家前所生之子，明封“大乘法王”)、达钦·索南扎西贝桑布(1352—1407年，大乘法王之弟)、洛本钦波，德勒扎西(1408—?，达钦·常南扎西贝桑布遗腹子)、索南坚赞(生卒年不详，洛本钦波·德勒扎西长子)、释迦僧格(生卒年失考，洛本钦波·德勒扎西次子)、克尊饮波·贡噶扎西(生卒年不详，释迦僧格长子，后赴蒙古弘法)，达钦·仁钦坚赞贝桑布(生卒年不详，释迦僧格幼子，后赴朵康弘法)、达饮·却吉坚赞贝桑布(生卒年不详，释迦僧格次子贡噶坚赞之子)等人，至嘉贝央·贡噶洛卓勒巴炯乃坚赞贝桑布(生卒年失考，页噶坚赞幼子，幼年出家)圆寂后，同样无复嗣承④。
唯一延续至今、不曾间断的都却喇章，自第一代王·贡噶雷必炯乃坚赞贝桑布(1308—1336年，达尼钦布·桑波贝与第五位妻子拉久尼玛仁钦所生幼子，尚蒙古公主，受封白兰王)直至明末之传承，依次为：喇钦·索南洛追坚赞(1332—1362年，前者子，后被元顺帝迎至大都，出任第十三任帝师)、白兰王扎巴坚赞(1336—1377年，前者弟)、达钦·曲吉坚赞(1359—1428年，前者子)、王·南喀雷必坚赞(1399—1444年，达钦·曲吉坚赞之侄，永乐十一年受封辅教王)、王·南喀坚赞贝桑布(1435—1463年，前者子，承袭辅教王)、绛央·贡噶索南扎巴坚赞贝桑布(1485—1533年，前者侄)、达钦·阿吉旺秋扎巴坚赞贝桑布(1487—?，前者弟)。达钦·阿吉旺秋扎巴坚赞贝桑布幼弟嘉央·次丹扎西(又译绛央·才丹扎西)育有绛央·贡噶桑珠(1515—1572年)和钦波·俄强阿吉旺布贡噶仁钦扎西扎巴坚赞贝桑布(1517—1584年)二子，都却喇章至此一分为二：
长子绛央·贡噶桑珠开出孜东喇章传承，自为第一世，并传第二世贡噶德勒扎西(1549—1588年，前者子)、第三世绛央·索朗仑珠(1571—1642年，前者子)。其后入清⑤。
次子钦波·俄强阿吉旺布贡噶仁钦扎西扎巴坚赞贝桑布续传都却喇章，俄强之后为绛央·索南旺布扎巴坚赞贝桑布(1559—1621年，前者子)、俄强扎巴洛卓坚赞贝桑布(1563—1617年，前者弟)、阿旺贡噶索南扎巴坚赞贝桑布(1597—1659年，前者子)，后者曾著《萨迦世系史》⑥。
各大喇章历代掌教长德，均自幼远离喧嚣、放逸及五堕罪等尘垢，一心闻思修习父祖先辈所传萨迦教法，能精通圆融；稍长，又多从诸派硕德求学各自所传教法，领受教诫、灌顶。于显宗经论造诣极深，对四续部密法则能融会贯通；复多讲论著述，随机教化，作诸利益众生事业，具备贤者德行。
例如，被明成祖朱棣迎至京城、封为“大乘法王”的拉康喇章传人贡噶扎西坚赞贝桑布(1349—1425年)，幼禀出离心，16岁从细脱喇章之大元·贡噶仁钦和印度大译师萨桑麻迪出家，后紧密依止洛本却吉僧格听闻显宗经论。因勤奋好学，不久就精通印度法称论师之《因明七论》。21岁时，以曲杰索南坚赞贝桑布为亲教师、大班智达玛迪达杂为轨范师、洛钦强秋孜莫为密证师，于20名具信比丘众中，圆具大戒。其后，精研《中观六论》、《时轮本尊注疏》、《喜金刚续第二品注释论》、《秘诀羯摩集》等显密教法，学修发菩提心，从喇嘛当巴索南坚赞贝桑布领受萨迦派所传金刚橛、十三尊红色大威德等无上密乘之灌顶与教诫。复依止其父大元·曲吉坚赞，以及喇钦·索南洛卓、大元·贡噶仁钦、喇钦·贡噶坚赞、曲隆堪钦·杰哇桑波等格西和大成就者，闻修“道果法”与及三种传规之吉祥胜乐，桂、玛、俄三派所传之吉祥集密和克什米尔大班智达释迦室利跋陀罗传予萨班之吉祥集密等西藏所有集密教法，惹、萨、卓、觉诸派大威德教法，吉祥时轮金刚等“多至不可思议”之四续部甚深密法，并解除疑团，“全部贯通。”⑦
因深感“不观修的佛法只是知见”⑧，于出离生死并无直接裨益，遂奋志专修。先是在萨迦乌孜玛地方闭关三年零三个月，复至觉莫隆、卡热、当巴普山洞等殊胜修行地闭关，励力观修生圆二次第，“早晨按瑜伽法起床，晚上按瑜伽法入睡。”上午首先修“《甚深道上师瑜伽》，”其次修“毗尔护法神，无量珠杰玛等尊的长寿经”、“三十二事业等意念、正见救护等”，然后“进行礼供等七支行和祈祷发心。”午后，修“《祖师轨范仪则白抛食子四法》、《二十一尊度母》、《陀罗尼三分食子》、《供神朵玛》、《六十尊红色大威德》、《孽债食子一百和水施》，此后，随时都念诵《心经驱魔经》七遍或二十一遍，以及胜乐、红色大威德、阿热巴杂那、尊胜聚集、秽迹金刚霞哇日、具光者、观世音等尊神之观证、念诵、度母四曼荼罗供，依名释义等等。傍晚修持喜金刚之自生、道位之灌顶、面前生起回向食子修供仪轨、护法藏、一百根本咒、那若空行母之修诵。亥时修证诸《松堆》一类修法直至午夜后。接着进行礼供祈愿等佛事活动。即使是入睡亦戴禅带按毗卢七法心境不虚妄分别地入定，就是稍睡片刻，亦在修证。整个昼夜好像长流水一样的进行瑜伽灌顶，除此之外从未有对三门庸俗耽著和放纵行为以及懒惰的现象。”⑨相继生起拙火暖乐，深入甚深三摩地，悟证功德犹如“海水一样满溢。”⑩
其后，贡噶扎西坚赞贝桑布朝礼拉萨，于大昭寺释迦牟尼佛像前举行隆重供奉与祈祷法事。继至藏北热振寺，为寺僧传授实修灌顶教授。复于年波衮巴、雪龙措卡、卓萨衮巴、嘉玛乃、吉雪帕邦卡、曲宗等地，“为无数僧俗格西、三藏法师等转动深奥和广泛之诸多法轮。”(11)返回萨迦大寺后，贡噶扎西坚赞贝桑布精心编纂《萨迦五祖全集》，建立吉祥胜乐轮、喜金刚、薄伽梵普明佛母等众多大宝坛城共同组成之立体坛城，屡感奇异祥瑞，美声令誉“如同天界之大鼓，响彻各方。”(12)明成祖朱棣闻其证德道行，特遣中官赍玺书、银币等至萨迦诏请。
藏历第七饶迥水龙年(1412年，明成祖永乐十年)四月，年逾六十的贡噶扎西坚赞贝桑布为“有大利益”于“佛教和众生”，自萨迦大寺起程，一路为具缘众生说法，于翌年二月抵达南京。成祖朱棣即刻接见，与之讲论佛法。进又“请求给予深奥之密宗甚深道灌顶。”(13)贡噶扎西坚赞贝桑布遂隆重建坛，为授喜金刚、大黑护法加持等法灌顶。如愿以偿的成祖朱棣赐封其为“万行圆融妙法最胜真如慧智弘慈广济护国演教正觉大乘法王西天上善金刚普应大光明佛，领天下释教。”简称“大乘法王”。同时“赐诰印并袈裟、幡幢、鞍马、伞盖、法器等物。”(14)
其后，大乘法王贡噶扎西坚赞贝桑布从水路北上，观览即将成为都城之北京。成祖朱棣为建“名叫法坪寺的一座大寺院，作为暂时驻锡之所。”(15)继赴五台山，朝礼各大圣迹。返回南京后，大乘法王贡噶扎西坚赞贝桑布再次应请为成祖朱棣“传授灌顶和经咒加持、教诫、随许等诸多佛法教授，使其心满意足。”同时，请求朱棣慈悯众生，福泽子民，致“使成千上万名罪犯得以释放。”(16)
永乐十二年(1414年)一月，大乘法王贡噶扎西坚赞贝桑布辞归。成祖朱棣特赐“银制喜金刚九尊，晶木制大威德，双身宝帐怙主，金刚橛诸尊等无数三所依；还赐给了供器、毡帽、服饰、绸缎、大小帐篷、茶器、茯茶等物品和金器、银器许多各种珍宝以及马、牛、骡等牲畜，品种繁多，不计其数。”(17)并“命中官护行。”(18)
进入藏地后，大乘法王贡噶扎西坚赞贝桑布首先至拉萨大昭寺，“供奉许多用金液、敬神哈达、各种珍宝等制作的奇异的三十七曼荼罗供等”(19)。继而，起程向后藏迸发，于同年十二月回到萨迦大寺。其后，大乘法王贡噶扎西坚赞贝桑布日日不间断地讲经弘法，培育成熟大批志求解脱之贤善弟子，复数度遣使入贡。成祖朱棣亦先后命中官乔来喜、杨三保“赍赐佛像、法器、禅衣、绒锦、彩币诸物。”(20)
藏历第七饶迥木蛇年(1425年，明仁宗洪熙元年)七月十二日晨，大乘法王贡噶扎西坚赞贝桑布令诸侍者排列敬奉三宝之供品，随后即金刚跏趺坐，手持金刚铃杵，交叉胸间，于吉祥禅定中示寂。
再如，都却喇章的钦波·俄强阿吉旺布贡噶仁钦扎西扎巴坚赞贝桑布(1517—1584年)，9岁从伯父、大班智达贡噶索南扎巴坚赞贝桑布受居士戒，广闻包括《噶当四本尊之教授》、《律心七事》、《噶当师徒问道录》、《噶当六书》在内的显教经沦和密乘律仪，学修“发菩提心法”。于息、增、怀、伏四业获得融会贯通后，相继听受喜金刚、吉祥胜乐、大威德、吉祥集密、道果、至尊金刚瑜伽母等诸多稀世深奥妙法详繁仪轨和教授，获得随许与加持。通达无碍后，闭关专修，亲见本尊，证入殊胜悉地。
钦波·俄强阿吉旺布贡噶仁钦扎西扎巴坚赞贝桑布一生住持萨迦大寺凡历五十一年，前后新建萨迦寺大经堂及显宗经院，修缮诸佛殿、佛塔及护法神殿，塑画庄严佛像，绘制以吉祥胜乐、道果、吉祥集密、喜金刚、持明传承师等为主的无数密续唐卡，创建密续经院，制订闻、思、修次第向导和清规，建立吉祥胜乐、喜金刚、吉祥集密、金刚橛、大威德、诸怙主护法、桑普札、普明大日如来等与四续部密法有关之坛城修供仪轨及念诵次第等等，使得萨迦教法如同上弦月一般，日益兴旺发达。
他还多次游历卫藏各地，以二业抚育各大寺院及僧俗弟子，尤其是在萨迦大寺、桑耶寺、那烂陀寺、热振寺等任运成就之圣地，广泛转动以萨迦无垢教法为主的灌顶、教授、秘诀和加持等深奥教法之法轮，传授无数甚深随许次第，为有缘弟子举办速疾积聚资粮之大法会，由此培育出众多能持理佛教之贤哲和弘扬佛法之大德。
藏历第十饶迥木猴年(1584年，明神宗万历十二年)七月十二日，钦波·俄强阿吉旺布贡噶仁钦扎西扎巴坚赞贝桑布伴随种种吉祥异兆示寂。有疏释佛陀教法密意、特别是萨迦派所传诸法灌顶仪轨等著作行世(后人将其汇集成《俄强全集》，共三函)。遗体安放二十年后如法荼毗，诸奇异祥瑞屡屡示现(21)。
朱明一代，萨迦派虽然不再具有能左右西藏乾坤之政治威势与及全藏区政教领袖地位，但就教法传承而育，却因“祸”得福，使得本来可能因受封“司空”、“司徒”、“国公”等爵位而不得不出任朝廷命官、滞留仕途之人，全都回归纯正的闻法修习生活，结果，自明中叶以降，本派便贤德辈出，不胜枚述。其中最著名者，有住持显教之“迅”、“雅”、“绒”等人，和住持密法之“鄂”、“仲”、“刹”诸师。
