与空前强化的皇权专制相适应，明代的僧官制度，体系之齐整，品式之完备，控制之严密，政治色彩之浓厚，均为以往各朝所罕见。
立国之初，朱元璋不仅罢斥元代掌管全国佛教事务和吐蕃地区军政事务的行政机关宣政院，而且废止李唐王朝以来历代相沿的管领天下僧尼及道士女冠之功德使衙门，改弦更张，于洪武元年 (1368年)正月在金陵天界寺(即元文宗舍金陵潜邸而建、勒冠五山之上的大龙翔集庆寺。朱元璋攻克金陵莅寺听孚中怀信禅师说法后，易名为“大天界寺”)置“善世院”，秩视从二品；授觉原慧昙禅师为“演梵善世利国崇教大禅师”，令“领释教事”①；又设统领、副统领、赞教、化纪等属员，职掌全国名山大刹住持之任免事宜。同时，设“玄教院”，以道士经善悦为真人，总领道教事。
洪武四年(1371年)十二月，诏“革僧道善世、玄教二院”②。举凡佛道诸宗教政令大纲的草拟、寺观名额的赐予及管理、僧道试经给牒、住持缺额补选等职掌，均归礼部所隶之祠部(洪武二十九年易名为祠祭清吏司)籍领。
洪武十五年(1382年)，随着专制政体的逐渐完备，朱元璋开始正式整备实施能适应其皇权专制需要之僧官制度。
这套制度，爰稽宋制，间有损益，分“在京”(即中央)和“在外”(即地方)两部分。
1.中央——僧录司
中央置“僧录司”，隶属礼部，职掌全国佛教事务，包括名山大刹住持的铨选、举荐、考试和任命，僧尼度牒的颁发，道风僧纲的督察，僧尼名籍簿册的编制、汇总、申报，全国寺院名录的编制、汇总、申报，违纪毁戒僧尼的处分，佛教经典的刻印，佛陀教法的阐扬，外国僧侣使团的接待，等等。
僧录司设左(明代尚左)、右善世二员，正六品；左、右阐教二员，从六品；左、右讲经二员，正八品；左、右觉义二员，从八品。均选精通经典、戒行端洁之高僧担任。
左、右善世职掌僧录司印鉴(通常是左善世掌印，右善世封印)。僧录司之官印与都察院经历司、大理寺左右司、五城兵马司等衙门的官印一样，均为铜印，“方二寸二分，厚三分五厘”③。凡遇任命诸山住持、填发僧尼度牒等需要使用官印之事，“须要众僧官员圆坐署押，眼同用印。但有一员不到，不许辄用”④。
左善世的另一项重要职责，是提督众僧坐禅、参悟公案，管领教门诸事。
左、右阐教除襄理左善世督察诸山僧人禅坐修行外，兼理佛经的刻版印刷事宜。
左、右讲经职掌发明经教、解惑释疑，并负责接见诸方施主和外国僧侣使团。
左、右觉义负责检束诸山僧行，有“不入清规者，以法绳之”⑤。明制，僧尼违犯清规、不守戒律、彼此争讼者，均听从僧官究治发落，官府不许干预。只有当所犯属奸盗、斗殴等与世俗军民相涉之罪行时，在京者，“申礼部酌审，情重者送问”。在外者，则“听有司断理”⑥。
此外，左、右觉义还负责掌管僧录司驻寺的钱粮、产业及诸方布施之财物，有时甚至兼理僧录司其余僧官所掌诸事。
从理论上说，僧录司官员由上述八人组成。但僧录司成立一个月后，朱元璋又命礼部加授僧行果为“额外左阐教”，僧如锦为“额外右觉义”。洪武十八年(1385年)底，又授赴京朝觐之藏僧星吉监藏为“额外右觉义”⑦。故其后诸帝，常援洪武先例，以“额外缺”之僧官授予欲示恩宠之僧伽。例如，永乐初，朝廷置左觉义一员，住僧录司，又设额外右觉义三员，分住灵谷、天界、报恩三大寺⑧。又如，武宗朱厚照，曾授西番僧罗竹班卓、癿竹、班丹伦竹为觉义⑨。
