隋唐以降，汉传佛教在西北地区继续流传，但总体上趋于衰落，而藏传佛教在西北地区异军突起，成为西北佛教文化的一大特色。世居西北甘青地区的藏族、蒙古族、土族、裕固族等族群众至今仍然普遍信仰藏传佛教。
藏传佛教，或称“西藏佛教”、“藏语系佛教”，俗称“喇嘛教”，是印度佛教在7世纪传入西藏以后逐渐形成的中国佛教流派。历史上，吐蕃固有的宗教是以崇奉鬼神和自然物为特征，以祈福禳灾、驱鬼降神等事为主要活动的“本教”，亦作“钵教”、“苯教”，藏语称“本波”，俗称“黑教”。公元7世纪，吐蕃赞普松赞干布时期，佛教传入了吐蕃。至8世纪，在赤松德赞赞普及其以后的牟尼、赛那累和热巴巾三位赞普的倡导下，佛教在吐蕃不仅得到持续发展，而且取得优势地位。佛教在吐蕃的蓬勃发展，与固有的本教发生了冲突。公元9世纪中叶，吐蕃赞普朗达玛(838—842年在位)禁佛，他下令封闭佛寺，焚毁佛经，镇压僧人，佛教在吐蕃遭到了严重打击。迨至10世纪末，在新兴封建领主的扶植下，佛教在吐蕃又得以复兴和发展，并最终形成了富于藏文化色彩的藏传佛教。藏传佛教是佛教与本教长期斗争与融合的产物，是佛教的西藏地方形式①，其经典属于藏语系统，在教义上，大、小乘兼容，大乘中显、密俱备，尤重密宗，并以无上瑜伽密为最高修行次第。独具特色的藏传佛教不仅是藏族全民信仰的宗教，而且在蒙古族、土族、裕固族等少数民族地区广泛传播。
藏传佛教传入我国西北地区的历史十分久远。史载，西藏佛教史上朗达玛赞普灭佛时，在曲卧(阿)日山(地在曲水以南雅鲁藏布江南岸)的禅院中修行的约尔堆的玛班·释迦牟尼、哲穹多的约格迥、嘉惹巴的藏惹(饶)赛三位僧人(后来号称“三贤哲”)遂携经律西逃，来到黄河峡谷的金刚岩洞、安穹南宗窟、丹斗寺②，在甘青地区修行弘法。据说，约格迥在凉州(今甘肃武威)利济众生，凉州有约格迥的佛堂名为“广善寺”③。湟水北岸的白马寺(属今青海互助县)曾是藏饶赛和玛班·释迦牟尼晚年修行驻锡的圣地④。“三贤哲”后来来到宗喀⑤地区的西宁传教弘法，最后圆寂于此，湟水南岸圣地中心塔尔寺沟口的西宁城内有供奉“三贤哲”遗骨的大佛寺⑥。“三贤哲”在晚年招收了宗喀德康(地在今青海循化以北黄河北岸)人穆苏萨拔为弟子。穆苏萨拔受比丘戒以后，北去甘州(今甘肃张掖)学法、传法。后来，在丹底(亦称丹斗，地在青海循化以北黄河岸边)有称为侏儒九兄弟者请求穆苏萨拔去丹底。公元940年前后，穆苏萨拔来到丹底，并一直驻锡此地，历时30多年。他在当地藏族上层人士的支持下，建寺传法，直到圆寂。穆苏萨拔在晚年为前、后藏的一些人(所谓“卫藏十人”)授戒，他们回到西藏后，建庙度僧，使佛教在西藏再度复兴，史称藏传佛教“后弘期”，也叫“下路弘法”⑦。穆苏萨拔(892—975年)因而成为西藏佛教后弘的鼻祖，被后人尊称为“喇勤·贡巴饶赛”(“喇勤”意为大师，“贡巴饶赛”意为明白佛教教理、教义)。由于喇勤·贡巴饶赛的努力，西藏佛教复兴的火种从丹底燃起，丹底被誉为次于圣域的“印度中土”之第二圣地⑧。从上可见，早在唐末五代，吐蕃佛教就开始传入西北地区。宋代初年，丹底已成为西北地区弘播藏传佛教的一大中心。
宋代西北地区的主要少数民族吐蕃、党项、回鹘等大都信仰藏传佛教。宋代吐蕃在西北地区“自仪、渭、泾、源、环、庆及镇戎、秦州暨于灵、夏皆有之，各有首领，内属者谓之熟户，余谓之生户”，“凉州郭外数十里，尚有汉民陷没者耕作，余皆吐蕃”⑨。河西陇右地区长期陷于吐蕃，“久经乱离，旧籍散佚，老成凋丧，宗风不振。然蒙、番信佛，庄严更甚，阐扬密教，蔚为佛国”⑩。吐蕃赞普后裔唃厮啰在河湟地区建立吐蕃政权，首府青唐城(今青海西宁)“城之西有青唐水，注宗河水(湟水)。西平远建佛祠，广五六星，缭以冈垣，屋至千余楹”，“城中之屋，佛舍居半”(11)。由此可以想见，藏传佛教在宋代的青海地区已很兴盛。
11世纪中叶后，藏传佛教相继形成了一些自成体系的教派。最早形成的教派是宁玛派，“宁玛”是藏语“古旧”之意，因该派宗信旧密咒，与当时奉行“新法”的其他教派相对立，故名宁玛派。又因该派喇嘛头戴红色僧帽，俗称“红教”。藏传佛教宁玛派是在11—12世纪由西藏僧人素尔波且·释迦迥尼(1002—1062年)、素尔穹·喜饶扎巴(1014—1074年)和濯浦巴·释迦僧格(1074—1134年)所创，奉莲华生为祖师，以“十八部怛特罗”为根本密典，宣扬明空理论。南宋绍兴二十九年(1159年)，濯浦巴再传弟子伽当巴·德谢喜巴在今四川甘孜藏族自治州白玉县创建了宁玛派的第一座寺院——噶陀寺。然而，长期以来，宁玛派组织涣散，教徒分散，直到16、17世纪才有初具规模的寺院，影响较大的主要有西藏雅鲁藏布江北岸的多吉札寺和雅鲁藏布江以南的敏珠寺，以及西康佐钦寺(属今四川甘孜藏族自治州德格县)和白玉寺(属今四川甘孜藏族自治州白玉县)(12)。由于地连西藏和西康，受其影响，青海藏传佛教寺院早期多为宁玛派寺院，最为集中的是果洛地区，多为西康噶陀寺、佐钦寺、白玉寺等寺的属寺。其中，果洛地区的白玉寺(属今青海久治县)和查朗寺(属今青海达日县)规模很大，享誉川、甘、青藏区。白玉寺是西康白玉寺的子寺，查朗寺是西康噶陀寺的子寺。除了查朗寺，噶陀寺在青海还有许多属寺，智钦寺、江日堂寺、多贡麻寺、塘尕玛寺、卡昂寺、吉隆寺、特合土寺、布东寺(皆属今班玛县)、夸科寺(属今玛多县)、当项尼果寺(属今玛沁县)等，多由噶陀寺僧人通过传教活动创建，后来成为其子寺。西康佐钦寺在青海玉树、果洛、黄南、海南、海北、海西等地也有子寺，今青海玉树藏族自治州杂多县和曲麻莱县境内的绝大多数宁玛派寺院都是佐钦寺的子寺。随着宁玛派在青海地区的传播和发展，当地喇嘛还修建了一些教权独立的寺院，规模和影响较大的主要有阿琼南宗寺、南宗尼姑寺和南宗扎寺(皆属今尖扎县)、当家寺(属今共和县)、改加寺(属今囊谦县)、雅玛扎西其寺(属今同仁县)等(13)。
继宁玛派之后，形成时间较早的藏传佛教教派是噶当派。噶当派为西藏僧人仲敦巴(1005—1064年)所创，“噶”藏语意为佛语，“当”直译是教授、教诫，因强调一切佛语皆为指导信徒修行之诫命而得名，主张显、密教义不相违背，教法修行应循次第。11—12世纪，噶当派在西藏佛教各派中以僧徒众多、寺院广布而著称。噶当派在甘青藏区的传播肇始于青海黄南藏族僧人顿珠仁钦。顿珠仁钦自幼出家为僧，他在西藏学经20多年，博通显、密，成为噶当派名僧，被布顿大师誉为“安多雄辩论师”。顿珠仁钦大约于元顺帝元统年间(1333—1334年)载誉还乡，任甘肃临洮噶丹群佩林寺(藏语称“香根寺”)法台。元至正元年(1341年)，顿珠仁钦在家乡创建夏卜浪寺(属今青海同仁县)，自任住持，以般若、因明为主要教程，亲自讲授显、密经典。几年后，顿珠仁钦又在黄南建昂拉赛康寺(属今青海尖扎县)，为信徒讲授《瑜伽师地论》、《菩提道次第略论》等。元至正九年(1349年)，顿珠仁钦又建夏琼寺(属今青海化隆县)，他亲自主持寺务，讲经说教，大弘佛法，寺僧多达300余人，驰名藏区。噶当派高僧顿珠仁钦在今青海湟中、尖扎等地还有许多弘法活动，他曾讲经于古哇寺，晚年还修建过一些佛堂、佛塔(14)。
