秦岭是我国南北方的分界线，是动物地理区划中东洋界与古北界的分界线，历来受到世界科学界的关注。秦岭山地也是我国与东亚地区暖温带和北亚热带生物多样性最为丰富的地区之一，虽然秦岭山地面积不足全国总面积的1%，然而生物多样性的丰富程度却在国内和东亚地区占有重要地位，秦岭山地是具有世界意义的生物基因库。

　　秦岭自然保护区群是秦岭生物多样性的精华所在，有着典型代表性，秦岭自然保护区群的植物资源丰富、起源古老、区系复杂，分布典型。这里既有华北、华中区系植物，也有东北和青藏高原地区植物，是我国南北植物的交会过渡地带。已知保护区群内有种子植物约2940种，占秦岭植物总数78.8%，苔藓植物311种，占秦岭总数82%，其中含世界性单种属植物37属，少种属植物60属，中国特有属植物23属，列为国家重点保护植物28种，在世界上具有特殊分布价值的独叶草曾引起国内外学者关注。分布在海拔3000米以上的太白红杉林，成为乔木树种分布最高界，它的自然分布不仅对涵养水源、保持水土起到作用，而且对研究第四纪冰川地貌、气候历史等方面有着重要意义。

　　在全球关注环境保护的今天，建立自然保护区的水平，自然保护区占国土面积的比例，已成为衡量一个国家和地区自然保护事业、社会文明与进步的一个重要标志。建立自然保护区是保护自然资源和自然环境，维护国家生态安全，促进精神文明，实现经济社会全面、协调、可持续发展，构建和谐社会的重要保障和有效措施，是保护生物多样性的重要基地，也是一个国家加强生态环境建设的一个支点。

　　为了更好地发挥秦岭重要的生态、经济和社会功能，我国自1965年起在陕西秦岭地区建立第一个自然保护区——太白山自然保护区之后，40多年来又先后在陕西、甘肃、河南三省的秦岭山区建立了周至、牛背梁、老县城、黑河湿地等几十个保护区。

　　甘肃境内的西秦岭从20世纪70年代后期先后建立了白水江自然保护区(1978年)、头二三滩自然保护区(1982年)、黑河自然保护区(1982年)、龙神沟自然保护区(1985年)、尖山自然保护区(1990年)、灵官峡自然保护区(1990年)、香山自然保护区(1992年)、裕河自然保护区(2002年)、鸡峰山自然保护区(2005年)等多个国家级、省级自然保护区。

　　河南、湖北境内的东秦岭地区，国家也相继建立了几十个自然保护区，著名的有河南伏牛山国家级自然保护区、河南董寨鸟类国家级自然保护区、河南连康山国家级自然保护区、董寨国家级自然保护区、信阳天目山国家级自然保护区、鸡公山国家级自然保护区、宝天曼国家级自然保护区、小秦岭国家级自然保护区等。这些自然保护区经过几十年的建设和保护，初步形成良好的生态环境，在秦岭的珍稀动植物保护、生态系统保护、科学研究等方面发挥了积极的作用，使国家重点珍稀动植物物种得到有效保护。

　　截至目前，仅陕西省的林业系统已经在秦岭山区建立自然保护区25个，其中：国家级保护区10个，省级保护区12个，还有3个已上报省政府待批省级保护区。