“迅”即仁达瓦·迅努洛哲(1349—1412年)，西藏萨迦寺附近仁达地方人，出家后亲近喇嘛聂温·衮噶贝学习显宗经典，达成究竟。又从堪钦绛森听讲中论。当时，中观应成派教理在藏地几乎失传，“唯塘萨寺有《中观》之遗骸，余则无有。”(22)仁达瓦·迅努洛哲以超人慧力深入钻研，终于通达应成派中观教理旨趣，洞微入精。复励力弘扬，教诲后学，使这一学说得以广泛传播，蔚成藏传佛教各派共许之正见。故其在自述中言：“吾初求学时，只听说有《中观》一书，但无人重视。现在都知道《中观》的重要了，这可算作我对佛法所作的一点贡献。”(23)
其后，仁达瓦·迅努洛哲又从大译师南喀桑布、达仓译师扎巴坚赞、译师郊乔巴·室利跋陀罗等人听受《集密》等一切本续要门，如实宏显。
仁达瓦·迅努洛哲大师一生著作等身，最著名者有“瞻部洲最胜庄严的四大论和《中观根本颂》、《入中论》、《四百论》、《大乘宝生论》、《俱舍论》、《吉祥集密经》等共十部经论的注疏。”(24)门下出有博解经论之善知识七员，善释四论之弟子十位，通晓《现观庄严论》和《因明论》之弟子百余人，宗喀巴大师三师徒亦均从其学法。故在萨迦派“住持教法的大德中，唯此师功劳最大”(25)。
“雅”指雅楚·桑结贝(1350—1414年)，原是帕竹噶举派泽当寺执事绛曲仁钦之子，后过继给侍者雅汝为子，故称“雅楚”。桑结贝年轻时游学萨迦、泽当诸寺，特别依止尊追贝大师广学显教经论，复从协饶贝大师听受密法，勤奋修行。后任萨迦寺堪布，作育出众多住持萨迦教法之弟子。
“绒”系指绒敦·玛威僧格(1367—1449年)，四川嘉绒地方人。18岁赴西藏求学，进入被誉为藏地佛学教理发源地的噶当派著名寺院桑浦寺，广习经教。后从雅楚·桑结贝精研萨迦教法，复从大乘法王贡噶扎西坚赞贝桑布听受密法。其后，唯以说法弘道为事。
藏历第七饶迥火龙年(1436年，明英宗正统元年)，已届七十高龄的绒敦·玛威僧格在拉萨北面彭域地区果拉山北创建那烂陀寺，“以十大经论立宗辩论，讲说六十四部教典，造四十部经论疏释”(25)，造就弟子甚众。其中，森巴·迅努杰乔、玛康·扎巴桑布、贡汝·坚赞桑布、纳塘巴·协饶僧格、扎穹·云丹嘉措诸位英才，后转成宗喀巴大师之及门；达布·扎西朗杰于绒敦·玛威僧格圆寂后继任那烂陀寺堪布；绛钦·饶绛巴·桑结培于藏历第八饶迥土蛇年(1449年，明英宗正统十四年)在绒穹河谷创哲域纪泽寺，兴辩经学规，立饶绛巴学位名号制；班钦·释迦乔丹于藏历第八饶迥土牛年(1469年，明宪宗成化五年)在日喀则南建吐丹色多坚寺。
通达无量经论的绛钦·饶绛巴·桑结培门下，亦是俊彦荟萃。其中，绛巴却珠能在一个月内读熟《般若十万颂》，故被誉为“邦查松巴”，后在萨迦西南建宁悦甲雄寺；绛央·衮噶却桑及其能记持百种经典的亲炙弟子雄甲巴·额珠白拔，共建却柯伦布寺；果让巴·索南僧格于藏历第八饶迥水蛇年(1473年，明宪宗成化九年)在南木林道那河谷建图丹南杰林寺，总宏各派教法；德顿巴·丹巴饶赛于今贡噶县境内建热瓦麦寺，法嗣叶裔有多人专宏显教经论；加塘巴·绛巴索南及其传人孟堆·鲁珠嘉措、堪钦·阿旺却扎等人，均堪称贤达宗师(27)。萨迦教法，因上述硕德递代弘传而大为振兴。
住持密法之“鄂”大师，即鄂巴·衮噶桑布(1382—1456年)，西藏萨迦地方人，系元末萨迦派著名高僧喇嘛当巴索南坚赞贝桑布三传弟子(喇嘛当巴索南坚赞贝桑布传白丹楚逞，白丹楚逞传佛陀室利，佛陀室利传鄂巴·衮噶桑布)。9岁出家，相继从贡噶仁钦、耶协坚赞、嘉却译师、萨桑帕巴、扎西仁钦等诸多高德广学显密经论，严守比丘戒、菩萨戒和密乘众戒。复礼佛陀室利为根本上师，从学萨迦派道果法。后被举任萨迦寺堪布，一住近二十年。
藏历第七饶迥土鸡年(1429年，明宣宗宣德四年)，鄂巴·衮噶桑布在纳塘寺西“鄂”地方创建规模宏大之艾旺却丹寺，内供尼泊尔塑像匠人阿克惹纳等建造之释迦牟尼金铜大佛像、纯金写本之《甘珠尔》等稀世珍宝，并建经院、佛塔。寺成，鄂巴·衮噶桑布于此先后传道果法八十三遍，授金刚鬘灌顶六十余遍，“由此可知其传授的灌顶、引导、要门等之多不可计量。”(28)艾旺却丹寺因此成为传播萨迦派密法之重要道场。
鄂巴·衮噶桑布自9岁受沙弥戒后，即过午不食，自奉菲薄，“终生守持净戒，日为素斋一食”(29)。艾旺却丹寺道场宏开后，卫、藏、康区遐迩学子乞受戒法者络绎不绝。鄂巴·衮噶桑布勉受众请，仅为授具足戒者，即逾万人。其后，又多次赴前藏、阿里及尼泊尔，普施法雨。
藏历第八饶迥火鼠年(1456年，明代宗景泰七年)四月二十五日，鄂巴·衮噶桑布付嘱后事毕，收摄色身，泊然示寂。继登艾旺却丹寺法座者，为其心传弟子、独得道果法心要秘传(萨迦派独有之道果法，从此判为“对众说”和“对弟子说”两种)之沫钦·摩诃萨埵·衮乔坚赞。沫钦·摩诃萨埵·衮乔坚赞后传《正法源流》一书作者衮乔伦珠，衮乔伦珠传塔孜巴·南喀白桑，塔孜巴·南喀白桑传朱康巴·白丹顿珠。此系法统，后人号为“鄂派”。
“仲”有“前仲巴”和“后仲巴”二人。
“前仲巴”指仲穹巴·安羌·陀罗尼室利(喇嘛当巴索南坚赞贝桑布法嗣)，其后传吉·桑布坚赞、坚赞衮乔、格瓦桑布等；坚赞衮乔晚年付法沫舍巴·多吉坚赞。此一法系，人称“前仲巴系”或“沫舍系”(30)。
“后仲巴”则指吐敦·衮噶南杰(1432—1496年)，因出生在“吐弥桑补扎族”，故名吐敦。衮噶南杰自幼即能善巧持诵五大陀罗尼，后被帕木竹巴地方政权第六任第司贡玛扎巴炯乃委任为亚郊本钦及贡噶宗宗本两处要职(31)。晚年出家，从却吉·绛巴林巴大师受比丘戒。继而，礼喇嘛当巴索南坚赞贝桑布三传弟子扎托巴·索南桑布(大乘法王贡噶扎西坚赞贝桑布心传弟子)为根本上师，从学显密教法，究竟通达。
藏历第八饶迥木猴年(1464年，明英宗天顺八年)，吐敦·衮噶南杰在前藏曲水之南贡噶宗创建贡噶多吉丹寺，弘传萨迦派密法，“创立各种曼荼罗仪轨，法事实修次第，以及跳神等的事相，获得护法感应，有神通法力，名声很大，著作等身。”(32)由此希有大道场所出之法统，后人称为“后仲巴系”或“贡噶系”。
“刹”是刹钦·罗赛嘉措(1494—1566年，一说其生卒年为1502—1567年)，早年出家于扎什伦布寺，学习格督教法。后受瑜伽母点化，从多仁巴·衮桑却古尼玛、达钦·罗朱坚赞诸师广学萨迦教法，尤其是鄂、仲二系所传萨迦嫡系极密耳传教授，如是而“成为萨迦派各种教授支流总汇一起的大海。”(33)其后，刹钦·罗赛嘉措以之广传弟子，在藏地影响颇巨。门下出有绛央·钦则旺秋、孟堆·鲁珠嘉措、安羌·索南却培、堪钦·娄松巴、博克巴·弥勒顿朱坚赞、旺秋饶丹、索南乔丹、堪钦·阿旺却扎等能继承法统之高足。三世达赖喇嘛索南嘉措曾从其听受“帐明王和四面明王护法等教授。”后来，五世达赖喇嘛阿旺罗桑嘉措又从刹钦·罗赛嘉措弟子索南乔丹“学习道果、十三种金法和修大小明王诸教授法类。”(34)
由刹钦·罗赛嘉措开启之法统，后人号为“刹派”。
3.噶举派
噶举派自开宗立派后，发展速度之迅捷、传播地域之广袤，迥超其他各个教派，以致衍成“四大八小”。因具足美满修悟、成就无量利生事业而美誉遐迩者，遍布卫、藏及康区。
入明后，朗拉斯家族(帕竹噶举一系)受中央政府诰命，世代执掌西藏地方政权，噶举派更成为雪域高原实力最强劲之宗派；其中一些支系成员，甚至直接掌管一方政务。
然而，权力永远都是一把双刃剑：它既有助于改善和提升僧伽办道之外部条件，亦容易诱惑没有真正生起慈悲菩提心、不具空性正见之辈滑向追逐利禄、横行不法等歧途——世为帕竹臣子却为扩张势力范围动辄叛主的仁蚌巴祖孙(属噶举派)，原属仁蚌巴家臣但却残酷杀害家主子嗣、鼓动属民制造事端并乘乱窃取后藏霸主地位的辛厦巴·噶玛·才旦多吉(亦属噶举派)，以武力彻底摧毁受中央政府认可的帕木竹巴地方政权而自代的噶玛·彭措朗杰(还是噶举派)，诸如此类之案例，均佐证了权力本身巨大的反噬作用。
(1)噶玛噶举
有明一代，噶举诸系以率先肇启活佛转世制度之噶玛噶举为最盛。其噶玛巴·黑帽系共历第五世德银协巴、第六世通瓦敦丹、第七世却扎嘉措、第八世弥觉多吉、第九世旺秋多吉和第十世却英多吉六位活佛；噶玛巴·红帽系则历第三世却贝耶协、第四世却扎耶协、第五世衮乔演拉和第六世却吉旺秋四位活佛。
噶玛巴·黑帽系第五世德银协巴(1384—1415年，本名却贝桑布，《明史》记作“哈立麻”)，西藏娘波埃那梁地方(今工布江达、林芝一带)人，父名古汝仁钦，系专修密法之瑜伽士，母名拉谟吉。德银协巴幼年时代曾示现种种奇迹(35)。4岁，赴噶玛巴·红帽系第二世喀居旺布座前闻习《金刚鬘》、《那若六法》、《大手印》、《六支瑜伽》等许多教法。7岁，从工布孜拉岗寺堪钦索南桑波和阿阇黎堪钦云洛瓦出家，赐法名却贝桑布。18岁前往朵康，受“贡觉大长官”峨热南喀盛大供养。在当地部落战争一触即发之际，经其善巧调停，战事得以遮止。其后，德银协巴辗转于岭、噶玛、类乌齐、工布等地，广转法轮。20岁，在孜拉岗寺堪钦索南桑波、阿阇黎堪钦云洛瓦及80位具德僧伽座前受比丘戒。而后，一面听闻无量甚深显密教授和灌顶等广大教授，勤奋修持，示现难以数计之稀有事迹，一面为人说法，“意乐供施，亲示教导，严守戒规”，将学子“安置于正道。”(36)后闻成祖朱棣特遣司礼少监侯显、汉僧智光等至楚布寺诏其进京，遂赶回前藏，接受诏书。继而，派贡使先行入京朝贡，然后躬随使者侯显、智光等起程，经由康区入朝。沿途广作利益有情事业。
