我国海外贸易历来有官方贸易与民间贸易两个渠道，宋元以来大有民间贸易重于官方贸易的趋势，但到了明代只重视有限的官方“朝贡贸易”，不发展民间贸易。由于长期实行严厉的海禁政策，违反客观规律，官逼民反，民间贸易不得不采取走私形式来进行，所以走私贸易便应运而生。
　　走私贸易在官方看来就是“海盗”、“海寇”，实际上商寇难分，《筹海图编》卷十一《叙倭原》中引唐枢的话说得好：“寇与商同是人也，市通则寇转而为商，市禁则商转而为寇。”关键在于是开海还是禁海，开则为商，禁则为寇；海禁愈严，走私愈烈；官方使用军事镇压，海商被迫进行武装对抗。明代以海上走私为目的的武装贸易集团的出现，在以往的历史上是很罕见的，也是特殊环境下的特殊产物。有明一代，可以说走私贸易贯穿始终，从未间断。
　　太祖朱元璋一再诏令，严禁交通外番，不得擅自出海与外国互市，凡番香、番货，皆不许贩。诸多禁令的同时，海盗反而猖獗。洪武六年(1373年)，占城国王入贡时，于途中遇上张汝原、林福等“海寇”，国王败之，获其舟20艘，苏木7万斤。洪武二十六年(1393年)，广东香山县三灶岛居民吴进添通番。永乐、宣德年间，海禁稍弛，私人海外贸易日渐增多。苏门答腊四方商贾辐辏，华人往者，以地远价高，获利倍他国。到了成化、弘治年间，便更活跃，豪门巨室间有乘巨舰贸易海外者。
　　嘉靖年间海禁最严，海盗亦最猖獗，仅以嘉靖十九年(1540年)来说，就有海商许松(许一)、许栋(许二)、许楠(许三)、许梓(许四)，徽州的王直(王五峰)、徐惟学(徐壁海)、叶宗满、谢和、方连助、李光头等，相继联*(左舟右宗)聚集在双屿为基地，南通南洋，东接日本，大规模经营海上走私贸易。胡霖、李剪船队往来双屿与南洋各地，贩运中国的丝绸、棉布和南洋的胡椒香料。甚至有沿海地区的官吏、士绅，依仗其政治权势参与海上走私贸易，进行庇护、窝藏、接应，保证走私贸易的顺利进行。有的民众因怨恨官府，不顾安危支持海盗，如万表的《海寇议前》就记：“杭州歇客之家，明知海贼，贪其厚利，任其堆货，且为打点护送。如铜钱用以铸铳，铅以为弹，硝以为火药，铁以制刀枪，皮以制甲。及布、帛、丝棉、油麻等物，大船护送，关津不查不问，明送盗贼。”更有甚者，连剿寇的军队，因对现实不满而率众哗变，与海盗合流。
　　隆庆以后，虽已开禁，但并非可以自由出海贸易了，仍有种种限制，如制其船只之多寡，严其往来之程限，定其贸易之货物，峻其夹带之典刑。可见对出海船数、航程、货物等等都有限制，当时规定海船止通东西二洋，不得往日本倭国。此时的东西二洋，已与明初不同，明初郑和下西洋时的“西洋”，是指广大印度洋水域，此时那里早已为西方殖民者控制，中国商船已不能问津了。明代后期律令：东洋若吕宋、苏禄诸国，西洋若交趾、占城、暹罗诸国。均在马六甲海峡以东的南洋地区，范围已相当狭窄，何况还不包括日本。再说对出海贸易的商船施以种种苛税和抽分，为抵制这些变相海禁，仍有不少私人商船进行走私贸易。
　　走私贸易是一种非法贸易，当然不能在正常的对外贸易港口活动，他们要生存、要发展就得找一些具有港口条件、交通便利、物产丰富的地方作为活动基地。顾炎武的《天下郡国利病书》中说得好：“滨海之民，惟利是视，走死地如鹜，往往至岛外瓯脱之地。”也就是说，必须找一些官方监管不到的地方，或在不为人注目的江口，或在离岸不远的海岛上。从而走私贸易港便应运而生，诸如浙江宁波港外舟山群岛中的双屿港，福建漳州附近的月港，粤东的潮州港、南澳岛等。
　　双屿港 现名双峙港，在今宁波市东南约50公里，是舟山群岛中六横岛与佛渡岛之间的一个港湾。港面由两对峙小岛呈八字形，故名双屿。这里为国家驱遣弃地，久无人烟，但地势险要，位置优越，为南北海上交通要道，系倭夷贡寇必由之路，正是进行走私活动的天然良港。初由海商许楠(许二)、王直等来此盘踞，自嘉靖二年(1523年)宁波市舶司因“争贡事件”而罢废后，这里便发展成为走私贸易港了。嘉靖五年(1526年)，邓獠招引葡萄牙人来双屿交易，从此葡萄牙殖民主义者开始入侵双屿港，以后便成了葡萄牙殖民主义者走私据点。嘉靖二十四年(1545年)，王直又勾引日本浪人来双屿进行走私贸易。葡萄牙人在六横岛上建立馆舍上千所，天主教堂两所，还有医院、市政厅等；设立一套市政机构。全岛仅有3000人，而葡萄牙人有1200人。嘉靖二十七年(1548年)，官兵一举捣毁该港，用木石筑塞了南北水口，彻底平毁了这个走私港。
