1937年9月，陕甘宁边区政府成立后，于10月初发布命令，指出：“延安市为边区政府所在地，关于市政、公安、防空、消防、卫生、建设等工作极关重要。特根据市民要求，组织延安市政府，受本政府直接领导。兼任命马南风同志为延安市市长，刘护贫同志为延安市公安局局长。”新建的市政府机关驻城内凤凰山东麓(今市中医院后半山腰)一排土窑洞内。
    日本飞机轰炸延安城后，市政府开始在南关市场沟口南侧修建新址，竣工后即迁此，计有石窑洞10余孔及一部分房屋。建国后，是延安县委的办公地。
    延安市政府成立后，为加强对市区的统一管理，将全市分为东、南、西、北四个区。政府下设财政、民政、文教、建设四个科和公安局、地方法院。先后任过市长的有：
    第一任：马南风，1937年10月—1938年4月；
    第二任：高朗亭，1938年4月—1940年2月；
    第三任：高述先，1940年2月—1941年11月；
    第四任：李景林，1941年11月—1943年2月；
    第五任：曹力如(兼)1943年2月—1944年12月；
    第六任：马豫章，1944年12月—1945年10月；
    第七任：姚安吉(代)1945年10月—1946年5月；
    第八任：谢怀德，1946年5月—1947年6月。
    1949年2月，延安市撤销。1972年重新成立延安市。1997年，延安地区改为延安市，原延安市改为宝塔区。
    2001年，根据城建规划，在原市政府遗址处改建大楼。所存遗址被全部拆毁。