永乐四年(1406年)冬，德银协巴一行抵达南京。成祖朱棣延见奉天殿，次日更于华盖殿宴请，赐“黄金百，白金千，钞二万，彩币四十五表里，法器、姻褥、鞍马、香果、茶米诸物毕备。其从者亦有赐。”(37)翌年春，复赐“仪仗、银瓜、牙仗、骨朵、魫灯、纱灯、香合、拂子各二，手炉六，伞盖一，银交椅、银足踏、银杌、银盆、银罐、青圆扇、红圆扇、拜褥、帐幄各一，幡幢四十有八，鞍马二，散马四。”(38)继奉成祖命，于灵谷寺建普度大斋，为太祖帝后(即朱元璋夫妇)荐福，以伸诚孝，并济拔殁于“靖难”之役的将士军民。法会期间，多有灵瑞：“卿云、甘露、青乌、白象之属，连日毕见。”(39)躬自行香的成祖朱棣大悦；侍臣纷纷撰献赋颂。事竣，赐号“如来”(“德银协巴”即是“如来”之藏译。从此，人多称其为德银协巴，本名却贝桑布，后竟不用)，封“万行具足十方最胜圆觉妙智慧善普应佑国演教如来大宝法王西天大善自在佛领天下释教”，简称“大宝法王”(其后，“大宝法王”之封号遂为噶玛巴·黑帽系历辈转世活佛相沿承袭)，并赐“印诰及金、银、钞、彩币、织金珠袈裟、金银器、鞍马。”弟子四人，亦分别赐封“灌顶圆通善慧大国师”、“灌顶圆修净慧大国师”、“灌顶通悟弘济大国师”和“灌顶弘智净戒大国师”(40)尊号，并赐金印、诰封及银钞、彩币。
“大宝法王”，最初是元世祖忽必烈赐予自己上师八思巴之封号(具称“皇天之下一人之上开教宣文辅治大圣至德普觉真智佑国如意大宝法王西天佛子大元帝师”)。王森先生认为，“这一封号在当时藏人眼目中是一个最尊崇的封号”(41)。明成祖朱棣将此藏人心目中最极尊贵之封号赐予噶玛巴·黑帽系第五世，显然是要仿效元世祖忽必烈尊萨迦派圣僧八思巴为藏传佛教各个教派共同领袖之故事，意在表明：大明王朝尊噶玛噶举派为全藏区首席教派，本派教主则为藏传佛教所有教派之最高领袖——因此之故，明封三大法王中，对大宝法王礼数最为隆重。大乘法王，“礼之亚于大宝法王”；大慈法王，则又亚于大乘法王(42)。封号中“领天下释教”五字，可谓这种仿效意图的最明显最直接之注脚。然而，亦恰恰正是此五字，暴露了明廷简单仿效元世所致之重大失误：元朝历任帝师，作为宣政院(职掌全国佛教事务及吐蕃地区军政大事)实际首脑，自然可以“领天下释教”，亦即，既实际执掌全国藏族地区政教管辖权，又是全国佛教僧伽最高领袖。朱明朝廷既已废除帝师制，则噶玛噶举派教主即使真能被藏传佛教各个教派共尊为最高领袖，也不拥有全国藏族地区行政管辖权，更不可能管理汉地佛教。如是，则“领天下释教”云云，岂非一句空话?!后来的满清王朝显然洞察了这一失误，故在册封五世达赖喇嘛为全国藏传佛教领袖时，于“领天下释教”前特别增加一个“所”字，以示其管理的是全国尊奉藏传佛教之地区(西藏、蒙古、甘青藏区等)而不是全中国的佛教事务。
未几，大宝法王德银协巴奉命赴五台山显通寺建大斋，为是年七月新崩之仁孝皇后荐福，赐予优厚。
永乐六年(1408年)四月，大宝法王德银协巴辞归。成祖朱棣复赐金币、佛像，“仅白银一项就有大银翘宝七百颗”(42)，并命中官护行。一路讲经说法，作摩顶赐福等。回到楚布寺后，大宝法王德银协巴以朝廷赏赐之物广作布施，“对诸大善知识、诸大修士、学习闻思诸人，无边的修密士会众、权威著称的大小官员，甚至连一般普通的人们都有所馈赠”(43)。其后，主持楚布寺寺务，成熟难以计数之有情，具足众多通达之弟子(44)。
藏历第七饶迥木羊年(1415年，明成祖永乐十三年)，大宝法王德银协巴突患疾病逝世。“荼毗后发现有舍利聚积而成的大悲观音、胜乐、欢喜金刚双尊等像，还有难以数计的各色舍利。”(45)
噶玛巴·黑帽系第六世通瓦敦丹(1416—1453年)，康区噶玛附近“冻”地方人，父为修密士，母为空行母种姓。据《青史》记载，通瓦敦丹甫出母胎，即直立含笑注视母亲，剪脐带时异香遍室。一个月后，大宝法王德银协巴亲炙弟子冻巴甲扎哇与之相见，通瓦敦丹笑握其手而为说偈：“无生远离诸言说，无处离处诸众生，为引彼等解脱处，我愿众生成吉祥，未迁纳玛察哇地。”七个月时，能宣说诸佛名称和六字真言，登高座作加持。继而明确宣示自己是德银协巴转世；对噶玛丹萨寺派来认定之人，能一一叫出其名，并能准确无误地辨识前世所用诸物，如念珠、黑帽、经本、佛像等等，遂被大众认定为噶玛巴·黑帽系第六世活佛，迎请至噶玛丹萨寺(46)。三岁，开始对僧俗大众讲说《大悲观音诵修法》和《上师瑜伽》等教法。而且，任问何种教法，都“能无碍地宣说。”(47)
其后，通瓦敦丹游历康区各地以及前后藏广大地区，作诸利益有情成熟化机之事业。复尊事朝廷，前后八次遣使进京朝贡。明廷则分别于永乐二十一年(1423年)四月十七日、正统七年(1442年)九月十五日和正统十年(1446年)六月初四日，三次为表彰入贡并回赐之事颁赐敕谕，其中最后一道敕谕全文如下(48)：
佛氏以慈悲之道，化人为善，归依正觉。尚师远处西域，得佛祖之真传，阐仁慈之功用，开导众类，教行一方，而能敬顺天道，尊事朝廷，遣番僧锁南泥麻等，以佛像并马匹、方物来贡，于以见尚师效勤愈笃，修职益虔。朕用嘉之。兹锁南泥麻等回，特赐尚师彩币表里，用答至意。其钦承之。故谕。
颁赐：(从略)
正统十年六月初四日
藏历第八饶迥水猴年(1452年，明代宗景泰三年)，通瓦敦丹至桑浦寺闭关，对寺内佛像、经、塔大兴供养，于诸护法神前供朵玛，嘱令护教。出关后，将佛像、法籍、黑帽、往生口诀等付与弟子，作诸授记。翌年示寂，享年38岁。
噶玛巴·黑帽系第七世却扎嘉措(1454—1506年)，“峨”地邬金山庄人，与元代主巴噶举高僧朱妥·邬坚巴·仁钦贝同乡，父名扎巴伯珠，母名拉谟吉。藏文史籍对其事迹记载甚少。《青史》评价他“是一位在各地区作成熟无量众生事业，不可思议的大德。”(49)
却扎嘉措一生七次遣使朝贡，时间分别是成化五年(1469年)、成化七年(1471年)、成化十年(1474年)、成化十三年(1477年)、成化二十一年(1485年)、弘治八年(1495年)、弘治十三年(1500年)。宪宗朱见深对其“敬顺天道，尊事朝廷，恪修贡职，愈久愈虔”等行为甚表嘉许(50)。
噶玛巴·黑帽系第八世弥觉多吉(1507—1554年)，多康西北昂曲河畔叶垄噶迪普巴当地方人，父名阿绛木，母名拉麻淳。5岁时被认定为噶玛巴·黑帽系第七世却扎嘉措之转世灵童，继从楚布寺第一世贾察活佛扎西朗杰受别解脱戒，赐法名却吉扎巴贝桑布。8岁至苏莽(今青海玉树西南)绛曲林寺，作短暂住修。旋应丽江纳西族木土司之请赴云南丽江，受到隆重礼遇。此行虽在丽江仅住七天，但纳西族却在木土司垂范之下，开始信奉噶玛噶举教法。
藏历第九饶迥水牛年(1517年，明武宗正德十二年)，弥觉多吉从邓柯桑杰年热受沙弥戒，继住绛曲林寺闻习显密教法三年(51)。
正德十年(1515年)，武宗朱厚照“惑近习言，谓乌斯藏僧有能知三生者，国人称之为活佛，欣然欲见之”(52)，遂命中官刘允以往返十年为期，乘传往迎噶玛巴·黑帽系第八世弥觉多吉。阁臣梁储、礼部尚书毛纪、六科给事中叶相、十三道御史周伦等人以此举“亏中国之体，纳外番之侮”为由，上书切谏。武宗不听。
刘允一行，可谓劳师动众，耗费无算：仅拨马船即逾百艘，所携茶盐“以数万计”，更有“以珠琲为幢幡，黄金为供具，赐其僧金印，犒赏以巨万计，内库黄金为之罄尽。”(53)行至临清，“漕艘为之阻滞。入峡江，舟大难进，易以*(左舟右冓)*(左舟右鹿)，相连二百余里。及抵成都，日支官廪百石，蔬菜银百两，锦官驿不足，取傍近数十驿供之。治入番器物，估直二十万。守臣力争，减至十三万。工人杂造，夜以继日。居岁余，始率将校十人、士千人以行，越两月入其地。”(54)如是一路骚扰邮传，为官民患，至藏地已是正德十四年(1519年)。
据《智者喜宴》记载，双方晤面后，刘允呈献部分赏赐。然弥觉多吉以“兆象不吉”(一说是预测到武宗朱厚照将不久于人世)为由，告以稍后几年再入朝。刘允大急，众将士亦怒，欲胁以威，强行迎请。弥觉多吉因左右诸人劝助，匿不出见。刘允无计可施，只好携厚礼返回。途中遭“番人夜袭”，所携宝物、器械被劫夺一空，从行将校二员、士兵数百人被杀，“伤者半之”；刘允“乘善马疾走，仅免。返成都，戒部下弗言，而以空函驰奏，至则武宗已崩。世宗召允还，下吏治罪。”(55)
藏历第九饶迥土鼠年(1528年，明世宗嘉靖七年)，弥觉多吉从堪钦·却珠僧格、阿阇黎噶玛程列诸师受比丘戒。后又遵照前几世之惯例，巡游卫、藏、康区，作诸弘法事业，在青海果洛班玛地方创建吉德寺，曾前后三次遣使朝贡。木虎年(1554年，明世宗嘉靖三十三年)八月，在山南雅垄圆寂。有各类著作二十八函行世。
噶玛巴·黑帽系第九世旺秋多吉(1556—1603年)，曾于万历四年(1576年)三月遣使进京朝贡。进一步加强与云南丽江纳西族木土司之法缘(56)。复与蒙古汗王建立联系——据《蒙古源流》相关记载推测，此“汗王”很可能就是察哈尔部图门汗(57)。然几乎与此同时，格鲁派因三世达赖喇嘛索南嘉措应实力强大、雄霸一方之土默特部阿勒坦(俺答)汗盛情邀请，亲莅青海传教，而与土默特部建立起非常密切之关系，随后开始在漠南漠北蒙古各部乃至漠西卫拉特务部迅速普传，故噶玛噶举在蒙古各部之影响，远逊于格鲁派。
噶玛巴·黑帽系第十世却英多吉(1604—1674年)，青海果洛班玛地方(今青海省果洛藏族自治州班玛县)人。藏历第十饶迥铁狗年(1610年，明神宗万历三十八年)，被认定为噶玛巴·黑帽系第九世旺秋多吉之转世灵童。翌年，举行坐床典礼。从巴俄仁波切祖拉嘉措受戒后，即长住楚布寺学经。曾于藏历第十饶迥铁猪年(1611年，明神宗万历三十九年)和土马年(1618年，明神宗万历四十六年)两次遣使进京朝贡。与蒙古察哈尔、喀尔喀等部结下法缘。