除了宁玛派和噶当派，藏传佛教后弘期形成的教派还有噶举派和萨迦派。“噶”意为佛语，“举”意为传承，噶举派因注重口授密法的传承而得名，以“中观见”为主要学说，不重文字，强调苦修，又因该派喇嘛身着白布僧裙，俗称“白教”。噶举派有香巴噶举和塔波噶举两大传承，香巴噶举由西藏僧人琼波南交(1086—?)创立，塔波噶举创始于西藏僧人玛尔巴(1012—1097年)，后由弟子米拉日巴(1040—1123年)继承再传塔波拉杰(1079—1153年)。塔波拉杰的弟子帕竹·多杰加波(1110—1170年)、都松软巴(1110—1193年)、巴绒巴·达玛旺秋(12世纪时人)分别发展成帕竹、噶玛、巴绒三个分支，另有塔波拉杰之侄岗巴·崔臣宁布的弟子向蔡巴(1123—1194年)创立了蔡巴噶举，是为塔波噶举派的四大派系。帕竹噶举派后来又派生出止贡巴、达垅巴、主巴、雅桑巴、绰浦巴、修赛巴、叶巴、玛仓巴八个支系。其中，四大支派中的噶玛噶举、巴绒噶举和帕竹噶举，八小支派中的止贡巴、主巴、叶巴三个小支都传入了青海地区。噶玛噶举派内部又分为红帽系和黑帽系，在青海玉树地区传播过程中又派生出乃多和苏莽两个噶玛噶举派的支系。因此，有总属塔波噶举派的七个支系在青海藏区广泛传播。此外，香巴噶举派也曾短期流传于青海。藏传佛教噶举派在青海的传播以玉树地区最为兴盛。青海玉树地连西藏和川康，噶举派各支系的许多创始人及其传法弟子都来到玉树传教，如噶玛噶举派创始人都松钦巴及其弟子巴洒当丁、止贡噶举派的创始人仁钦贝(1143—1217年)及其弟子康觉多杰宁保都来到玉树建寺传法，巴绒噶举派创始人达玛旺秋的弟子直希热巴(1128—1201年)在玉树有许多亲传弟子弘法。南宋以后，青海玉树地区的噶举派寺院数量众多、规模宏大，藏传佛教噶举派在青海玉树地区弘传甚盛(15)。
与两宋在西北地区鼎足而立的西夏王朝(1138—1227年)，其西部、南部与吐蕃邻近，境内吐蕃人较多，加之西夏主体民族党项族又与吐蕃族族源相近、信仰相仿，藏传佛教在西夏境内也广泛传播。据藏文史籍《贤者喜宴》记载，当时，藏传佛教噶玛噶举派初祖都松钦巴(1110—1193年)在吐蕃影响很大，西夏仁宗皇帝非常崇敬他，就派遣使者入藏专程迎请，都松钦巴虽未能前来，但还是派遣弟子格西藏索哇来到西夏。仁宗尊藏索哇为上师，为之建译场，翻译藏文佛经，传授藏传佛教的经义和仪轨。后来，都松钦巴所创有名的楚布寺建白登哲蚌宝塔时，西夏王又献赤金璎珞及幢盖等。都松钦巴死后，在其焚尸处建造吉祥聚米塔，藏索哇又自西夏作贡献，以金铜包饰此塔。蔡巴噶举派祥仁颇切的弟子藏巴东沽哇等师徒7人，经蒙地转道西夏译经，并讲授三宝密咒。祥仁颇切又命查巴僧格去西夏弘法，查巴僧格亦被尊为上师。又，萨迦派第三世祖师札巴坚赞(1149—1216年)的弟子迥巴瓦国师觉本，曾被西夏人奉为上师。由此可见，西夏中、后期，藏传佛教噶玛噶举派和萨迦派都已传入了西夏(16)。藏传佛教在西夏中、后期迅速传播，由西部向东部蔓延。西夏第二大都会河西凉州(今甘肃武威)有很多藏传佛教的寺庙，河西甘州(今甘肃张掖)则是西夏翻译藏文佛经的一个中心。敦煌莫高窟、安西榆林窟、安西东千佛洞、酒泉文殊山、肃北五个庙、永靖炳灵寺、玉门昌马下窖、裕固马蹄寺、宁夏固原须弥山等石窟中，都发现了西夏藏传密教遗迹(17)。当时，藏传佛教两大教派的高僧都为西夏所重视，所以藏传密迹得以影响西夏。近年在宁夏银川西北拜寺口发现的西夏或元初双塔，塔顶砌出噶当觉顿式的粗短相轮，塔顶下装藏中出有上乐金刚唐卡、上师像唐卡各一帧，塔身外侧壁又浮雕各种密教护法形象，即这种影响表现在西夏都城附近的一例。安西东千佛洞第5窟东壁窟门北侧的西夏壁画具有现存早期藏式密像的特点，特别是中部南侧的佛塔，盖伞宽大、相轮粗短，皆与乌思藏萨迦时期流行的所谓“噶当觉顿”颇多相似之处。榆林窟第3号、第29号等西夏晚期洞窟也出现了面部上宽下窄、肉髻高尖的藏式佛像(18)。酒泉文殊山万佛洞石窟西夏壁画中的弥勒上生经变图中，也有藏传佛教的影响(19)。藏传佛教在西夏的发展，使不少藏传佛教经典被译成了西夏文，考古发现的西夏文献中就有很多藏传佛教经典。西夏首都兴庆府(今宁夏银川)一带发现有西夏时期的藏密佛经和佛画，银川西面的贺兰县拜寺沟一座方塔下出土了西夏文密教经典《吉祥皆至口合本续》等9卷，汉文藏传佛教经典《初论功德十二偈》、《吉祥上乐轮略文等虚空本续》，藏传佛教木刻本佛画、朱红捺印佛画等(20)。宁夏贺兰县宏佛塔内，也发现了藏传佛教佛画《上乐金刚图》、《千佛图》、《千手观世音图》、《坐佛图》、《大日如来图》、《护法力士图》、《八相塔图》(21)。宁夏灵武横山乡石坝村发现的西夏银盒上有梵文密教文字(22)。宁夏灵武瓷窑堡遗址发现了西夏瓷质素烧如意轮、降魔杵等(23)。宁夏青铜峡市黄河岸边的一百零八塔均为喇嘛教式实心砖塔，是受藏传佛教影响的宝瓶式白塔(图54)，同时在其附近也发现了西夏时期的藏传佛教佛画。藏传佛教在西夏的发展大抵以河西走廊为重点，并逐渐向西夏腹地今宁夏一带延伸，河西走廊的凉州(今甘肃武威)、甘州(今甘肃张掖)、沙州(今甘肃敦煌)、瓜州(今甘肃安西)、肃州(今甘肃酒泉)等地是受藏传佛教熏陶较深的地区(24)。
1227年，西夏为蒙古所灭。西夏灭亡的前一年，其西凉府(治今甘肃武威)即为成吉思汗所攻占。1235年，元太宗窝阔台封其第三子阔端于西夏故地。1243年，阔端开府西凉。其时，西藏盖属阔端。为了利用当地领袖协助蒙古人统治藏区，阔端接受将官达尔汗台吉多达的建议，于1244年，邀请学富五明、声誉最隆的西藏佛教萨迦派首领萨班到凉州会面。藏传佛教萨迦派以其主寺萨迦寺而得名，又因该派寺院墙上涂有象征文殊、观音、金刚手菩萨的红、白、黑三色图案，俗称“花教”。早在1073年，西藏僧人贡却杰布(1034—1102年)就在后藏仲曲河谷的萨迦地方(今西藏萨迦县)修建了萨迦寺，讲经说法，以“道果教授”为其主要密法传承。贡却杰布死后，其子贡噶宁布(1092—1158年)住持萨迦寺，使其父弘扬的“道果教授”等显、密教法系统化，确立了萨迦派体系，贡噶宁布因而被尊为萨迦五祖(萨迦派的五个重要祖师)的首祖。贡噶宁布的长子贡噶拔学法印度，22岁卒于印度摩揭陀；次子索南孜摩(1142—1182年)继承法位，是为萨迦二祖。后来，贡噶宁布的三子札巴坚赞(1147—1216年)接替其兄住持萨迦寺，是为萨迦三祖。贡噶宁布四子贝钦沃布(1150—1203年)的长子贡噶坚赞(1182—1251年)跟从札巴坚赞学法，继承札巴坚赞为萨迦寺寺主，是为萨迦四祖。贡噶坚赞通达“大、小五明”，印度习惯上称通达“五明”的人为“班智达”，贡噶坚赞因而得到了“班智达”的称号，萨班是萨迦班智达的简称。1246年，萨班应阔端之邀携其侄八思巴和恰那多吉来到凉州。1247年，萨班与阔端在凉州会晤。阔端和萨班议妥了卫藏归顺蒙古的条件后，由萨班写了一封公开信，劝说卫藏僧俗、各个地方势力接受条件归顺蒙古。卫藏地区从此归蒙古统治，同时萨班也为萨迦派取得了它在卫藏地区的政治、宗教领袖地位(25)。据说，萨班曾为阔端做过狮子吼菩萨仪轨，使阔端从病魔中解脱了出来，因而阔端曾多次向法王萨班请教大乘之发心等博大精深之教法，僧众对法王亦非常拥戴。凉州会晤后，萨班一直驻锡凉州，播撒佛法甘露，直到1251年圆寂于白塔寺(图55)，凉州等地因而掀起了藏传佛教传播的高潮。
