在古代西域古国中，于阗是一个有名的信奉佛教的国家。与龟兹国一样，于阗是丝绸之路佛教东渐的要道；但与龟兹国小乘佛教占统治地位不同的是，于阗国是大乘佛教的理论中心。
　　据《于阗授国记》记载，公元70年左右，来自克什米尔的高僧毗罗折那就来到了于阗弘法。于阗王尉迟胜继位后，还下旨立佛教为国教。当时，每年农历四月初一，于阗国就要举行行像仪式，也就是带有礼佛意味的狂欢大游行。那一天，于阗国都中的街道洒扫一新，城门高悬帷幕，张灯结彩。国王偕王后参加巡礼，举国出动，万人空巷。最受王室尊崇的瞿摩大寺赶着高三丈左右的像车走在游行队伍最前列。像车庄严神圣如同行宫，以僧幡盖顶，悬挂七宝，佛像立其中，一派金碧辉煌。像车距城门百步时，于阗国王要摘下王冠，穿着崭新的衣服，赤着双足，手持华香走出城门迎接佛像，焚香散花礼佛；佛像入城时，王后与宫女要在城楼抛撒花朵，一派五彩缤纷的景象。14座寺庙各行像一天，行像完毕后国王与王后才起驾回宫。在1500年前的于阗佛国，佛教徒们欢庆自己的节日其气势之宏伟，场面之壮观，持续时间之长，都是非常罕见的。因此说于阗是当时佛教的圣地之一并不为过。
　　公元9世纪末到13世纪初，新疆塔里木盆地西部及帕米尔高原以西以北地区，出现了一个以喀什噶尔为都城，由葱岭西回鹘联合其他民族建立起来的突厥地方政权，就是今天人们所说的喀喇汗王朝，又叫黑汗王朝。当时，喀喇汗人大多信奉佛教。
　　公元893年，喀喇汗王朝遭到了以“圣战”名义入侵的萨曼王朝的沉重打击，决定主动改信伊斯兰教，以使萨曼王朝没有继续侵略的口实。经过第三代汗王萨克图·博格拉汗以及其子穆萨·阿尔斯兰汗两代喀喇汗王的努力，喀喇汗王朝20万突厥游牧民皈依伊斯兰教。
　　穆萨·阿尔斯兰汗实现本国伊斯兰化，巩固了统治地位后，也像萨曼王朝一样开始了对外扩张。他将信奉佛教的于阗国定为征服的目标。于阗当时执政的是李氏家族，世代笃信佛教，对喀喇汗王朝强迫佛教徒改信伊斯兰教的做法非常不满，当喀什噶尔的佛教徒发动反抗强制改宗的暴动时，于阗对于受迫害和暴动失败的佛教徒给予了收留和庇护。这让喀喇汗王朝有了发动“圣战”的借口。
　　大约在公元962年，喀喇汗王朝发动了旨在征服于阗的“圣战”。在这次战争中，为了取得宋王朝和沙州政权的支持，李氏乇朝的使者不断往来于开封、敦煌和于阗之间，于阗国的3位王子也分赴沙州和开封，请求支援。宋朝因内部事务纷扰，没能从军事上对于阗国给予援助，只派了一个157人的佛教僧侣使团前往，以表示支持。幸好，于阗得到了高昌和吐蕃的全力支持与援助，占据了明显优势。经过历时8年的战争，于阗军队占领了喀喇汗王朝国都喀什噶尔，当地居民纷纷归顺，穆萨·阿尔斯兰汗战败后逃往中亚，他的宝物、妻子、大象、良马等都成了于阗军队的战利品。
　　占领喀什噶尔后，于阗王一边安抚百姓，树立傀儡政权，一边遣使向宋朝和吐蕃报告获胜消息，并送上所缴获的部分战利品。但好景不长，喀什噶尔很快又被喀喇汗王朝夺回。于阗与喀喇汗王朝再次陷入旷日持久的拉锯战状态。
　　战争中，喀喇汗王朝因为在于阗不能打开局面，便开始向西扩张，率领军队翻越葱岭攻打中亚的萨曼王朝。趁喀喇汗军西征的时机，于阗军队从背后发动了进攻。博格拉汗不得不挥师东返，仓促应战。结果，喀喇汗王朝汗王竟然在战争中战死。于阗军队乘机一鼓作气，出人意料地再度攻占了喀什噶尔。
　　喀喇汗王朝第十代汗王玉素甫·喀迪尔汗得到消息后，立即在撒马尔罕宣布即位。他招募了来自巴格达、波斯、印度及中亚的雇佣军，号称14万之众，很快收复了喀什噶尔，并继续向于阗展开猛攻。
　　于阗军队多处设防，顽强抵抗，但都被雇佣军相继击破。最终，雇佣军兵临于阗城下。无奈之下，于阗王决定投降，全国改信伊斯兰教。于阗将军乔克和努克拒绝改变信仰，率领一部分同样信仰坚定的军民向昆仑山退去。喀喇汗王朝的雇佣军不战而胜，顺利占领了于阗。
　　战争并没有就此结束。乔克和努克在昆仑山中与追击而来的喀喇汗雇佣军进行了殊死的搏斗。雇佣军来自远方，不熟悉昆仑山中的地形，常常不知方向，屡屡受到乔克和努克的袭击，伤亡惨重，士气空前低落。
　　在策勒一带的南部山区，双方又一次遭遇。战斗前，雇佣军为了鼓舞士气，举行了一次大型礼拜。于阗军队利用敌人做礼拜的机会突然发起攻击，雇佣军在做礼拜时没有带武器，又来不及备马，结果陷入一片混乱，四散奔逃。就这样，这批外国雇佣军被乔克和努克率领的军队彻底歼灭。这一次惨败，直接导致喀喇汗王朝在于阗的胜利化为泡影，不得不立即撤军。
　　几年后，喀喇汗王朝从失败的阴影中走出来，再度恢复了实力，相继向萨曼王朝和于阗国发起新一轮的进攻。喀喇汗王朝对萨曼王朝的战争最终以失败结束，但在于阗的战争取得了胜利，于阗国都再次被占领，喀喇汗王朝征服了于阗全境。
　　这一次战败，给于阗佛教带来了毁灭性的打击。于阗的佛教寺院被焚烧，佛像雕塑泥胎被毁坏，经卷文书散失殆尽，佛教僧侣大多被杀死，少数逃到了西藏和青海。于阗国从此被喀喇汗王朝兼并，不复存在了。
　　吞并了于阗国之后，喀喇汗王朝从于阗人那里知道了宋王朝的富庶、强大，深知于阗与中原王朝的关系源远流长，于阗受汉文化的影响根深蒂固。所以，在占领于阗后，立即从于阗向宋朝派去了进贡使团。有关喀喇汗王朝的文字记载第一次出现在中国史书中。
　　从此，于阗国开始了伊斯兰教和伊斯兰文化的新纪元。佛教在那里香火断绝，钟鼓噤声。隆盛1000多年的于阗佛教，终于在11世纪彻底败落了。