却英多吉住世之时，特别是其中年以前，“正是明朝晚期中央权势衰落、蒙藏两族地方势力相互要结、甘青一带和卫藏地区纷争扰攘的时候。就西藏地方势力来说，正是噶玛噶举和后藏的仁蚌巴、藏巴汗先后相联结为一方；格鲁派(黄教)和帕木竹巴及其一部分家臣(也是地方的领主)为另一方；双方又各自联合与自己有关的蒙族汗王并引入蒙军而形成错综复杂的、彼此战争的时期。”(58)
藏历第十饶迥土马年(1618年，明神宗万历四十六年)，噶玛·彭措朗杰战胜蒙古喀尔喀及土默特两部进藏骑兵、控制卫藏大部分地区后，却英多吉以被明廷尊为藏传佛教所有教派最高领袖的“大宝法王”之身份，授与噶玛·彭措朗杰一方印信。此前，藏巴汗自称“藏堆杰布”，只是自封为王而已。西藏地方政权首脑即帕竹第司贡玛“阐化王及其属下各地方领主仍只承认藏巴汗为第巴，即管事人，不承认他的‘王’的地位。”(59)却英多吉授其印信之举，一方面以西藏最高宗教领袖之身份，承认藏巴汗为卫藏地区最高行政长官，另一方面，也使自己及噶玛噶举派深卷至藏巴汗政权敌视、抑压格鲁派供施双方之漩涡中。噶玛·彭措朗杰死后，却英多吉应邀前往日喀则，为其主持葬礼。随后，朝礼大昭寺、桑耶寺、萨迦寺等著名大寺。
固始汗剿灭却图汗及白利土司、领兵进藏推翻藏巴汗政权后，格鲁派此前遭遇的违缘障难顿时冰消瓦解，而且一变而占了绝对优势。噶玛噶举派之处境，则恰恰相反。
土观·罗桑却吉尼玛认为，噶玛噶举派诸掌教者此前若能“对于各教派一视同仁，远离爱憎，行五分别行，只安住于大手印的境界中”，则“虽然其施主政权(即藏巴汗政权)衰亡了，而噶玛巴一系还不至于有什么大的兴衰。”惜乎，部分掌教者愈修手印手愈多，且“心怀阴谋，肆意捣乱”，多次参与藏巴汗政权恶谋，致使本派在该政权覆灭后，顿从声势煊赫之巅峰，坠至低谷，“沦于衰败。”(60)后经四世班禅罗桑却吉坚赞大师慈悲斡旋，却英多吉与五世达赖喇嘛达成谅解：却英多吉承认五世达赖喇嘛权威及其派代表常驻楚布寺等类似元末大司徒绛曲坚赞管制萨迦大寺之监督措施；五世达赖喇嘛同意却英多吉继续掌管噶玛噶举及其大部分属寺，不受干扰(61)。
然时隔不久，噶尔巴家族在工布及山南地区相继举兵反抗固始汗。因该家族与噶玛噶举关系极为密切，故却英多吉备受怀疑，遭固始汗软禁。噶尔巴军队溃败后，却英多吉被迫避居云南丽江木土司家中。继因厌倦木府奢华与喧嚷，移住丽江达耶岗寺。旋又只身前往青海果洛，途遇强盗，坐骑、衣物被劫一空。最后被本派弟子找回，又接至木土司府(62)。避居云南丽江期间，却英多吉先后倡建文峰寺、福国寺、指云寺、玉峰寺、普济寺、兴化寺、达摩寺、林昭寺、普化寺、安抵寺、来运寺、兰经寺、达普寺等十三座噶举派寺院，弘传噶举教法。
顺治十年(1653年)，清世祖福临遣使召谕。却英多吉未应。后于顺治十六年(1659年)派人上表进贡。翌年，清世祖遣使至云南，赐予敕书及印章。
藏历第十一饶迥水牛年(1673年，清圣祖康熙十二年)，却英多吉回到拉萨。五世达赖喇嘛与之会见。双方消除敌对，达成和解。随后，却英多吉归楚布寺。翌年圆寂。
噶玛巴·红帽系第三世却贝耶协(1406—1452年)，西藏娘波地方人，父名桑珠，母名坝萨。出生仅五个月，执行噶玛巴·红帽系第二世喀居旺布遗嘱诸弟子，便找到并认定其为喀居旺布转世灵童。年甫周岁，即由温扎巴大师和喇嘛却让巴等人迎请至达孜南嘉岭寺供养，多次显露神通。例如，在峨普铺地方时，却贝耶协“实然去到众人难以攀登的岩窠中，请他回来时，未见他是怎样来的而突然来到。”再如，“示现通行墙壁而无阻碍，也说了许多神通预知的话。”(63)
稍长，却贝耶协在喇嘛却让巴座前听受《金刚亥母》、《佛海》、《黑棒护法》等灌顶修法，以及噶玛巴·黑帽系四世乳必多吉、喀居旺布诸师语教全集，如《那若六法》、《大手印》、《风心无二》、《大圆满》、《五次第》等教法导释和《密续论集》，又在温扎巴大师座前听受《密续十七心滴》等教法。
8岁那年，却贝耶协在工布与前藏交界处的邦垛地方，从德银协巴受优婆塞戒。继至达孜地方，以德银协巴为亲教师受出家戒，并在其座前闻习甚多灌顶、经教诵授和导释等。期间，明成祖朱棣遣使赐予“金刚持佛像、铃杵和坛板等物。”(64)
13岁，却贝耶协至涅波地方弘法，继对工布诸寺院作宏大增益事业，又在咱日扎喜郡地方修无量寿佛长寿法。其后，与黑帽系六世通瓦敦丹一起赴门喀扎西栋寺，圆满领受比丘戒。旋赴嘉措岗寺，从四论师日比热智精研《自生金刚全集》、《慈氏五论》、《中论》、《回诤论》、《六十如理论》、《七十空性论》诸经论。
藏历第七饶迥水牛年(1433年，明宣宗宣德八年)，却贝耶协相继巡游娘波、乍松、绛乃、玛察通、峨阿日汤、贡德、枳冬、布达等地弘法，一如喀居旺布圆寂前之授记：“后世现密行，遍游瑜伽土。”(65)继而，在喇嘛仁让巴座前听受《住山法类》等许多教法。尔后，转北道至楚布寺作广大供施，莅乃囊寺说法。在喇嘛岗巴旺秋绛曲座前听受《里古法类》、《察巴法类》和《垛哈》等教法后，朝礼拉萨，奉献供养并发广大宏愿。随后，转道娘波来到工布，从阿阇黎楚敦·却古仁钦听受《空行海灌顶》、《甚深内义》、《喜金刚二品续》、《威仪》等许多灌顶及讲释要法，与喇嘛耶协旺波互授各自所习教法。在堪钦·释迦扎巴座前听受《住山法类》以及希解派索穹·根顿拔系传承之诸多教法。其后，发掘大石矿，迎请诸方耆宿，修建噶丹玛摩寺。寺成，即安住于此，闭关、讲法，并与达隆法王绛曲嘉措互授各自传承之教法。
藏历第八饶迥水猴年(1452年，明代宗景泰三年)七月示寂时，出现许多希有瑞相(66)。
噶玛巴·红帽系第四世却扎耶协(1453—1524年，旧译“沙玛尔却扎巴”，刘立千先生新译为“却吉·扎巴耶协”)，康区哲雪梯地方人，父名敦贡巴嘉，母名扎萨索南卓玛。自幼从喇嘛本嘎瓦·绛伯让波、固实巴·班觉邓珠、阿阇黎绛曲巴诸师听受显教经论、密续灌顶及导修讲释等许多教法。10岁出家，受沙弥戒。继而，云游朵康各地，复自宗喀地方北上蒙古，“度化霍尔隆巴等人，并使其知道酒的大罪恶而戒酒；使其对僧众生恭敬心；使其依于正法；使其广作供施而决定勤求菩提。”(67)返回西藏后，却扎耶协又在工布及前藏各地活动。24岁受比丘戒。嗣后，为乃囊寺塑弥勒佛金像，于噶丹玛摩寺塑释迦牟尼佛金像，兴建隆智寺经堂及噶丹玛摩寺大佛殿。
帕木竹巴地方政权第十世第司贡玛阿格旺布去世时，其子阿旺扎西扎巴年仅3岁。却扎耶协谋任丹萨替寺京俄成功，遂与玛桑·措杰多吉(仁蚌巴·罗布桑布第四子、雅砻喀托宗宗本)联合代摄乃东王宫政务。期间，与仁蚌巴家族结下非同寻常之供施关系。
藏历第八饶迥铁狗年(1490年，明孝宗弘治三年)，却扎耶协得仁蚌巴·顿悦多吉(仁蚌巴·罗布桑布第三子、桑朱孜宗宗本)资助，在今当雄县西部羊八井地方兴建羊八井寺(其后，该寺即取代乃囊寺而成红帽系主寺)。仁蚌巴·顿悦多吉不仅为其出资建寺，寺成后，更“献寺庙属民，”(68)
据王森先生研究，“通过这一关系，噶玛派和仁蚌巴形成了利害与共的一个集团。”他们的矛头指向另一个集团，即帕竹与黄教(系指格鲁派。笔者曾多次深入藏地，走访各类藏人，他们对汉语中所谓“喇嘛教”、“红教”、“白教”、“花教”、“黄教”等等“俗称”相当反感，认为此类指称不仅不能反映藏传佛教特色，反而极容易误导受众)结成的集团。据说1481年仁蚌巴以武力击败帕木竹巴统治者，就是红帽系四世却扎耶协主谋的。到1498年，仁蚌巴的势力到达拉萨后，红帽系四世又主使仁蚌巴禁止哲蚌、色拉两寺的僧人参加一年一度的由宗喀巴大师创建的“神变祈愿大法会”，而“改由桑浦寺僧人或噶玛派僧人来主持法会”，并且规定：“凡是黄教僧人必须向他们遇到的任何噶玛派僧人致敬。”(69)
土观·罗桑却吉尼玛曾严厉谴责噶玛噶举部分掌教者未能安住于大手印境界行无分别行，未能“对于各教派一视同仁，远离爱憎”，而常常“心怀阴谋，肆意捣乱”(70)。其所指者，主要就是噶玛巴·红帽系四世却扎耶协，以及五世衮乔演拉(1525—1583年)、六世却吉旺秋(1584—1635年)三人。此三人均热衷政治权势。仁蚌巴家族动辄叛主作乱，渐失人臣之份，一步步蚕食帕木竹巴地方政权基业，可谓与此三人直接有关。噶玛巴·红帽系第六世却吉旺秋，更参与未获中央政府认可和支持的藏巴汗政权恶谋，引蒙古喀尔喀部却图汗派兵入藏，企图彻底消灭格鲁派；最后被唯利是图、反复无常的阿尔斯兰杀害。
噶玛噶举派除次第相承的黑帽系、红帽系两大活佛转世系统外，后来又有楚布寺“杰曹活佛”、乃囊寺“巴俄活佛”、德格八蚌寺“司徒活佛”等多个活佛转世系统(71)。
噶玛噶举各系历辈转世活佛，均有众多弟子。诸成就弟子，又各各开辟道场，分枝扬化。如是辗转相承，以致“藏地四方和中央，以及边远地区，无不遍布噶玛冈仓的法嗣和寺院。”(72)弥觉多吉、巴俄·祖拉程瓦等人住世时，可能是为随顺时代需要，“专重研究外明方面的学问”。其后，噶玛噶举诸传人竞相仿郊，“多沉迷于语言文字方面东西，以前的深修实证，善妙宗风，似乎都渐趋于式微了。”(73)
(2)帕竹噶举
自朗拉斯家族成员扎巴炯乃出任帕竹噶举主寺丹萨替寺第三代寺主(京俄)以降，该寺京俄一职遂为朗拉斯家族叔侄兄弟次第承袭。一度享誉雪域高原的帕竹噶举派，则逐渐退居为朗拉斯家族之陪衬。
明初，扎巴坚赞受封阐化王，朗拉斯家族步入鼎盛时期。雪域藏民，无不瞻仰。这一时期出任丹萨替寺京俄者，如索南扎巴、白丹桑布、索南桑布、索南坚赞等人，也颇有作为。其后，随着朗拉期家族内讧不断和帕木竹巴地方政权日趋衰败，帕竹噶举派影响益微，江河日下，竟至选不出教证俱佳、德高望重者担任主寺京俄，而不得不由噶玛巴·红帽系四世却扎耶协借任。言之，颇令人扼腕!