蒙元时期，阔端镇抚河西，萨班弘法凉州，甘青地区的藏传佛教在西夏时代的基础上更趋兴盛。一代宗师萨班驻锡凉州，大转法轮，凉州一度成为甘青地区的藏传佛教文化中心。凉州著名的藏传佛教寺院金塔寺、海藏寺、白塔寺、善应寺相传皆为萨班所建，长期成为藏传佛教徒朝拜的圣地。据《凉州四寺志》，萨班在凉州城西南的金塔寺向阔端等人传授过多种密法大灌顶，凉州城西北的海藏寺是萨班讲经说法、大转法轮的圣地，凉州城西的莲花寺是萨班广授显宗佛法的地点(26)。凉州城东南的白塔寺是萨班与阔端首次见面的地方，是萨班最主要的道场，也是元代凉州最大的藏传佛教寺院。萨班圣师徒时期，白塔寺有令人目眩意夺的数处稀奇的佛堂和上师府邸；“众生怙主”八思巴时期，这座萨迦派大寺院有比丘千余名，大经殿背面的佛塔内装有贵重的10万多个小泥佛像(27)。甘州南界藏族居地脱思麻，元代在此建纳邻驿道，自甘州通岭北，是藏传佛教僧侣进入蒙古地区的主要途径，甘州因而成为当时藏传佛教北传的据点之一。1253年，忽必烈召噶举噶玛巴二世噶玛拔协(1204—1283年)随侍左右，噶玛拔协不肯，并由四川西部北上游方传教，其时曾建寺于宁夏与内蒙古交界处，且到灵州(今宁夏灵武)和甘州一带(28)。1360年，噶玛噶举派黑帽系第四世活佛乳必多吉去元大都为元顺帝父子授“金刚亥母灌顶”。1364年，乳必多吉返藏途中还在甘州附近建立了一座大寺(29)。今甘肃张掖马蹄寺山区的塔龛现存20余处，大部分于长形龛内凿出高浮雕粗相轮，塔身作覆钟形覆钵塔。上千佛洞有三塔龛(图56)，此三塔龛的三塔形制亦流行于13—14世纪，其著名例证见于西藏札囊札塘寺大殿后壁下方左侧壁画，马蹄山北寺藏传佛教石窟主要有第2、3、7、8四窟。现存13—14世纪的甘州藏传佛教遗迹，主要有马蹄河两岸上、下千佛洞和马蹄山南寺就崖面开凿的藏传佛教塔龛以及马蹄山北寺的藏传佛教石窟，基本分布在今甘肃张掖市南65公里(现属肃南)的、自北魏以后即开凿佛教石窟的马蹄山区(30)。元代河西瓜沙地区的藏传密教在西夏的基础上也更趋发展。莫高窟在此新形势下，遂出现了纯粹的藏传密教洞窟——第465窟，与第465窟在整体布局上近似的另一处洞窟是元代改建的第285窟，位于第465窟南方的第462、463两窟也是元代的藏传密教窟室(31)。
元代青海地区藏传佛教的弘传以萨迦派为大宗，今青海省现存藏传佛教寺院中始建年代可追溯到元代并基本上可以认定的寺院有40多座，以萨迦派寺院为主(32)，这与萨班一系在西北地区弘传萨迦派密切相关。萨迦派在青海河湟流域和玉树地区尤为兴盛。青海湟中西纳川的西纳家族在元代十分显赫，所建西纳寺是青海早期重要的萨迦派寺院。西纳家族多为萨迦派僧人，西纳喇嘛主要活动于河湟流域，弘扬藏传佛教萨迦派。萨迦派在河湟流域广泛传播，建立了许多寺院，珍珠寺(属今贵德县)、隆务寺(属今同仁县)、古哇寺和桑主寺(属今尖扎县)、文都寺(属今循化县)等都是当时河湟流域著名的萨迦派寺院(33)。蒙元时期，萨迦派在青海玉树地区的传播则远远盛过河湟流域。萨迦派在青海玉树地区的兴盛，与萨迦派第五代法王八思巴的讲经传法有关。1251年，萨迦四祖萨班在凉州圆寂，其侄八思巴(1235—1280年)继承伯父的衣钵，成为萨迦派的教主。1253年，八思巴应忽必烈之召与其会晤于内蒙古多伦，他被忽必烈尊为上师，为忽必烈夫妇及其子女传授密教灌顶，并留在了忽必烈处。1260年，忽必烈即位后，封八思巴为国师。1264年，忽必烈迁都燕京，设总制院(后改名宣政院)掌管全国佛教事务和吐蕃地区政教，命八思巴以国师领总制院事(34)。史载，八思巴受封国师后，曾经两回西藏萨迦，三过青海玉树。八思巴在玉树地区的行程是：先进入今称多县，再到玉树县，后经囊谦到西藏。今青海藏传佛教萨迦派寺院主要分布在玉树藏族自治州的称多、玉树、囊谦三县，即与八思巴在这里的活动有关。今称多县的尕藏寺，建于至元五年(1268年)。八思巴途经称多，曾亲临尕藏寺，赐给尕藏寺释迦牟尼佛卷轴画像1尊、藏文《大藏经》1套、镀金佛塔1座、金刚法铃1个、法螺1枚，并颁给用藏、汉、蒙三种文字书于锦缎上的法旨一道。在八思巴的扶持下，尕藏寺成为元代青海玉树地区最大的藏传佛教寺院，下辖称多县的邦夏寺、岗察寺、土登寺、赛浦寺以及玉树县的达杰寺等。八思巴在今玉树县境传法后形成的萨迦派大寺有昂普寺和秋林多多寺。昂普寺位于今玉树县安冲乡，相传是八思巴路经此地时修建的。秋林多多寺位于今玉树县拉秀乡，寺志称该寺是由八思巴属下僧人秋林嘉色奉八思巴之意所建，八思巴曾亲临秋林多多寺讲经传法。在玉树县境，八思巴还曾驻锡今玉树县巴塘乡的仁钦楞寺讲经说法，并赐给仁钦楞寺跳布扎(跳神)用的护法神面具等法器。囊谦是玉树藏族的发祥地，八思巴路经囊谦时，亲临作为囊谦王家庙的根蚌寺，赐赠法螺1对。八思巴还曾驻锡囊谦的宗达寺讲经传法，赐给宗达寺一尊度母像和一个净水壶，并赐给寺主活佛封册，同时颁赐宗达寺属寺求嘎寺(属今囊谦县)命册。在八思巴的扶持下，藏传佛教萨迦派在青海玉树地区异常兴盛，致使一些其他教派的寺院改宗萨迦派。八思巴在玉树活动期间，多干寺(属今称多县)以及唐隆寺、桑周寺、宗郭寺(皆属今玉树县)等宁玛派寺院改宗了萨迦派，土登寺、赛达寺(属今称多县)等本教寺院改宗了萨迦派，颇负盛名的噶举派寺院毕日拉庆寺(属今囊谦县)也改宗了萨迦派。青海玉树地区现存最大的萨迦派寺院，是今玉树藏族自治州首府所在地结古镇东北隅的结古寺。萨迦派在玉树地区分为南、北两个教区，北区以结古寺为中心，包括今玉树、称多等县的萨迦派寺院；南区以宗达寺(属今囊谦县)为中心，包括囊谦、称多等县的萨迦派寺院(35)。
在今新疆吐鲁番的高昌回鹘王国(850—1250年)于元代初年自愿归顺蒙古，并处于相对独立的地位，佛教仍为王国内受多数人信仰的宗教，回鹘佛教在这一时期也开始由以汉传佛教为主转向以藏传佛教为主(36)。吐鲁番地区发现有藏文佛经，抄印时间为11—13世纪(37)。吐鲁番东北的柏孜克里克千佛洞中有许多千手千眼观音等密教图像，即属高昌晚期所为(38)。史载，明永乐六年(1408年)，“其国番僧清来率徒法泉等朝贡，天子欲令化导番俗，即授为灌顶慈慧圆智普通国师，徒七人并为吐鲁番僧纲司官，赐赍甚厚。由是其徒来者不绝，贡名马、海青及他物。天子亦数遣官奖劳之”(39)。明朝初年在吐鲁番大封国师，并设立僧纲司，这表明吐鲁番地区的藏传佛教在明初仍较兴盛。