僧录司初设之日，“全依宋制，官不支俸”⑩。十年以后，即洪武二十五年(1392年)十月，朱元璋重定百官品阶秩禄，对僧官也开始依品给俸：左、右善世按正六品给俸，秩同翰林院侍读、六部主事等，月给米十石。左、右阐教按从六品给禄，秩同翰林院修撰、太子春坊左、右赞善等，月给米八石。左、右讲经按正八品给俸，秩同六科都给事中、五经博士等，月给米六石五斗。左、右觉义按从八品给禄，月给米六石(11)。
元代管理全国佛教事务与及藏族地区军政事务之宣政院，乃是中央政府中与中书省、枢密院、御史台相平行的最重要的四大机关之一，下辖官署数十个，吏从属员众多。
明代管理全国佛教事务之僧录司，则只是礼部掌控下的一个微不足道的衙门。而且，这个“衙门”与府、州、县各级僧司一样，全都设在寺院内——僧录司初创之日，驻于金陵天界寺。洪武二十一年(1388年)，天界寺罹蒙火灾，诸堂悉毁；僧录司被迫迁至天禧古刹。永乐迁都后，京师北京与留都南京并建六卿，僧录司亦分为北京僧录司和南京僧录司。北京僧录司的驻寺屡有变迁，直至嘉靖十四年(1535年)，才最终固定于大隆善寺——此寺元代称“大都崇国寺”，由被忽必烈赐封为“佛性圆融崇教大师”的定演法师所创建。
明初，僧录司官员屡遭戕害。其酷烈惨状，前所未有。
例如，首任左觉义见心来复禅师，曾被朱元璋钦封为“十大高僧”之一。只因在谢恩书诗中有“金盘苏合来殊域”、“自惭无德诵陶唐”之句，朱元璋便勃然大怒，认为“殊”字拆开来是“歹”、“朱”二字，实际上就是在骂他这位“朱”姓皇帝是“无德”之“歹徒”。于是，借故指他为“胡(惟庸)党”，且“吟诗含讽”，逮捕，斩首。时年73岁。
又如，首任右讲经(后升至有善世)一初守仁禅师，颖悟博学，诗书并佳，有及世之才。朱元璋统有天下后，征其入京。洪武十五年(1382年)，授僧录司右讲经。后累迁至右善世，并敕住天禧慈恩旌忠寺(成祖朱棣重建后，改名为大报恩寺)。洪武二十九年 (1396年)，因闻南粤贡翡翠有感，赋诗一首：“见说炎州进翠衣，网罗一日遍东西。羽毛亦足为身累，那得秋林静处飞!”朱元璋见诗，神经过敏道：“汝不欲仕我，谓我法网密耶!”随即虐杀之(12)。
再如，首任右善世季潭宗泐禅师，道德行业，衣被禅林，于内圣外王之略无不毕备。只因谢绝朱元璋“还俗辅政”之命，愿终释门，即遭冷遇，随后被无端指为“胡党”，罚遣安徽凤阳，拘役数载。
复如，曾任右讲经、后升右善世的南洲溥洽和尚，贯串经范，旁通儒典。“靖难”军攻克南京，惠帝朱允蚊不知所终，燕王朱棣怀疑南洲溥洽和尚助其藏匿，随便找个借口，命锦衣卫将其拘捕入狱，关押十余年。后因助朱棣取天下功勋最著之独庵道衍禅师临终跪求，方予开释。出狱时，瘦骨嶙峋，白发苍苍，垂垂老矣。
2.地方——僧纲司、僧正司、僧会司
明代地方僧官衙门分府、州、县三级，分别设僧纲司、僧正司和僧会司，各掌其事。具体而言：