丹萨替寺第十一任京俄索南扎巴(1359—1408年)，系前任京俄泽细莎玛·扎巴绛曲(74)同父异母弟，本·仁钦多吉与二妻玛·仁钦措之子。9岁时，在居尼莎玛·扎巴协饶座前受优婆塞戒，并听受《诸法导释》。继后，依止萨迦派高僧喇嘛当巴索南坚赞贝桑布出家，闻习甚多教法。10岁，任泽当寺寺主。曾至拉萨，于众多善知识聚会中广转法轮。后从大译师绛曲孜摩、大堪布迅旺巴、阿阇黎楚嘉等人受比丘戒，发愤修行，证量殊胜(75)。
藏历第六饶迥铁鸡年(1381年，明太祖洪武十四年)，索南扎巴继任帕木竹巴地方政权第四任第司贡玛。五年后，升登丹萨替寺京俄法座。一任二十年，培育甚多徒众，“其讲、辩、著述极为渊博，令诸贤达心悦诚服。”(76)
藏历第七饶迥木鸡年(1405年，明成祖永乐三年)，索南扎巴交付寺务，自京俄一职卸任，一心专修。四年后示寂，享年50岁。
第十二任京俄白丹桑布(1383—1407年)，系索南扎巴堂弟，本·释迦仁钦与思纳仁钦仲第四子。年甫三岁，即在丹萨替寺第十任京俄泽细莎玛·扎巴绛曲座前受优婆塞戒，赐法名白丹桑布。9岁，学习《喜金刚二品续》。10岁，听受《诸法导释》，并从堪钦扎朵瓦和阿阇黎细哇伯出家，赐法名扎巴洛卓。14岁，莅泽当寺讲说《喜金刚二品续》。21岁闭关静修，翌年受比丘戒。
藏历第七饶迥木鸡年(1405年，明成祖永乐三年)，白丹桑布接替索南扎巴出任丹萨替寺京俄，并从喇钦仁迅巴圆满听受噶举派诸教授。火猪年(1407年，明成祖永乐五年)十月二十五日逝世，年仅25岁。
第十三任京俄索南桑布(1380—1416年)，系白丹桑布胞兄，本·释迦仁钦与思纳仁钦仲第三子。先是在丹萨替寺第十任京俄泽细莎玛·扎巴绛曲座前求得优婆塞戒，继在第十一任京俄索南扎巴座前求得许多法门导释。然后从堪钦扎朵瓦和阿阇黎楚嘉哇出家，精研《喜金刚二品续》。
藏历第七饶迥土鼠年(1408年，明成祖永乐六年)，索南桑布出任丹萨替寺京俄。复依止喇钦仁迅巴听受噶举派《诸法导释》。后在扎喜多喀，从宗喀巴大师及堪钦嘉让巴、班智达衮噶绛曲诸师受比丘戒。第七饶迥火猴年(1416年，明成祖永乐十四年)十二月二十八日逝世，享年37岁(77)。
第十四任京俄索南坚赞(1386—1434年)，系索南桑布胞弟，本·释迦仁钦与思纳仁钦仲第五子。自幼敏慧出众，富有同情心，见他人受苦，便油然悲哀堕泪。年甫六岁，即在堪钦森洛瓦座前听受《红色阎曼德迦灌顶》。7岁，精研《喜金刚二品续》，并从堪钦扎朵瓦、阿阇黎细哇伯诸师出家。其后，陆续依止索南扎巴、索南桑布、霞鲁派大德扎巴绛曲仁波切、格鲁派创始人宗喀巴大师、噶玛巴·黑帽系第五世德银协巴等多位善知识，系统闻习马头金刚、金刚鬘、喜金刚、金刚亥母、时轮金刚等诸多密续教授，领受甚多灌顶法门。复从阿阇黎协邓巴研习《量释论》，究竟通达。随后至恩达地方住山静修三年，“为使身体端直，以绳系发拴绳于梁上而安住。这样一心专修，腰部屡次生疮，也不顾而勤修，终获得最善清净三摩地生起。”(78)如是勇猛精进，直至有一天，“顿然生起等同虚空般的大手印通达，而对过去所学的一切经教也一阅而皆通晓。”(79)
藏历第七饶迥火鸡年(1417年，明成祖永乐十五年)，证达无碍、无论何时何地均安住于大手印境界的索南坚赞，应请出任丹萨替寺京俄。上任伊始，即立下如金犁般沉重之寺规，令诸三藏法师敬畏有加；一切人等，不敢有违；而住山专修者，则无不额首称善。其后，索南坚赞往来丹萨替与泽当两寺弘法，后又应请主持达隆寺法座，广传《大手印导释》，并“将旧传《六法》教授与宗喀巴大师所认可的新传《六法》教授二者融会一起，根据《笃哈藏》与《五次第》造《大乐明朗千光》的引导文，此为实修人最所需要之著作。”(80)
藏历第七饶迥木虎年(1434年，明宣宗宣德九年)正月二十一日，索南坚赞在丹萨替寺示寂。时任帕竹第司贡玛者，为其侄子扎巴炯乃(索南坚赞幼弟仲·桑结坚赞长子)；他不顾时局动荡，投入巨大财力，为建大银塔，安奉灵骨，以示崇敬。
此后二十年，丹萨替寺京俄一职一直虚悬，无人主持!直至藏历第八饶迥木狗年(1454年，明代宗景泰五年)十一月初一日，时任帕竹第司贡玛的衮嘎勒巴(仲·桑结坚赞次子，扎巴炯乃之弟，《明英宗实录》与《明宪宗实录》作“公葛列思巴中奈领占坚参巴儿藏卜”、“昆葛列思巴中耐坚参巴参卜”)与其父仲·桑结坚赞(扎巴炯乃去世后，明延准其“借袭”阐化工)会商后，推举年仅16岁的阿格旺布(扎巴炯乃之子，《明孝宗实录》作“班阿古汪束扎巴”)升登京俄宝座(是为丹萨替寺第十五任京俄)。
四年后，衮嘎勒巴以南北“时局不宁”(82)为由，赶走阿格旺布，自己兼任京俄(是为第十六任)。据五世达赖喇嘛言，衮嘎勒巴“虽为修证颇高，已得成道自在，但凡俗世人目中，则见其所示迹相，颇为荒诞。”(83)特别是巡视后藏期间，仁蚌巴·罗布桑布对之侍奉唯谨，然衮嘎勒巴却一味表露极大不满，复对噶细巴昆仲言听计从，结果导致夫妻反目(其妻达莫哇为仁蚌巴家族女子)。其后，亚郊、贡噶、甲瓦、桑朱孜诸宗第巴(宗本)与仁蚌巴家族党于达莫哇，乃东、沃喀、甘丹等宗第巴(宗本)则党于衮嘎勒巴，纷乱频起。
藏历第八饶迥水蛇年(1473年，明宪宗成化九年)，阿格旺布重登丹萨替寺京俄法座(是为第十七任)。至铁牛年(1481年，明宪宗成化十七年)，仁蚌巴家族玛桑·措杰多吉、顿悦多吉两兄弟以及琼结巴·霍尔·才旺朗杰、霍尔·仁钦杰乔、内邬巴·班九杰布、亚郊巴·仁钦杰布、加尔瓦·扎西达吉诸实权人物，联合逼迫衮嘎勒巴退位，迎请阿格旺布至乃东王宫，以京俄身份兼任帕竹第司贡玛。在位期间，阿格旺布竭力“秉承父祖之贤明规范行事，且使其愈增明亮，如上弦月。”(84)两年后，衮嘎勒巴去世。朗拉斯家族承祧者，便仅余阿格旺布一人。是故，上述诸大臣殷切恳求其还俗，娶妻生子。阿格旺布勉从众请。
阿格旺布逝世后，噶玛巴·红帽系四世却扎耶协继任丹萨替寺京俄(是为第十八任)。其后，依次为：第十九任阿旺扎西扎巴(阿格旺布长子，《明孝宗实录》作“阿汪扎失扎巴坚参巴班藏卜)、第二十任扎巴炯乃(又译扎炯哇，阿旺扎西扎巴次子)。扎巴炯乃患有足疾，行动不便，故“一心只以观修甚深次第作为首务，尤对修阎摩王法类及鸦面明王法，颇得应验。”(85)时有第巴沃卡瓦·彭措饶丹(其先祖仲钦·扎西坚赞，被大司徒绛曲坚赞任命为沃卡宗宗本；其辖区后来成为该家族世袭领地；地在今桑日县境内沃卡河谷，清书作“鄂噶”、“翁噶”等)，为窃夺丹萨替寺供产庄田，累作悖逆之行。扎巴炯乃遂施猛利咒法。不久，沃卡瓦·彭措饶丹被流石击中。当其下堕之时，丹萨替寺僧俗人等，“均见天空有一乌鸦，用啄断其手，衔之飞翔而去。”(86)
扎巴炯乃之后，因帕木竹巴地方政权被藏巴汗政权僭夺篡代，本来就处于陪衬地位的帕竹噶举，影响更趋式微。故丹萨替寺京俄传承情况，便不再见诸史籍。
(3)止贡噶举
止贡噶举派，自炯仁波切·多吉扎巴出任主寺止贡替寺第五代寺主起，便与“居热”氏家族完全合流(87)。元末明初主持法座者，为第十一代寺主业尼仁波切·却季杰布(多吉坚赞第三子)。其后历任寺主依次为：
第十二代，顿珠杰布(1345—1415年，多古坚赞第四子，业尼仁波切·却季杰布幼弟，一说其生年为1357年)，自藏历第七饶迥木猪年(1395年，明太祖洪武二十八年)至水龙年(1412年，明成祖永乐十年)任寺主。自顿珠杰布在位时起，止贡派内讧不断，“讲听佛法的事业难以得到发展，除了一些经藏义现得以传播外，直贡派的密法基本上失传。”(88)
第十三代，王·仁钦白季坚赞(89)，自藏历第七饶迥水龙年(1412年，明成祖永乐十年)至铁狗年(1430年，明宣宗宣德五年)任寺主。永乐十一年(1413年)被明成祖朱棣赐封为“阐教王”，准予世袭。其后，王·仁钦白季坚赞以寺主身份兼任止贡贡巴(止贡派管理领地行政事务之长官)，总揽政教二权。但是，《直贡法嗣》(此书有些地方与史实明显有出入，而且，很多记载自相矛盾)作者直贡·丹增白玛坚参却说：仁钦白季坚赞早年担任止贡贡巴，掌管止贡政务，娶“闷雷白珍”为妻，生子仁钦白桑。后领兵打仗，目睹战死者之惨状而猛省，舍弃贡巴一职，到父亲座前出家。嗣后，不顾众人劝阻，闭关十一年，一心修证生圆二次第甚深瑜伽，证得长生不死。因众人苦苦哀求，不得已出任止贡寺主，仅一个半月后，就悄然逃往五台山，再也没回西藏(90)。
第十四代，却杰·仁钦白桑(1421—1469年，王·仁钦白季坚赞之子，《明史》作“绰儿加监巴领占”)，明宣宗宣德六年(1431年)袭封“阐教王”。自藏历第七饶迥木兔年(1435年，明宣宗宣德十年)至第八饶迥土牛年(1469年，明宪宗成化五年)任寺主，亦以寺主身份兼任止贡贡巴。