明代西北地区藏传佛教发展的突出特点是黄教的兴起和传播。黄教即藏传佛教格鲁派，因该派僧侣头戴黄色僧帽，故称黄教，是青海湟中人宗喀巴(1357—1419年)于15世纪初在拉萨创立的藏传佛教新教派。元明以后，在中央政府和地方封建领主的扶植下，藏传佛教在蒙、藏地区盛极一时。就在这时，一些上层僧侣不究教理，为所欲为，藏传佛教出现了颓废委靡之相。宗喀巴为此倡导宗教改革，主张教徒要严格遵守戒律，在修行方面要先显后密、显密并重，按部就班，次第整然；寺院要建立有计划、成系统的教学组织，严格管理，并解除世俗贵族操纵寺院事务的权力。明永乐七年(1409年)，在被明帝封为阐化王的扎巴坚赞(属帕竹噶举派)等人的大力支持下，宗喀巴于拉萨大昭寺主持举办了有1万僧人和几万观光者参加的祈愿法会，他获得了当时整个喇嘛教界第一号人物的地位。会后，宗喀巴在拉萨东北创建了甘丹寺，至此，一个以宗喀巴为首的新教派以甘丹寺为主寺(40)形成了，被人称为“甘丹寺派”，省称“噶鲁派”，音变为格鲁派，俗称黄教(41)。黄教创立伊始，宗喀巴的弟子敦木宗·喜饶坚参、向·喇嘛曲吉嘉波等人就活动于西北甘青藏区，建寺并弘传黄教。明建文四年(1402年)，宗喀巴的亲门弟子敦术宗·喜饶坚参即在隆务河流域建成了格鲁派寺院文都寺(属今青海循化县)(42)。宗喀巴的另一位亲门弟子向·喇嘛曲吉嘉波也长期游方于甘青地区，他在青海建立了喀底喀寺(属今青海民和县)，在甘肃凉州还修建了几座寺院。宗喀巴大师曾指示向·喇嘛曲吉嘉波：“建立的五伽蓝，须根据其性质，依极其纯正的教典建立闻思等，并设法使其增盛发展，使其声誉遍于各到去处。”(43)
黄教在我国西北地区以明朝万历年间达赖喇嘛三世索南嘉措(1543—1588年)在青海的活动为契机，在甘青地区广泛传播开来。元明之际，就有蒙古人大量涌入甘青地区。嘉靖三十八年(1559年)，蒙古土默特部的俺答汗(1507—1582年)又率部进入青海湖附近。隆庆五年(1571年)，俺答汗受明穆宗封为顺义王。俺答汗自受封顺义王后即留心佛教，屡次向明朝奏请喇嘛、番经、佛像等，后来又派人进藏延请达赖喇嘛三世索南嘉措到青海相会。索南嘉措从西藏进入青海境内后，先渡通天河到年措(玉树二十五族之一)，所到之处，僧俗云集。达赖为千余人剃度或授比丘戒，然后北上至今青海果洛藏族自治州玛多县，再翻越阿尼玛卿雪山进入今青海海南藏族自治州，受到俺答汗派出的使者的迎接(44)。万历六年(1578年)，索南嘉措与俺答汗等蒙古王公相会于青海湖畔仰华寺，共同制定了一系列维护藏传佛教格鲁派的条例。会后，索南嘉措随俺答汗去蒙古土默特，路经宗喀时，还在宗喀巴诞生地的塔旁建立了一座以讲说显教为主的寺庙(后来发展为塔尔寺)(45)。万历十年(1582年)，俺答汗去世，他的子孙邀请蒙古各部汗王，并邀请索南嘉措为俺答汗会葬。索南嘉措于1583年起程至1586年到达今呼和浩特，途中再至塔尔寺，历经大慈法王(46)所建寺院及甘肃临洮等地，沿途又对蒙藏各部宣讲佛教(47)。仰华寺会晤之后，由于达赖喇嘛三世索南嘉措的活动，加之俺答汗等统治者的大力提倡，藏传佛教格鲁派在西北甘青地区迅速广泛传播。其后，清王朝继续积极扶植藏传佛教，尤其推崇藏传佛教格鲁派。顺治十年(1652年)，五世达赖进京晋见清太宗(顺治帝)，被封为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，并被尊为西藏佛教领袖，格鲁派从此取得了藏传佛教的统治地位，藏传佛教格鲁派因此在西北甘青地区非常昌盛兴旺。
明清西北地区的藏传佛教文化传播中心是湟水南岸的衮本贤巴林(意为十万佛慈氏洲或十万佛弥勒洲)——塔尔寺(在今青海湟中县，图57)。塔尔寺由禅师仁钦宗哲始建于明嘉靖三十九年(1560年)。万历十一年(1583年)，达赖喇嘛三世索南嘉措亲临塔尔寺，禳解了地祈，进行镇地法事，建立了讲经院。万历三十一年(1603年)，达赖喇嘛四世云丹嘉措由蒙古去西藏时，在此整顿了寺院的各项制度。清顺治九年(1652年)，达赖喇嘛五世阿旺·罗桑嘉措在寺院前面原为达赖喇嘛三世讲经时的宝座上讲授了《菩提道次第论》(48)。塔尔寺自万历四十年(1612年)建立讲学制度以后，讲学风气炽盛。万历四十年，塔尔寺成立了法相学院(参尼扎仓，即显宗学院)，内设三个《集类学》班，以及《因理论》班、《悟慧论》班和《新论》班、吉尊巴的《般若》第一品教程班、郭芒扎仓的《般若》第一品教程班、《般若》第四品教程班、《中论》班、《俱舍论》班、《戒律本论》班、噶仁巴班等共计13个班级，定期学法的学期有一个月的冬季学期、两个月的春季学期、一个月的夏季学期、一个半月的坐夏期间辩经学期、一个月的秋季学期、半个月的秋末学期共7个学期。塔尔寺法相学院“五部大论等讲闻，无与伦比，历代出现了许多才识精湛、法行谨严、心意善良的大善知识，成为佛教基地之一”(49)。顺治六年(1649年)，塔尔寺建立了密宗学院(居巴扎仓)，所有仪轨、实践、讲闻等都与拉萨下密院的规定相同(50)。嘉庆二十二年(1817年)，塔尔寺建立了时轮学院(丁科扎仓)，研习和传授天文历算及占卜。乾隆二十二年(1757年)，塔尔寺建立了医明经院(曼巴扎仓)，主要研习采药及医疗。道光六年(1827年)，塔尔寺建成了印经院，印经院里藏有《宗喀巴全集》、《贾曹吉全集》、《克珠吉全集》、《般若八千颂》、《现观庄严论》、《入中论》、《俱舍论》、《释量论》等经版(图58)，被称为佛法流通之宝库(51)。塔尔寺是藏传佛教格鲁派创始人宗喀巴的降生地，加之达赖喇嘛三世、四世、五世来此弘道传法，使得塔尔寺在明清时期十分兴盛，最盛时有僧舍9300余间，寺僧多达3600余人(52)。其规模仅次于西藏甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺和扎什伦布寺，成为藏传佛教格鲁派的第五大寺，是明清直至今天西北地区的藏传佛教文化中心。
