吉藏之后的三论宗逐渐走向沉寂，成为绝学，到宋明时代，已无声音，连基本典籍也难以找寻，这和唐武宗的会昌法难和后周世宗的法难对于佛教经典的荡灭也有关系，但一直未绝的是“肇学”，华严、天台和禅宗都有对于《肇论》的研究，虽然日本编撰的《续藏经》的《诸宗部著述》之“三论宗”类别下，将《肇论新疏》、《物不迁证量证》、《物不迁证量论》、《物不迁论辩解》、《肇论略疏》等都归为三论宗的著述，其实严格来说只是诸宗的“肇学”著述。这一时期对《中论》注释之书的翻译仍然在继续，宋代译出了唯识一系安慧所著的中观八大注释书之一的《大乘中观释论》十八卷，由惟净和法护译出，不过对当时的佛教义学似乎没有产生多大的影响。至近代时，杨仁山居士从日本传来三论典籍，他据此提出复兴三论宗的愿望，但也只是一种理想而已，不过自此开始，对于三论宗的研究，却进入了学术视野。