第十五代，仁钦曲吉坚赞(1449—1484年，却杰·仁钦白桑次子，母名索朗卓玛)，20岁出家，父亲去世后又还俗，娶达孜宗宗本桑珠之女仁钦白姆为妻，生仁钦朗杰、杰旺衮噶仁钦、曲吉杰布丹巴坚赞三子和一女卓沃卓玛。自藏历第八饶迥铁虎年(1470年，明宪宗成化六年)至木龙年(1484年，明宪宗成化二十年)任寺主。
仁钦曲吉坚赞虽于其父去世后继任止贡替寺寺主，但袭封“阐教王”者，则是其同父异母兄长王·仁钦曲吉杰布(1448—1504年，却杰·仁钦白桑长子，其母为阿里公主曲杰桑姆)，《明史》作“领占叭儿结坚参”。仁钦曲吉杰布从13岁起即以中兴止贡派实修教法为己重任。为此，抛弃虚荣，置世间八法于不顾，从多位阿阇黎学习噶举教法，听受卢伊巴、黑行派、铃派三大传规之吉祥胜乐金刚成熟灌顶，以及时轮金刚教授、集密续注疏等无上瑜伽部甚深密法，特别是不顾本派众人反对，迎请、侍奉达隆寺第十二代寺主达隆巴·阿旺扎巴贝桑布，从其广学“敬信命轮、大手印五具、那若六法和三世怙主的甚深法要，大乘佛法心要、正法一密意趣、达布噶举诸师文集、印藏诸贤哲传记，以及甘珠尔、丹珠尔等”。其后，持守隐修者戒行，专志修证密法，终于使得“了义精要之直贡教法又圆满完足。”晚年，又将止贡噶举一切实修教法以及续部教法、显密论典等甚深义理全部传授给侄子杰旺衮噶仁钦(91)。
第十六代，杰旺衮噶仁钦(1475—1527年，仁钦曲吉坚赞次子，法名“衮噶仁钦曲吉坚赞贝桑布”)，曾袭封“阐教王”，《明史》记为“领占坚参叭儿藏卜”。11岁开始依止伯父仁钦曲吉杰布学习止贡噶举教法。17岁出家，20岁受比丘戒。自藏历第八饶迥木虎年(1494年，明孝宗弘治七年)至第九饶迥火猪年(1527年，明世宗嘉靖六年)任寺主。在位期间，重建止贡派所传续部仪轨；召集四百余名缮写人员，用金汁、银汁缮写佛说宝经，将雪域所译全部佛经及注释论典造成卷帙。但与此同时，又多次支持止贡贡巴衮布坚赞兴兵作乱，挑起止贡派与帕竹噶举派、止贡派与格鲁派之间的矛盾乃至战争，以武力强迫格鲁派诸寺改宗止贡派。
第十七代，仁钦平措曲吉杰布(1509—1559年，杰旺衮噶仁钦之侄)，父亲曲吉杰布丹巴坚赞，母亲索朗卓玛。8岁出家，先从噶玛巴·红帽系第四世却扎耶协听受密宗灌顶、随许及噶玛噶举红帽系、黑帽系历辈祖师所传教授，后又在杰旺衮噶仁钦座前学习止贡噶举教法。20岁受比丘戒。24岁袭封“阐教王”。自藏历第九饶迥土鼠年(1528年，明世宗嘉靖七年)至木马年(1534年，明世宗嘉靖十三年)任寺主。从他开始，止贡噶举掌教者兼修宁玛派伏藏法，力图将噶举派与宁玛派两大教流合而为一。其殊胜弟子却吉扎巴，更成为宁玛派大持咒师，曾受达赖喇嘛高度赞扬。
第十八代，仁钦朗杰曲吉扎巴坚赞(1519—1576年，仁钦平措曲吉杰布之侄)，父名绛巴曲吉坚赞雷丹仁钦桑布(仁钦曲吉坚赞长子仁钦朗杰所生之子)，母名索朗卓玛。10岁出家，相继从仁钦平措曲吉杰布、噶玛巴·黑帽系第八世弥觉多吉听受吉祥胜乐金刚、至尊金刚瑜伽母、深奥妙道那若六法等无上密法之灌顶和修习传承，复从伏藏师喜波林巴等人学习宁玛派教法。藏历第九饶迥木马年(1534年，明世宗嘉靖十三年)，遵仁钦平措曲吉杰布之命，接任止贡替寺寺主。
第十九代，班钦·索朗白吉加措(1527—1570年，仁钦朗杰曲吉扎巴坚赞胞弟)，7岁从仁钦平措曲吉杰布出家，18岁受比丘戒。相继修习大手印五具、甚深妙道那若六法、大乘佛法心要、正法一密意趣、敬信命轮之灌顶教导、正法极深密意等止贡派总法库。藏历第九饶迥木牛年(1565年，明世宗嘉靖四十四年)五月，遵兄长仁钦朗杰曲吉扎巴坚赞之命，出任止贡替寺寺主，直至逝世。
第二十代，乔烈朗杰，生卒年不详，乃父为仁钦朗杰曲吉扎巴坚赞胞弟、班钦·索朗白吉加措之兄。乔烈朗杰在叔父班钦·索朗白吉加措圆寂后，继任止贡替寺寺主。年仅23岁即去世。
乔烈朗杰之子晓仲珠龙巴(又作“晓仲米旁·仁钦曲杰”)曾一度“兼管政教”(92)。但他“竟把噶举教授放置不修，却专门去修宁玛的铁蝎诛法”，并公开与格鲁派为敌，企图用咒术伤害三世达赖喇嘛索南嘉措。后者不得不为此“闭关七日”，专修“大威德猛利幻轮法”对治(93)。此后，止贡噶举教法再现衰势。
第二十一代，曲杰平措扎西(1547—1602年，仁钦朗杰曲吉扎巴坚赞之子)，自藏历第十饶迥铁羊年(1571年，明穆宗隆庆五年)至水虎年(1602年，明神宗万历三十年)任寺主。
第二十二代，那若尼巴·扎西平措扎巴坚赞(1574—1628年，曲杰平措扎西长子)，自藏历第十饶迥水兔年(1603年，明神宗万历三十一年)至木兔年(1615年，明神宗万历四十三年)任寺主。
第二十三代，贡觉仁钦(1590—1654年，曲杰平措扎西三子)，9岁出家，从父兄听受八大法行善逝集大灌顶、吉祥胜乐金刚灌顶、正法一密意趣、甚深妙道那若六法等密法，以及喜金刚、阎罗铁蝎等许多教诫。19岁受比丘戒。藏历第十饶迥木兔年(1615年，明神宗万历四十三年)，遵兄长那若尼巴·扎西平措扎巴坚赞之命，继任止贡替寺寺主。
(4)达隆噶举
素以严持戒律、注重实修著称的达隆噶举派，自桑结温·扎巴贝走朵康创建类乌齐寺以降，即分成亚塘(以达隆寺为主寺)、玛塘(以类乌齐寺为主寺)两支法脉，其支寺与法嗣，广布卫藏朵康。入明后，仍代有学行兼优之贤哲大德应世。
例如，达隆寺第九代寺主扎喜贝孜(1359—1424年)，父名衮嘎协业，母名绛伯吉。达隆寺第七代寺主热达纳噶惹初次相见，即以手杖作加持，并预言：“此子将成为无量众生的应供处。”(94)6岁开始学习诵读。11岁，值遇持戒极严、神通自在之阿阇黎仁钦贝，依止座前，听受三种续部教授。17岁，从达隆寺第八代寺主衮邦朗喀仁钦贝桑布出家，赐法名扎喜贝孜·尼玛旺波松尾果洽(意为吉祥积日王护铠)，并在其座前闻习《时轮灌顶》、《那若六法》、《大手印》、《六支瑜伽导释》等法。依教修行，生起不可思议“拙火定”暖相，启开诸多三摩地门。复又求得各种传规之《六支瑜伽》，以及《发菩提心仪轨》、《修心七义论》、《红阎摩极无戏论》、《道果》、《断境》、《集密五次第导释》等许多教法。
18岁时，扎喜贝孜受上师衮邦朗喀仁钦贝桑布嘱托，继任达隆寺寺主。20岁，以大译师绛哲为亲教师、译师扎巴坚赞为阿阇黎、译师朗喀桑波为屏教师，受比丘戒，从学《时轮圆满灌顶》、《纳波巴传规胜乐法类》、《无量寿灌顶》、《集密直观教导》、《喜金刚》、《时轮续释》、《胜义念修》、《心部释义》、《堆夏耳传法》、《四种明灯论》、《智慧眼修法》、《明修法》、《时轮后续》、《六支瑜伽》、《噶当道次第》等无量教法，并朝礼拉萨，在大昭寺释迦牟尼佛像前呈献盛大供养。
藏历第六饶迥土羊年(1379年，明太祖洪武十二年)，衮邦朗喀仁钦贝桑布圆寂。扎喜贝孜为师尊成办善后诸事务，建造银质灵骨塔、大佛像和许多经卷。继而，于达隆寺开设多种导释讲座，广转法轮，“一切行动都追踪于先德之后。以此他的美誉名声遍布于一切方隅。”(95)
为了宏昌佛教，特别是为了圆满上师衮邦朗喀仁钦贝桑布遗愿，扎喜贝孜于前后藏所有寺院广作供僧善举。嗣后，闭关精修四年，定力大增。出关后，又从法王衮扎巴听受《无我佛母十五尊灌顶》，与及《道果》、《里古法类》等许多教法。晚年，因患心疾，卸去寺务，委任法王绛曲嘉措(1403—1448年)主持(是为达隆寺第十代寺主。在任七年后辞职，周游卫藏各地作利他事业，教化无量众生，后在朵康示寂。其后继任者为第十一代扎喜贝峨巴)。圆寂后，荼毗“发现右旋螺四只，留下心脏和许多舍利，遗体焚烟所遍布之处天雨四瓣瑞花，花心为舍利而下降，诸僧众的茶碗中也落下许多花雨舍利。”(96)
又如，达隆寺第十二代寺主达隆巴·阿旺扎巴贝桑布(1418—1473年)，一生依止众多善知识，听受波罗蜜多乘和秘密金刚乘无量教法，复精研修派传承之诸多教授，并住山专修。其教证功德之高，令“卫藏有声威者莫不敬仰。”(97)
藏历第八饶迥铁蛇年(1461年，明英宗天顺五年)，达隆巴·阿旺扎巴贝桑布出任达隆寺第十二代寺主。其后，矢志中兴达隆噶举教法，于本派及止贡派之法统延续，功劳极大。故《青史》有如是评价：“此师的内证通达和一切修持是无与伦比的；对大寺的一切承事服役也是殊胜卓越的；对僧伽大众也作出宏大的事业。属于达隆汤巴的世法事务也是这位法王在位时发扬光大的；玛根绛疆土以上的一切事务，都是在他的威光镇慑下而成功的；一切三藏法师来到他的座前都感觉他那深不可测的智慧而生畏怯；以他的现今行事作风来说是贤善的；他的内外一切财富受用来说是遍满充实的；以他建造大佛像和广大的供施等事业来说是不可思议的。”(98)
(5)主巴噶举
早在宋元时期，主巴噶举上、中、下三系法嗣即已广遍卫藏，所谓：“藏人半为主巴，主巴半为乞士，乞士半得成就。”或云：“上主(巴)如天上星辰，下主(巴)如地上草木。”(99)