明清西北地区藏传佛教文化传播的次中心是大夏河北岸的噶丹雪珠达尔杰扎西叶苏旗卫林(意为足喜讲修弘扬吉祥右旋洲)——拉卜楞寺(图59)。拉卜楞寺的开山祖师是嘉木样协巴，生于顺治四年(1647年)，今甘肃夏河县人。嘉木样协巴13岁受戒出家，21岁游学拉萨，在哲蚌寺苦学20多年，讲经辩论，名望日著。康熙三十九年(1700年)，嘉木样协巴奉达赖六世之命，任哲蚌寺郭莽扎仓堪布(53)。后来，应青海蒙古和硕特部前首旗黄河南济农王察罕丹津的邀请，康熙四十八年(1709年)，嘉木样协巴返回故里创建拉卜楞寺，弘扬佛法。康熙六十年(1721年)，嘉木样协巴圆寂，然而转世相传，经久不衰。拉卜楞寺的规模不断扩大，学经制度日益完善，形成了五大学院——闻思学院、密宗学院、时轮学院、医学院、喜金刚学院。闻思学院，由嘉木样一世创建于康熙四十九年(1710年)，乾隆三十七年(1772年)经嘉木样二世扩建，其经堂可容纳3000僧人诵经，在五大学院中规模最大。闻思学院属于显宗，主要学习五部大论，共分十三级：《因明》部，5年学程，分5年5级；《般若》部，4年学程，分4年4级；《中观》部，2年学程，分2年2级；《俱舍》部，4年学程，1学级；《律典》部，修业期限不定，1学级。闻思学院学经的方法以背诵和辩论相结合，学僧每年经过严格考试，方能升级，并设有然坚巴、尕仁巴、多仁巴三种学位，学僧毕业后可申请考取。密宗学院，康熙五十五年(1716年)由嘉木样一世创建，专修密宗，设初级、中级、高级三个学级。时轮学院，乾隆二十七年(1763年)由嘉木样二世(1728—1791年)创建，除学习修观有关的时轮密乘外，主学天文历算，分初级、中级、高级三个学级，每级年限不定。医学院，乾隆四十九年(1784年)由嘉木样二世创建，主修藏医，分初级、中级、高级三个学级。喜金刚学院，由嘉木样四世(1856—1916年)建于光绪初年，主要研习喜金刚的生趣和圆满次第之道，也分初级、中级、高级三个学级，年限不定。拉卜楞寺大会堂诵经的声韵腔调等规则大都是按照西藏哲蚌寺制定的，闻思学院的法会诵经方式、韵律、腔调，辩经学期会上的辩论等均与扎西郭莽经院一模一样，都是因时因地细密地建立起来的，密宗学院按照下密院，时轮学院和医学院则是按照布达拉宫的南杰扎仓和嘉日柔谢林等规则新建的，各自制定了清规制度。拉卜楞寺高僧林立，活佛众多，最为著名的是嘉木样活佛系统和“四大色赤”活佛系统(即贡唐仓、萨木察仓、霍尔藏仓、德哇仓四大活佛系统)。拉卜楞寺占地面积1000多亩，拥有大小佛殿将近50座、经轮房500余间、僧舍500多院，规模宏大，组织完备，尤其是修行制度谨严，讲学风气炽盛，享誉极高，统领甘肃、青海等地108寺，成为西北地区与塔尔寺相媲美的一大藏传佛教文化中心(54)。
明清西北甘青藏、蒙等族地区，黄教传播如火如荼。塔尔寺和拉卜楞寺与西藏甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺、扎什伦布寺号称藏传佛教格鲁派六大丛林。除了塔尔寺和拉卜楞寺，明清甘青地区著名的藏传佛教格鲁派传播中心尚有佑宁寺、广惠寺、夏琼寺、隆务寺、禅定寺等。佑宁寺，藏语称“郭隆寺”，位于大通河流域今青海互助县，始建于明万历三十二年(1604年)，后来不断扩建。清康熙年间，它拥有大小经堂、僧舍等2000多个院落，僧侣7000多人，设有显宗、密宗、时轮、医明四大学院，教规谨严，讲学风气浓郁。堪布夏尔尕让噶居·朋措南嘉在职期间，公共教授有《菩提道次第论》、《噶当书》等，喻法有《聚宝论》等，“品类之多，难以数计”(55)。达赖喇嘛五世由内地返藏时，在佑宁寺向万余名僧俗详细讲授《菩提道次第论》(56)。历史上，佑宁寺下辖今青海互助、大通、乐都、化隆等地和甘肃天祝、肃南、张掖等地的49座寺院，被誉为“湟北诸寺之母”，是湟水北部地区规模最大的藏传佛教格鲁派寺院。雍正二年(1724年)，因其属寺僧侣参与罗布藏丹津反清事件，佑宁寺被清兵烧毁。雍正十年(1732年)，清王朝敕令重建。同治五年(1866年)，佑宁寺再次毁于战火。光绪年间复修，前后历时15年，清末重建的佑宁寺仍有院落500多处，僧侣多达1000余人(57)。
湟水北部地区规模仅次于佑宁寺的藏传佛教格鲁派大寺是广惠寺。广惠寺位于赛科谷(属今青海大通县)，通称赞波寺，正式名称为噶丹丹曲林(兜率正法洲)，藏名“郭莽寺”，始建于顺治七年(1650年)，历经扩建，设有显宗、密宗、医明等经院，“讲学风气，至为良好”(58)。康熙年间，广惠寺僧众发展到七八百人，所属支寺有土古寺、土尔钦寺、相隆寺、本巴曲隆寺、嘉多寺、班固寺、拉卜嘉寺、达班寺、章山达隆寺等(59)。
宗拉山脉(小积石山)南侧的夏琼寺(属今青海化隆县)，是多麦地区各大寺院的祖寺(60)。夏琼寺始建于元至正九年(1349年)，创建者是噶当派高僧顿珠仁钦。顿珠仁钦是宗喀巴大师的老师，夏琼寺是宗喀巴早年学经的地方，因而被后人视为格鲁派之源。夏琼寺原属噶当派寺院。格鲁派在明代兴起后，夏琼寺改宗了格鲁派，建立了法相学院、密宗经院、医明经院、时轮经院等。夏琼寺经院里把赞波的《集类学》、穹初巴的《第一品》、吉尊巴的《中观》、德勒尼玛的《戒律本论》、章钦巴的《俱舍论》等列为教程，怛特罗的讲辩闻听，统依下密院的规定，时轮学院的讲辩闻听也比较好，有春季学期和夏季学期，坐夏期间辩经学期和秋、冬季学期各有15日辩经学会(61)。清代夏琼寺拥有活佛府邸25座，最盛时僧众多达3000人，下辖十个部落，共有支寺20多座(62)，驰名甘青藏区。
隆务河中游河畔的隆务寺(属今青海同仁县)，也是一座闻名遐迩的藏传佛教格鲁派寺院。隆务寺建于明初，本是萨迦派寺院。明代末年，隆务寺改宗格鲁派，相继建立了显宗学院、密宗学院、时轮学院。隆务寺的讲辩学期有为期一个月的春季讲辩学期，从四月一日起为期一个月的夏季讲辩学期，为期一个半月的坐夏讲辩学期，为期10天的秋季讲辩学期，为期一个月的冬季讲辩学期。隆务大寺的显密两宗的讲闻辩论、僧伽的集会和学习，各方面都很兴盛(63)。该寺供奉着以《甘珠尔》大藏经和《丹珠尔》大藏经为首的许多佛像、佛经、佛塔，还有《噶登嘉措全集》、《释量论释》、《集类学》等许多经籍的木刻版(64)，弥足珍贵。隆务寺共有子寺18座，下辖12部落，还有6个小部落和18处农牧区等很多村庄和部落(65)，冠盖一方。隆务寺与佑宁寺、广惠寺、夏琼寺、塔尔寺，为明清青海地区黄教五大寺。
明清甘肃地区规模最大的黄教寺院乃是前文所述拉卜楞寺，其次是禅定寺(卓尼寺)。洮河流域的卓尼寺(属今甘肃卓尼县)创建于元成宗元贞元年(1295年)，最初是一座宁玛派小寺，后经八思巴的一位亲门弟子萨迦格西的改建，成为萨迦派寺院。明英宗天顺三年(1459年)，卓尼第二代土司之弟曲结仁钦隆波从西藏学法归来后，把原来宗奉萨迦派的卓尼寺改为宗奉格鲁派的伽蓝。康熙五十五年(1716年)，卓尼寺法台阿旺程烈嘉措随承袭土司的哥哥杨如松朝觐康熙皇帝，康熙敕封阿旺程烈嘉措为大国师，敕赐卓尼寺“禅定寺”匾额，从此，卓尼寺又称禅定寺。禅定寺建有四大扎仓(学院)：参尼扎仓(法相学院)以教授因明学为主，专修显教五部大论，共分11级；居巴扎仓(密宗学院)专修密宗四部，共分8级；萨里哇扎仓(天文学院)修习天文、历算；崇巴扎仓(法舞学院)学习宗教舞蹈及乐器演奏。禅定寺扎仓的经堂中，有金汁书写的《圣·宗喀巴全集》，有银汁书写的《甘珠尔》大藏经、北京版《甘珠尔》大藏经及卫地版《甘珠尔》大藏经等经籍(66)。禅定寺闻思堂的教程、纪律和念诵大都和西藏色拉寺麦扎仓一样，密宗学院的念诵腔调、韵律，粉彩画规，施食做法以及乐器的吹奏等都按上密学院的实践规律，戒行清净，显、密二宗的讲辩，十分兴盛(67)。康熙五十七年(1718年)，由于厄鲁特准噶尔的军队进入西藏，这时聚集于禅定寺的僧侣将近万人(68)。禅定寺名冠藏区，是明清甘肃地区第二大黄教寺院，它直接管辖尼月巴、岔道尔、马闹、岗梢等5座寺院，并统领44座小寺和17个教区，这些寺院和教区分布在卓尼土司所辖48旗，即今甘南卓尼、迭部、舟曲等县境内(68)。