　　漳州月港 月港在今福建龙海县海澄镇，地处闽南偏僻海隅，九龙江出海口，由此顺流向东出南港，经海门岛、圭屿、厦门岛出海，交通便利，港汊曲折，港湾环境优越，也是发展走私贸易的好地方。自景泰四年(1453年)后，民多货番，闽人通番，皆自漳州月港出洋。成化、弘治年间，朝贡贸易日衰，中外商船皆往漳州海面私自驻扎交易，这里有“小苏杭”之称，而广州市井反而萧条。正德以后这里海外贸易不仅超过福州，而且也超过了广州，成为当时最繁荣的外贸港口。葡萄牙、西班牙、日本等国商船纷至沓来，嘉靖二十年(1541年)仅葡萄牙商人居于漳州的就达500多人。隆庆以后，海禁开放，海外贸易更加发达，隆庆二年(1568年)福建重设市舶时，先设于漳州诏安县梅岭，隆庆六年(1572年)移至月港。月港至万历年间，月港已成为闽南一大都会，海外贸易中心之一，其海舶遍及东西洋各国，因地近吕宋，是太平洋上“丝绸之路”的重要起始港。可惜先天不足，港道水浅，难以适应海舶需要，明末便转向其外侧水深港阔的厦门港。
　　潮州港、南澳岛 这里地处闽粤交界处，为韩江出海口，唐宋时已有舟船继路，商使交属，明时这里诸多港湾悉皆通番。尤其是南澳岛，位于韩江口外，四面环海，素有潮汕屏障、闽粤咽喉之称。岛上港湾众多，位于岛西北的深澳天后宫，记为宋时番舶建，说明宋时已有异邦海舶来此停泊。有人记载，明初这里已为诸夷贡道所必经之地。严如煜的《洋防辑要》记：“嘉靖初，倭舶于此互市。既而倭自福建之浯屿移泊南澳，建屋而居。”说明当时南澳已是中外舶商进行民间贸易重要场所。潮州饶平柘林港为商舶臣舰往来之所，《读史方舆纪要》中记，明时暹罗、日本及海寇皆泊巨舰于此。饶平人陈栋冒险入海去暹罗、日本等国交易，自此日本商人方来华进行私人贸易。另有澄海人林道乾也于此率众数千，去交趾、安南、暹罗等地进行海外贸易。
　　明代由于长期实行海禁政策，只发展有限的朝贡贸易，沿海市舶受到种种限制，难以得到充分发展。随着官方贸易的衰退，沿海对外贸易大港也日渐衰落。相反，由于民间走私贸易不可遏止地蓬勃发展，沿海走私贸易港却日益兴盛起来。
　　明代浙江宁波市舶司是唯一接待日本勘合贸易的港口，到嘉靖二年(1523年)因发生“争贡事件”而被罢废。此时走私贸易日盛，宁波对岸海中双屿港已成走私贸易基地，集结中外商人万余人，停靠商舶千余艘。直至嘉靖二十七年(1548年)才被官军捣毁。隆庆以后虽已“开禁”，使宁波港得到了复苏，但对日贸易一直没有恢复，宁波港只是国内民间贸易的、南北货运转口贸易港而已。
　　福建泉州市舶司在明代只是对琉球贸易而已，由于港口条件不利，琉球贡使因图方便，改由福州，故在明中叶市舶也随之移入福州。而福州市舶毕竟对外贸易有限，难以发展；而这时期漳州月港却因走私贸易的活跃而兴盛起来，成为福建对外贸易的中心。到万历年间，已成为东南一大都会，一年得税二万余两，以充闽中兵饷。只是它属内河港口，出海必经河口厦门，故明末为天然良港厦门港所替代。
　　广州历来为我国对外贸易大港，明代也不例外，它是明代三大市舶司之一，而且它面对南洋，接待的国家最多，自泉州港衰退以后，它又恢复为全国第一大港。特别是嘉靖年间，浙江、福建两市舶司被撤销后，它便成了全国唯一对外贸易口岸，长期处于垄断地位。虽然粤东潮州港在民间走私贸易中得到发展，但广州依然保持它原有繁盛状态，即使在对墨西哥的太平洋上“丝绸之路”的“丝银贸易”中，它也发挥一定作用，向马尼拉提供大量丝绸和生丝。只是澳门被葡萄牙所占后，对广州的发展不无一定影响，葡人占取了欧洲与东洋的贸易，广州原来的对外贸易基本上为葡人所垄断，澳门已成为广州的外港，实际成了各国贸易中心。
　　明代海外贸易由盛转衰，我国港口发展也随之由盛转衰，代之而起的一些走私贸易港，虽有很大发展，但毕竟有限，只是起到对外交往中的“窗口”作用，不能替代以往贸易大港的“门户”地位。