朱明一朝，三系法统传承相继未替，宗规兴盛；哲人伟士，奇踪异行，后前错出，照映今古(100)。其中，勤奋修习、证量殊胜、德腊俱高的鲍热瓦·坚赞白桑大师，在后藏普章冈附近地方创建鲍热扎噶寺，钩深颐远，挥扫偏邪；后又往不丹行化。越山而至、受法而去之学者，不可胜数。精入三藏、博达群书、该练诸宗、戒行谨严的沙布隆·阿旺朗杰尊者，因广造《教法源流希有海史》等伸释氏真慈之甚多著作而名扬雪域，后亦远走不丹，开出南主巴支系法脉，对不丹王室及拉达克王室均造成深刻影响。
4.觉囊派
觉囊派在笃补巴·协饶坚赞弟子乔勒南杰(1306—1386年)等一辈人去世后，便盛极而衰；然其教法传承并未中断。乔勒南杰之后，相继主持觉囊寺法座者，如娘温贡噶贝、珠钦·贡噶洛追、绛央·贡却桑波、南喀曲窘、班钦·南喀巴桑、大译师仁特那跋陀罗、堪钦·隆热嘉措以及多罗那他诸师，均属聪颖敏慧、博通显密、不恋世荣、矢志修行、努力拓展讲修事业之掌教大德。
其中，娘温贡噶贝晚年创建孜钦寺，广转讲、辩、著清净三法轮；遐迩学子，如云归岫。格鲁派创始人宗喀巴大师亦曾入该寺，听讲《现观庄严论》等经论，并从娘温贡噶贝学习觉囊教法和六支瑜伽。
绛央·贡却桑波任觉囊寺堪布期间，曾受江孜法王热丹贡桑帕巴供养与邀请，莅江孜白居寺弘法，并在寺内创建觉囊派扎仓，后又出任白居寺及孜钦寺堪布。
大译师仁特那跋陀罗亦先后兴建多格曼当、日吾止增等多所寺院，建立讲规，护持教法(101)。
多罗那他(1575—1635年)，本名贡噶宁布，卫藏交界之处卡热章地方人，父名南杰平措，母名多杰布噶拉姆。相传，其为觉囊派喇嘛巴丹·贡噶周却(大译师仁特那跋陀罗心传弟子)转世灵童，出生时伴有群花竞放、鸟雀齐鸣等种种奇异瑞兆；而他自己，则“被包在颜色像五色彩虹的肚子一样的东西里，将其破开后里面是一个婴儿，身上的皮肤有血脂明点若系有黄丹色的梵绳，手足上有法轮之相，身上发出藏红花的芳香。婴儿睁眼观看各方，口诵三遍松跋里咒语”(102)。一岁能言，开口便道：“我是喇嘛贡噶周却”，并准确无误地列举了前世之施主、僧院、神衣、三所依等。众人无不惊奇骇异。
4岁时，被堪钦·隆热嘉措迎入曲隆绛孜寺，举行坐床大典。8岁出家，取法名贡噶宁布扎西坚赞；印度善知识杂拉那塔复于净相中赐名多罗那他(意为“救度怙主”)。嗣后十余年，多罗那他从众多印藏大德广学显密教法，听受觉囊派以及萨迦、噶举、霞鲁诸派所传之甚深教授：“依止克却强巴伦珠闻习显密经论，得到了智者的学识；从多仁贡噶坚赞闻习以道果为主的多至不可思议的灌顶教诫；从扎堆却古拉旺扎巴闻习以那饶(若)六法、大手印为主的一切无量口诀，现观开悟了内甚深道，获得了金刚十二地智慧，即成就自在之位；从杰仲更噶巴桑学习时轮和怙主教诫，被委任为觉囊(派)寺住持。堪布隆热嘉措给他传授了时轮灌顶、《时轮续》、《注释续》、《口诀》、六支瑜伽的加持义传承，他深领诸义，证悟究竟。闻习觉囊派教法后开始钻研布顿派教法，闻习了各大上师的著作、印度文古书、更钦笃补巴全集，以及多种教诫论著。从克珠桑杰益希、持金刚益希旺波等著名学者是闻习萨迦、觉囊、香巴噶居、夏鲁、主巴噶居、达隆噶居等教派的教法和四续部一切灌顶教理、口诀；跟从印度大成就师格茹洛学巴桑杰贝巴贡波闻习了密乘续部生圆二次第全部灌顶，讲授了以前西藏没有的五百余部密乘无上瑜伽部中的发菩提心方面的教法”(103)，等等；复向印度数名瑜伽师求授甚深妙法与及内外明处、声明学等，熟习一切密意，深领全义；潜心修持，证悟殊胜。
20岁，多罗那他以持律师贡噶坚赞为亲教师、强巴伦珠为轨范师、杰仲更噶巴桑等为羯摩师和补缺师，圆满领受比丘戒。
翌年，正式出任觉囊寺堪布，创立一年一度之吉祥时轮修供法会，讲授《时轮根本略续》；为各修行院数百位僧人传授十一面观世音菩萨圆满灌顶；修缮十万大佛塔。
其后，多罗那他在觉囊寺定期传授教诫的同时，先后莅热振寺建立法缘，以梵语和藏语两种语言讲授《黑阎魔德迦续》；至香巴噶举主寺桑顶寺弘传时轮教法；为康区壤塘寺僧人传授六支瑜伽灌顶教诫。
辛厦巴家族迅速崛起之时，噶玛·彭措朗杰向多罗那他“敬献了寺院庄园和寺属百姓”(104)。藏历第十饶迥木兔年(1615年，明神宗万历四十三年)春，多罗那他在今拉孜县境内、觉囊寺附近创建“达丹丹曲林了义欢喜乐园”，简称“达丹丹曲林寺”(后被五世达赖喇嘛易名为“达丹彭措林寺”)，该年“阴历二月十一日举行盛大镇压地煞仪式，三月八日，规画尺度，举行正式地仪式，善相无量。之后，建立作坊，修建了二十余间经堂、一百间僧舍及围墙，用金铜铸造了内供三所依、大型七世佛像，以及尺寸稍小于七世佛像的饰有各种珠宝的无量寿佛像、度母像、大佛母像和布禄金刚像，用金铜铸造了大型胜乐本尊全身像。另外，建造了如来八塔、无触塔或《时轮》所说的佛塔，各以金、铜珠宝镶嵌，造型庄严，工艺精湛。无量光佛金像约一层楼高”(105)。经堂七世佛像建成后的首次开光仪式上，藏巴汗噶玛·彭措朗杰特地从前藏赶来，授予多罗那他一枚“羊脂玉的印”；同时，赐给其管家更噶巴桑“一枚红檀香木花押印。”(106)
王森、德勒格、唐景福、杨贵明、马吉祥、王辅仁、陈庆英诸位先生都认为，多罗那他于创建达丹丹曲林寺后不久，即应请赴漠北蒙古喀尔喀部传法，前后约二十年，被各部王公尊称为“哲布尊丹巴”(意为“尊胜”、“圣光明者”)。并于明思宗崇祯八年(1635年，一说1634年)在蒙古圆寂。翌年，蒙古土谢图汗衮布多尔吉适得一子(名札那巴札尔)。喀尔喀部王公贵族一致认定其为多罗那他转世灵童，拥立其为一世哲布尊丹巴。札那巴札尔5岁出家，取法名罗桑丹贝坚赞。15岁赴西藏学法。藏历第十一饶迥火鸡年(1657年，清世祖顺治十四年)离开拉萨启程返回喀尔喀部前夕，罗桑丹贝坚赞接受五世达赖喇嘛意见，改宗格鲁教法；结果获五世达赖喇嘛授予“哲布尊丹巴呼图克图”名号及黄伞盖一顶(107)。
但是，阿旺洛追扎巴(觉囊派法王)所著之《觉囊派教法史》以及《多罗那他自传》二书，对上列诸位学者言之凿凿之“史实”，却只字未提!如果多罗那他确曾赴蒙古弘法，时间又长达二十年(而非易被疏忽、忘却之二十天或二十小时)，并因事业显赫而被蒙古人尊为“哲布尊丹巴”，则其《自传》以及《觉囊派教法史》却将此段辉煌历程略而不提，岂非咄咄怪事?!故笔者认为，上述“史实”，实有待重新审视与考订。
多罗那他学贯三藏，著述甚丰，据《藏文典籍要目》载，计有十八函二百七十种。除《印度佛教史》、《时轮源流》及各大班智达传记多部外，“显教经典注释方面有《般若波罗蜜多心经释》、《普贤经释》等，大乘中观他空见与教派方面多部，《时轮》、《胜乐》、《集密》、《大威德》等密乘续部仪轨著作多部；《时轮》、《胜乐》、《集密》生圆二次第法注释等密乘经典注释方面多部，以及《佛陀赞》、《资粮》、《祈愿》等”(108)。
多罗那他主持觉囊寺法座达四十年之久，育人无数。在其圆寂后执掌觉囊派教法之桑杰嘉措、克旺·益希嘉措、堪钦·贡噶仁钦嘉措、岗波仁波切、曲杰阿旺巴、曲吾穷哇仁波切、堪钦·贡噶扎西坚赞、阿格旺波、曲杰仁顶巴、夏尔钦巴、曲杰拉欧巴、强巴云丹贡波、阿旺更噶索南、更噶成勒旺姆等人，均系在其刀尺下裁成培就之翘楚。
其中，继承多罗那他法位之心传弟子堪钦·贡噶仁钦嘉措，为第巴纳塘巴之子，早年从多罗那他出家，在其座前系统闻习甚深道金刚瑜伽灌顶传承及口诀，复求授显密多种教法，熟记所授一切密意。进而通过刻苦修行，宿慧醒悟，智慧圆满。师尊圆寂后，贡噶仁钦嘉措出任觉囊寺及达丹丹曲林寺堪布，“在任职的十五年当中平等护持讲经院和修行院。晚年，居住密乘日吾德庆寺，发展觉囊派讲修事业”(109)。其亲炙弟子克珠·洛追南杰、安多·更噶巴桑等人，于觉囊教法传播，亦建树良多。
觉囊派在康区的弘传，始于仲·仁特那室利(又名仲·噶细仁钦贝)。他生于四川西部嘉摩擦瓦绒地方，出家后赴觉囊寺，从笃补巴·协饶竖赞和乔勒南杰师徒闻习甚深显密教法。学成返回康区后，遵笃补巴·协饶竖赞预记，于藏历第六饶迥木蛇年(1365年)创建壤塘三大寺之一的曲杰寺(寺在今四川阿坝藏族羌族自治州西北部壤塘县境内)。不久，云衲四来。仲·仁特那室利遂订定讲修善规，广传觉囊派教法，“以无量息、增、怀、伏所化之业，教化边区一些难以教化的粗野的有情众生，引导进入了义密乘法门，广利教法及众生，使佛教弘扬，众生幸福。”(110)复开启壤塘大寺“曲杰活佛”世系——朱明一代，该系共历曲杰·嘉哇桑波、曲杰·嘉畦僧格·班觉桑波、仁辛巴·协敖章松、曲杰·洛卡哇·扎巴俄色四辈活佛。
曲杰·嘉哇桑波(1419—1482年)，四川西部嘉绒藏区雅雪巴姆宗巴地方人。8岁入壤塘寺出家，学经修行。先后兴建多处修行胜幢，广作利教益民事业。因成就卓著、声名远扬而被朝廷赐封为“善悟灌顶国师”。