明末清初，藏传佛教格鲁派的广泛传播和极度兴盛，致使西北甘青地区的许多非格鲁派藏传佛教寺院纷纷改宗格鲁派。上述隆务寺和禅定寺即是原奉萨迦派，后来改宗格鲁派而成黄教大寺；上述夏琼寺原奉噶当派，后来改宗格鲁派而成黄教大寺。现存甘肃天祝县的天堂寺、极乐寺、达隆寺、东大寺原奉藏传佛教噶举派，明末清初都改宗格鲁派(70)；天祝县的嘎达寺原奉藏传佛教萨迦派，清代初年改宗格鲁派(71)。现存青海乐都县的瞿坛寺，称多县的帮布寺，玉树县的嘎拉寺、岗拉寺、让娘寺原奉藏传佛教噶举派，明末清初都改宗格鲁派(72)。现存青海循化县的文都寺、称多县的拉布寺、尖扎县的古哇寺原奉萨迦派，明末清初都改宗格鲁派(73)。今西北地区甘、青两省现存的藏传佛教寺院以格鲁派寺院居多，这些格鲁派寺院多数即在明末清初由他派改宗而成。
有清一代，藏传佛教格鲁派不仅在西北甘青地区十分兴隆，而且在新疆天山北部的卫拉特也十分盛行。历史上，人们通常将蒙古族按居住地分为西蒙古和东蒙古。西蒙古在元代称为斡亦剌惕，明代称为瓦剌，清代称为卫拉特，又称厄鲁特或额鲁特。明末清初，西蒙古分为杜尔伯特、和硕特、唯噶尔、土尔扈特四大部落，总称卫拉特四部。其中，杜尔伯特游牧于额尔齐斯河畔(后又迁往科布多北境)，土尔扈特游牧于伏尔加河下游，和硕特活动在青藏高原，唯噶尔游牧于新疆伊犁一带。卫拉特蒙古人原信萨满教，大约于13世纪40年代渐渐改信佛教。元世祖忽必烈崇奉藏传佛教后，藏传佛教也就在卫拉特蒙古人中逐渐流行起来。明代末年，东蒙古土默特部大封建主俺答汗将瓦剌驱逐到了杭爱山之南，又进军青海与瓦剌角逐。俺答汗占据青海后，不久即皈依了藏传佛教格鲁派。自俺答汗迎请索南嘉措传黄教于蒙古后，漠南蒙古其他各部以及漠北蒙古各部的汗王，都先后信奉了黄教(74)。约在17世纪20年代，藏传佛教传入了蒙古卫拉特四部。首先倡导信奉藏传佛教的是土尔扈特部首领诺颜赛英台奈思麦根台曼奈，他在1610年向出席卫拉特王公会议的和硕特部首领拜巴噶斯等人提出了信奉西藏佛教的建议(75)。拜巴噶斯有意接受建议，但因与西藏没有直接接触而使这件事障碍重重。直到1615年，双方互通使者。1616年，土尔扈特部的和额尔勒克及准噶尔、和硕特、杜尔伯特首领各派一子出家当喇嘛，总共有32位王公的儿子当了喇嘛，另从庶民中选了200个男孩，作为王公儿子的侍从，他们一起先到安多学习经教，后来又去拉萨求法。1640年，厄鲁特和漠北喀尔喀蒙古各部封建主会盟于塔尔巴哈台(今新疆塔城)，制定了著名的《1640年喀尔喀卫拉特法典》。《卫拉特法典》明确宣布，黄教(藏传佛教格鲁派)为蒙古各部共同信仰的宗教，并赋予黄教僧侣各种特权。为了保证僧侣的来源和数量，《法典》规定，10人中必须有一人献身于佛。《法典》禁止用言语和行动侮辱僧侣，以言语和行动侮辱僧侣者，处以最重的财产刑。《法典》禁止萨满教，命令取消萨满教翁干(76)，邀请萨满教的男女巫师来家者，课邀请者以马一匹的财产税以及来家的巫师马一匹(77)。《卫拉特法典》以法律形式促使黄教成为卫拉特社会占统治地位的宗教，藏传佛教格鲁派从而在清代新疆准噶尔地区兴起。黄教在清代新疆准噶尔地区的传播和发展，是与噶尔丹、策妄阿拉布坦、噶尔丹策零三位准噶尔统治者的积极倡导分不开的。准噶尔统治者噶尔丹(1671—1697年在位)十分重视喇嘛教的发展，他一方面经常派人到西藏学习经教，聘请西藏僧人到准噶尔地区布教；另一方面又大力加强寺院建设，鼓励广大牧民崇信喇嘛教。噶尔丹之侄策妄阿拉布坦(1697—1727年在位)笃信佛教，尤信格鲁派，他为了促进喇嘛教的发展，除经常邀请西藏札什伦布寺、哲蚌寺大喇嘛到准噶尔地区传播经教外，又通过扩大寺院建设、制定“僧律”等措施，提高喇嘛教的地位。策妄阿拉布坦之子噶尔丹策零(1727—1745年在位)也经常派人去西藏札什伦布寺、哲蚌寺、色拉寺等处，邀请黄教大师到准噶尔传授经典。为了鼓励人们出家当喇嘛，噶尔丹策零还制定了“博瓦尼法庙律”(78)。当时，为了羁縻外藩，清王朝从“兴黄教，即所以安众蒙古”(79)的思想出发，优待喇嘛，积极扶植和利用黄教。乾隆二十年(1755年)，清王朝下令伊犁地方“如旧日所存[租赋]尚多，足敷养赡喇嘛之用，著将今年伊等贡赋概行宽免；若不敷用，只将养赡喇嘛之数征收，其余即行宽免”(80)。翌年的乾隆谕旨中说：“蒙古等遵奉黄教，固勒扎(即伊犁固尔扎庙，又称金顶寺——引者注)系伊犁善地，理宜重新庙宇，遣大喇嘛前往诵经。”(81)乾隆二十八年(1763年)，清王朝又规定：“伊犁原系厄鲁特地方，今既筑城，令满洲、索伦、回子居住，自应照蒙古例，设立喇嘛，举行送巴凌、放乌布藏等事。固勒扎、海努克现有庙宇，著寄信[伊犁将军]明瑞，令酌修一所，选喇嘛百余名。除伊犁现有喇嘛外，彼处蒙古内，有情愿充当者，若有不敷，俟明瑞奏到时，另行拨往。”(82)在清政府的扶植下，新疆伊犁地区的黄教寺庙规模很大，喇嘛人数很多。当时，准噶尔地区共有20余万户、60余万口人，其中喇嘛就有6000余人。这些喇嘛由九集赛(专门供养喇嘛的一种行政组织)供养。这九集赛是：阿克把集赛，设宰桑(理事官)二，户4000；赉吗哩木集赛、杜尔把集赛、推素隆集赛、伊克胡拉尔集赛、温都逊集赛、善披领集赛，各设一宰桑，各有1000人；桑堆集赛、品陈集赛，各设一宰桑，人各300；九集赛总计有1.06余万人(83)。准噶尔地区著名的金顶寺，约建于1732年，位于伊犁河北岸(属今新疆伊宁市)，庙之宏瞻，甲于漠北，“每岁首盛夏，准噶尔之众膜拜顶礼者，远近咸集。其俗素奉黄教，往往捐珍宝、施金银，以事庄严”(84)。乾隆三十六年(1771年)，早年迁往伏尔加河流域的卫拉特土尔扈特部人在其首领渥巴锡的率领下回归故土，新疆天山北部的藏传佛教从而更趋兴盛。东归的土尔扈特分为新、旧两部：游牧在阿尔泰山的一支为新土尔扈特；分驻和布克赛尔、库尔喀喇乌苏和精河以及裕勒都斯河流域的一支为旧土尔扈特，有东、南、西、北四路。“俄罗斯素不奉佛，土尔扈特在彼俗尚不同，知伊犁兴黄教，因思还归故土。”