1937年1月13日，中共中央机关进驻延安后，组织部驻城内西山(也称凤凰山)下的凤凰村一个四合院内。院内有七八孔土窑洞，新任中组部部长陈云的办公室兼住所也在这里。组织部全部人员只有十余名。1938年11月20口，延安城遭到日本飞机轰炸时，有几枚炸弹就落在院子的后山上，炸开的黄土把窑洞埋了半截。为安全计，全机关一齐动手，连夜搬到了北门外小沟坪(后为中共中央党校驻地)的两排土窑洞里。
    从1938年底到1941年9月，中组部在原有干部科、地方工作科和秘书处的基础上，又新增设了交通工作科、党务委员会和总务处，干部人数也由10余人增加到50多人。同时制定了一系列规章制度，明确了内部的分工和各科、处的职责范围，工作逐渐步入正轨。
    1940年，中共驻共产国际代表任弼时回国后，为促进中央机关正规化建设，成立了中共中央办公厅，一些中央重要部门相继迁人中央委员会所在地杨家岭办公。1941年秋，中央组织部机关亦由小沟坪后山上搬到杨家岭沟口西边的半山坡上，与中央宣传部紧挨在一起。在中央实施的精兵简政中，中组部率先大精简，由五六个名干部减到13人，只剩下一个干部科和代管的中央党务委员会。事务性的工作并入中央办公厅。
    1943年，中央组织部再次搬到小沟坪中央党校的后山上。机关的行政性事务工作改由相邻的中央党校负责。一直担任副部长的李富春调任中央副秘书长兼办公厅主任。从此，中组部就没有再设副部长。陈云任中组部部长一直到1944年3月，中间一年多因病休息过一段，暂由彭真代理部长，主持组织部的工作。
    城内凤凰村、北郊小沟坪、杨家岭中央组织部遗址，仍保留有部分土窑洞。1999年左右，中共中央组织部专门拨了专款维修，恢复、开放了原中组部在杨家岭的遗址和陈云故居。