府置僧纲司，掌本府僧教事。设都纲一人，从九品，秩同各府卫儒学、税课司、阴阳学、医学、巡检司等杂司衙门，月给米五石。其印鉴为铜质，方一寸九分，厚二分二厘(13)。另设副都纲一员。
州置僧正司，掌本州僧教事。设僧正一员，其印鉴为铜条记，“阔一寸三分，长二寸五分，厚二分一厘”(14)。
县置僧会司，掌本县僧教事。设僧会一员，其印鉴与僧正司同。
府、州、县三级僧官，均由所在各承宣布政使遴选有德望之僧伽，报送礼部受职。其中，自副都纲以下各级僧官，俱未入流，设官而不给俸禄。
朱明一代，僧纲司、僧正司制度普遍推行到了全国各地。十三个承宣布政使司所在府、州，无有不设僧司者；连地处西北偏隅之秦、徽、阶、洮诸州也不例外(15)。例如，《明太祖实录》洪武二十六年(1393年)三月条，便有关于立“西宁僧纲司”、“河州卫番僧纲司”之记载：“立西宁僧纲司，以僧三剌为都纲。……河州卫番僧纲司，以僧月监藏为都纲。盖西番崇尚浮屠故，立之。俾主其教，以绥来远人。”
至于县一级的僧会司，由于朝廷明文规定府、州之附郭县(即府、州官署之驻县)不需另设：“各处府分止设僧纲司、道纪司，就管附郭县僧道。附郭县不必再设僧会司、道会司”(16)，故并非县县俱置。
总之，有明一代，僧官体系机构齐备、品阶森严。从僧官之铨选、考课、任免、迁转一直到仪仗伞盖、服饰冠带等细小入微之种种规定，无不透射出专制政治空前强化之趋向。甚至于对根本不属僧官之列的寺院住持之铨选、考核和任免，亦有一整套迥异前朝的严密、繁琐的规制：“凡各处寺、观住持有缺，从僧、道官举有戒行能经典者，送僧录、道录司，考中，具申礼部，奏闻方许。”(17)若某寺住持虚职，必须先由当地僧司举荐戒行端洁、老成持重、谙通经典之僧伽，报送本管衙门。本管衙门审查合格后，转申僧录司。僧录司组织考试，并将中式者名单及相关资料呈申礼部祠祭清吏司。最后由礼部审核、决定任命人选。
① 《明太祖实录》卷二十九，洪武元年正月庚子条。
② 《明太祖实录》卷七十，洪武四年十二月戊申条。
③ 《明史》卷七十二《职官志一》。
④⑤ [明]葛寅亮：《金陵梵刹志》卷五十二《各寺僧规条例》。
⑥ [明]葛寅亮：《金陵梵刹志》卷二《钦录集》。
⑦ 《明太祖实录》卷一百七十六，洪武十八年十二月丁巳条。
⑧ [明]葛寅亮：《金陵梵刹志》卷五十二《各寺僧规条例》。
⑨ 参阅谢重光、白文固：《中国僧官制度史》第九章，西宁：青海人民出版社，1990年。
⑩ [明]葛寅亮：《金陵梵刹志》卷二《钦录集》。
(11) 参阅《明太祖实录》卷二百二十二，洪武二十五年十一月丙午条；《大明会典》卷四十三《职官·百官禄秩》。
(12) 参阅[明]汰如明河：《补续高僧传》卷二十五，见《卐续藏》第134册，第368页。
(13) 参阅《明史》卷七十五《职官志四》，《明史》卷七十二《职官志一》。
(14) 《明史》卷七十二《职官志一》。
(15) 参阅谢重光、白文固：《中国僧官制度史》，第251—253页。
(16) [明]葛寅亮：《金陵梵刹志》卷二《钦录集》。
(17) 《明太祖实录》卷一百四十四。