(85)土尔扈特“其俗重黄教”(86)，清政府为了绥靖荒服，柔怀远人，实行“因其教不易其俗”的政策，优礼喇嘛，兴建寺庙，黄教因而在土尔扈特发展很快。以南路土尔扈特而论，自伏尔加河东归时，仅有7座寺院，后来发展到32座，僧侣1000多名(87)。土尔扈特部大喇嘛以西藏系宫明活佛和青海系夏律宛活佛影响最大。宫明活佛驻锡南路旧土尔扈特部巴伦台黄庙(即永安寺，属今新疆巴音郭勒蒙古自治州和静县)，夏律宛活佛驻锡北路旧土尔扈特部王库仑(88)(属今新疆和布克赛尔蒙古自治县)。新疆蒙古人崇事黄教，信奉至笃。每年四月，蒙民祀鄂博(89)，库仑喇嘛持法器诵经，刲羊以其皮及头、角、蹄、尾蒙鄂博顶，取柏枝插其上而以哈达悬结四周，官长率兵民自左至右绕走一匝，一人行礼且走且歌，一人唱之，百人和之，率皆祷祝太平之语。五月，复大祀鄂博(类似汉人祷祀山川、禳除灾疫之义)。十月二十五日，为祀佛祈寿之期，官民相率前往库仑，喇嘛设坛念诵求寿真经，高构木棚，众人携带自制酥油灯，密奠棚上；距库仑较远者，则哎林(犹如一村)诸众自堆鄂博，燃灯祷祀。每当春秋佳日，喇嘛驾佛巡游，谓之转默忒，蒙民家家献哈达，夹道跪拜(90)。积习成俗，土尔扈特的黄教信仰因而在新疆居留地至今盛行，不绝其徒。
① 王辅仁：《西藏佛教史略》，青海人民出版社2005年版，第51页。
② (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第22页。
③ (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第136页。
④ (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第59页。
⑤ 宗喀是藏区高地之一，是湟水、洮水流入黄河的这一地区的总名。参看吴均《关于藏区宗教问题的一些辨析》，载《青海民族学院学报》1981年第1期。
⑥ (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第164页。
⑦ 王森：《西藏佛教发展史略》，中国社会科学出版社1987年版，第24—25页。
⑧ (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第25页，
⑨ 《宋史》卷492《吐蕃传》。
⑩ 民国《甘肃通志稿》民族志六。
(11) (宋)李远：《青唐录》，见《古西行记选注》，宁夏人民出版社1987年版，第171页。
(12) 王辅仁：《西藏佛教史略》，青海人民出版社2005年版，第73—75页。
(13) 详参蒲文成《青海佛教史》，青海人民出版社2001年版，第37—43页。
(14) 详参蒲文成《青海佛教史》，青海人民出版社2001年版，第141—150页。
(15) 详参蒲文成《青海佛教史》，青海人民出版社2001年版，第48—73页。
(16) 史金波：《西夏的藏传佛教》，载《中国藏学》2002年第1期。
(17) 温玉成：《新中国发现的密教遗存及其所反映的密教史问题》，载《世界宗教研究》1990年第4期。
(18) 宿白：《敦煌莫高窟密教遗迹札记(下)》，载《文物》1989年第10期。
(19) 张宝玺：《文殊山万佛洞西夏壁画的内容》，见《1983年全国敦煌学术讨论会文集(石窟艺术编·上册)》，甘肃人民出版社1985年版，第256—271页。
(20) 宁夏回族自治区文物考古研究所、宁夏回族自治区贺兰县文化局：《宁夏贺兰县拜寺沟方塔废墟清理纪要》，载《文物》1994年第9期。
(21) 宁夏文管会、贺兰县文化局：《宁夏贺兰县宏佛塔清理简报》、《宁夏贺兰县拜寺口双塔勘测维修简报》，载《文物》1991年第8期；雷润泽、于存海、何继英：《西夏佛塔》，文物出版社1995年版，第183—193页。
(22) 董居安：《宁夏石坝发现墨书西夏文银器》，载《文物》1978年第12期。
(23) 马文宽、黄振华：《宁夏出土带梵字密宗器物考》，载《文物》1990第3期。
(24) 史金波：《西夏的藏传佛教》，载《中国藏学》2002年第1期。
(25) 王森：《西藏佛教发展史略》，中国社会科学出版社1987年版，第68—72页。
(26) (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第139页。
(27) (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第140页。
(28) 王森：《西藏佛教发展史略》，中国社会科学出版社1987年版，第104页。
(29) 王森：《西藏佛教发展史略》，中国社会科学出版社1987年版，第107页。
(30) 宿白：《张掖河流域13—14世纪的藏传佛教遗迹》，见《藏传佛教寺院考古》，文物出版社1996年版，第251—263页。
(31) 宿白：《敦煌莫高窟密教遗迹札记(下)》，载《文物》1989年第10期。
(32) 蒲文成：《青海藏传佛教寺院概述》，载《青海社会科学》1990年第5期。
(33) 详参蒲文成：《青海佛教史》，青海人民出版社2001年版，第79—115页。
(34) 王森：《西藏佛教发展史略》，中国社会科学出版社1987年版，第74页。
(35) 详参蒲文成：《青海佛教史》，青海人民出版社2001年版，第79—135页。
(36) 杨富学：《回鹘之佛教》，新疆人民出版社1998年版，第31页。
(37) (德)葛玛丽：《高昌回鹘王国(公元850—1250年)》，耿世民译，载《新疆大学学报》1980年第2期。
(38) 柳洪亮：《柏孜克里克石窟年代试探》，载《敦煌研究》1986年第3期。
(39) 《明史》卷329《西域传》。
(40) 1409年，宗喀巴在拉萨东北兴建甘丹寺，创立了格鲁派。1416年，宗喀巴的弟子扎希贝丹在拉萨西郊创建了哲蚌寺。1418年，宗喀巴的弟子释迦也失在拉萨北郊创建了色拉寺。1447年，宗喀巴的弟子根敦朱在日喀则附近创建了扎什伦布寺。甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺、扎什伦布寺是西藏黄教四大寺。
(41) 关于宗喀巴改革和格鲁派(黄教)的形成，详参王森《西藏佛教发展史略》附录一《宗喀巴传论》，中国社会科学出版社1987年版，第261—281页。
(42) (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第341页。
(43) (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第216页。
(44) 蒲文成：《青海佛教史》，青海人民出版社2001年版，第173—174页。