曲杰·嘉哇僧格·班觉桑波(1508—1580年)，四川嘉绒藏区宗木隆地方人，父名贡却嘉哇欧色，母名巴杰卓玛。13岁时被认定为曲杰·嘉哇桑波转世灵童，迎至壤塘泽布基寺，从壤塘大寺堪布贡却坚赞出家，取法名“班觉桑波”。随后闭关静修。出关后，从甲杜·协饶坚赞、坚赞僧格诸位大德闻习显密经教及各种灌顶教诫。23岁，重回壤塘大寺，受比丘戒；复从仁特那格尔圆满闻习灌顶传承，生起殊胜证悟。嗣后，开始摄授徒众，为数千位僧人“广转显密、续部及时轮讲修、辩、闻、著、灌顶传承等适合于每位徒子的甚深法轮，把他们安置于成熟解脱的善道上”(111)。由此，声名大振，被蒙古永谢布部汗王及云南丽江、四川小金部等首领尊为政教共主；更于嘉靖二十九年(1550年)被明廷赐封为“大善法王”。其后，曲杰·嘉哇僧格·班觉桑波一面向众弟子传授适合各个机缘之甚深法要，一面陆续兴建壤塘大寺之“分寺一百一十三所，佛塔一百一十三座。”(112)将觉囊一派在康区的事业与影响推向了鼎盛。
仁辛巴·协敖章松(1588—1615年)，西藏日喀则仁辛地方人，16岁时被认定为曲杰·嘉哇僧格·班觉桑波转世灵童。藏巴汗噶玛·彭措朗杰随后封其为“多康法王”。然因其出生于苯教徒家庭，故多罗那他明确告诫前来迎请其去壤塘寺坐床之康区僧俗：“即使是也对壤塘寺没有益处。”(113)结果如所授记，仁辛巴·协敖章松在赴康区途中，病逝于吉雪扎噶尔地方。
曲杰·洛卡哇·扎巴俄色，生卒年不详，西藏洛扎人。早年被认定为仁辛巴·协敖章松转世灵童，迎至壤塘寺坐床，从曲杰仁钦出家并系统学习觉囊派教法，“实践时轮六支瑜伽，多作念静修，证悟广大。”(114)后仿照觉囊寺十万佛塔，营造大佛塔，修缮失毁诸寺，并“以威力消灭了教敌，利教利民。”(115)
① [明]廓诺·迅努伯：《青史》，第132页。
② 详见[明]阿旺贡噶索南：《萨迦世系史》，陈庆英等译注，拉萨：西藏人民出版社，1989年，第180—187页。
③ 详见[明]阿旺贡噶索南：《萨迦世系史》，第187—225页。
④ 详见[明]阿旺贡噶索南：《萨迦世系史》，第228—249页。
⑤ 详见[靖]贡嘎罗追：《萨迦世系史续编》，王玉平译，拉萨：西藏人民出版社，2002年，第2—31页。
⑥详见[明]阿旺贡噶索南：《萨迦世系史》，第261—371页；[清]贡嘎罗追：《萨迦世系史续编》，第120—170页。
⑦⑧ [明]阿旺贡噶索南：《萨迦世系史》，第232、234页。
⑨(10)(11)(12)(13) [明]阿旺贡噶索南：《萨迦世系史》，第234—235、234、237、237、237页。
(14) 《明太宗实录》卷一百四十，永乐十一年五月辛巳条。
(15)(16)(17)(19) [明]阿旺贡噶索南：《萨迦世系史》，第238、238—239页。
(18)(20)《明史》卷三百三十一《西域传》三。
(21) 详见[明]阿旺贡噶索南：《萨迦世系史》，第284—322页。
(22)(23)(24) [清]土观·罗桑却吉尼玛：《土观宗派源流》，第102、102、103页。
(25)(26) [清]土观·罗桑却吉尼玛：《土观宗派源流》，第103、101页。
(27)(28) 详见[清]土观·罗桑却吉尼玛：《土观宗派源流》，第102、103页。
(29)(30) [清]土观·罗桑却吉尼玛：《土观宗派源流》，第103、103—104页。
(31) 参阅[清]五世达赖喇嘛：《西藏王臣记》，第117页。
(32)(33)(34) [清]土观·罗桑却吉尼玛：《土观宗派源流》，第104、104、105页。
(35) 详见[明]廓诺·迅鲁伯：《青史》，第301—302页。
(36) [明]廓诺·迅鲁伯：《青史》，第302页。
(37)(38)(39) 《明史》卷三百三十一《西域传》三。
(40)(42) 《明史》卷三百三十一《西域传》三。
(41) 王森：《西藏佛教发展史略》，第108页。
(42)(43)(44)(45) [明]廓诺·迅鲁伯：《青史》，第302、302—303、303—305、303页。
(46)(47) 详见[明]廓诺·迅鲁伯：《青史》，第305—306、306页
(48) 参阅中国藏学研究中心等：《元以来西藏地方与中央政府关系档案史料汇编》，北京：中国藏学出版社，1994年，第166—167页。
(49) [明]廓诺·迅鲁伯：《青史》，第307页。
(50) 参阅《元以来西藏地方与中央政府关系档案史料汇编》，第193页。
(51) 参阅杨贵明、马吉祥编译：《藏传佛教高僧传略》，第118—119页。
(52)(53)(54)(55) 《明史》卷三百三十一《西域传》三。
(56) 参阅王森：《西藏佛教发展史略》，第110页。
(57) 参阅[清]萨囊彻辰：《蒙古源流》，第327页。
(58)(59) 王森：《西藏佛教发展史略》，第110、111页。
(60) [清]土观·罗桑却吉尼玛：《土观宗派源流》，第67页。
(61)(62) 参阅王森：《西藏佛教发展史略》，第113页。
(63)(64) [明]廓诺·迅鲁伯：《青史》，第324、325页。
(65)(66)(67) [明]廓诺·迅鲁伯：《青史》，第324、326、327页。
(68) [清]五世达赖喇嘛：《西藏王臣记》，第105页。
(69) 王森：《西藏佛教发展史略》，第118、119页。
(70)(72)(73) [清]土观·罗桑却吉尼玛：《土观宗派源流》，第67、66、67页。
(71) 参阅[清]土观·罗桑却吉尼玛：《土观宗派源流》，第66页；措如·次朗：《藏传佛教噶举派史略》，王世镇译注，北京：宗教文化出版社，2002年，第62—64页。
(74) 事迹见任宜敏：《中国佛教史 元代》，北京：人民出版社，2005年，第127页。
(75) 详见[明]廓诺·迅鲁伯：《青史》，第347—348页。
(76) [清]五世达赖喇嘛：《西藏王臣记》，第95页。
(77) 详见[明]廓诺·迅鲁伯：《青史》，第348页。
(79)(80) [明]廓诺·迅鲁伯：《青史》，第350页。
(81) [清]土观·罗桑却吉尼玛：《土观宗派源流》，第69页。
(82) [明]廓诺·迅鲁伯：《青史》，第352页。
(83) [清]五世达赖喇嘛：《西藏王臣记》，第99页。
(84)(85)(86) [清]五世达赖喇嘛：《西藏王臣记》，第100、102、102页。
(87) 参见任宜敏：《中国佛教史 元代》，第129—134页。
(88) [清]直贡·丹增白玛坚参：《直贡法嗣》，克珠群培译，拉萨：西藏人民出版社，1995年，第137页。
(89) 又译为“仁钦旺杰”，法名“仁钦旺吉杰布”，1381—1430年，顿珠杰布之子，《明史》作“领真巴儿吉监藏”，一说其生年为1394年。
(90) 详见[清]直贡·丹增白玛坚参：《直贡法嗣》，第126—127页。
(91) 详见[清]直贡·丹增白玛坚参：《直贡法嗣》，第136—139页。
(92) [清]直贡·丹增白玛坚参：《直贡法嗣》，第177页。
(93) 参阅[清]土观·罗桑却吉尼玛：《土观宗派源流》，第70页。
(94) [明]廓诺·迅鲁伯：《青史》，第378页。
(95)(96) [明]廓诺·迅鲁伯：《青史》，第379、382页。
(97) [清]土观·罗桑却吉尼玛：《土观宗派源流》，第74页。
(98) [明]廓诺·迅鲁伯：《青史》，第383页。
(99) [清]土观·罗桑却吉尼玛：《土观宗派源流》，第71、73页。
(100) 详见[明]廓诺·迅鲁伯：《青史》，第406—412、416—417页；措如·次朗：《藏传佛教噶举派史略》，王世镇译注，北京：宗教文化出版社，第83—86页。
(101) 详见[清]阿旺格追扎巴：《觉囊派教法史》，许得存译，拉萨：西藏人民出版社，1993年，第32—37页。
(102) [清]阿旺洛追扎巴：《觉囊派教法史》，第49页。
(103)(104) [清]阿旺洛追扎巴：《觉囊派教法史》，第50—51、52页。
(105)(106) [清]阿旺洛追扎巴：《觉囊派教法史》，第52—53、53页。
(107) 参阅王森：《西藏佛教发展史略》，第162—163页；德勒格编著：《内蒙古喇嘛教史》，第119—124页；唐景福：《中国藏传佛教名僧录》，第176页；杨贵明、马吉祥编译：《藏传佛教高僧传略》，第190页；王辅仁、陈庆英编著：《蒙藏民族关系史略》，北京：中国社会科学出版社，1985年，第102—104页。
(108)(109) [清]阿旺洛追扎巴：《觉囊派教法史》，第54、56页。
(110) [清]阿旺洛追扎巴：《觉囊派教法史》，第59页。
(111)(112)(113)(114)(115) [清]阿旺洛追扎巴：《觉囊派教法史》，第60—61、61、53、62、62页。