(45) 王森：《西藏佛教发展史略》，中国社会科学出版社1987年版，第175页。
(46) 即宗喀巴的弟子释迦也失，明宣德九年(1434年)被封为大慈法王。
(47) 王森：《西藏佛教发展史略》，中国社会科学出版社1987年版，第176页。
(48) (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第149页。
(49) (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第153—154页。
(50) (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第154页。
(51) (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第158页。
(52) 年治海、白更登：《青海藏传佛教寺院明鉴》，甘肃民族出版社1993年版，第43页。
(53) 堪布是讲经授戒的法师，义译为亲教师，通称住持。
(54) (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》第二编《拉卜楞大寺志及其传承世系》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版；蒲文成主编：《甘青藏传佛教寺院》，青海人民出版社1990年版，第507—522页。
(55) (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖，马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第62页。
(56) (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第63页。
(57) (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第60—80页；年治海、白更登：《青海藏传佛教寺院明鉴》，甘肃民族出版社1993年版，第122—126页。
(58) (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第106页。
(59) (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第106页。
(60) (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第199页。
(61) (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第201页。
(62) (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第203页。
(63) (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖，马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第312页。
(64) (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第317页。
(65) (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第332页。
(66) (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第621页。
(67) (清)智观巴·贡却平丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均，毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第620页。
(68) (清)智观巴·贡却乎丹巴饶吉：《安多政教史》，吴均、毛继祖、马世林译，甘肃民族出版社1989年版，第625页。
(69) 蒲文成主编：《甘青藏传佛教寺院》，青海人民出版社1990年版，第534页。
(70) 蒲文成主编：《甘青藏传佛教寺院》，青海人民出版社1990年版，第554、558、560页。
(71) 蒲文成主编：《甘青藏传佛教寺院》，青海人民出版社1990年版，第562页。
(72) 年治海、白更登主编：《青海藏传佛教寺院明鉴》，甘肃民族出版社1993年版，第110、142、138、139页。
(73) 年治海、白更登主编：《青海藏传佛教寺院明鉴》，甘肃民族出版社1993年版，第73、141、178页。
(74) 王森：《西藏佛教发展史略》，中国社会科学出版社1987年版，第177页。
(75) (苏)伊亚·兹拉特金：《准噶尔汗国史》，马曼丽译，商务印书馆1980年版，第160页。
(76) 翁干亦作翁衮，是蒙古人为神灵所塑的偶像，祈求神灵保佑，这种神灵崇拜是萨满教在蒙古的具体发展。
(77) 杜荣坤、白翠琴：《西蒙古史研究》，新疆人民出版社1986年版，第179—180页。
(78) 蔡家艺：《西藏黄教在厄鲁特蒙古的传播和发展》，见中国社会科学院民族研究所民族历史研究室编：《民族史论丛》第一辑，中华书局1987年版，第179—198页。
(79) 《卫藏通志》卷首《御制喇嘛说》。
(80) 《清高宗实录》卷491。
(81) 《清高宗实录》卷517。
(82) 《清高宗实录》卷678。
(83) 张羽新：《清朝统一新疆与喇嘛教》，载《世界宗教研究》1986年第2期。
(84) 《西域图志》卷47《御制安远庙瞻礼书事》。
(85) 《西域图志》卷37《御制伊犁将军奏土尔扈特汗渥巴锡率全部归顺诗以志事》。
(86) 《西陲要略》卷4《土尔扈特源流》。
(87) 巴赫：《准噶尔地区的黄教及其寺院研究》，载《新疆师范大学学报》1986年第1期。
(88) 库仑亦作库伦，意为“围成一圈的帐幕”，土尔扈特黄教寺庙的早期形式类似蒙古包，新疆蒙古人谓之为“库仑”。后来，新疆土(砖)木结构的黄教寺庙因之沿袭也多称“库仑”。
(89) 鄂博亦作“俄博”，是藏传佛教的一种活动场所，一般是在山头垒石成堆，内埋写有藏、梵文字的柏木牌以及各种吉祥物、粮食等物，石堆上插挂着哈达、羊毛或红布条的木杆以及木制箭或剑等物。藏传佛教信徒于一定时间在此点燃松柏树枝，供施食品，叫作“煨桑”；并顺时针徐步绕转，叫作“转廓拉”。
(90) (清)王树楠：《新疆礼俗志》，民国七年(1918年)铅印本，第14—16页。
