自距今1.2万～1万年前末次冰期结束以后，秦岭各植被带总体上处于上移过程，特别是在一些孤立的海拔达3000米左右的山峰之上，这一过程目前仍在进行中且基本未受人类活动的干扰，如佛坪自然保护区的光头山等。人类活动对秦岭植被的影响主要是在海拔2500米以下的地区。

　　据考证，秦岭山区森林的大规模减少，是自秦统一六国后，大量人口进入关中平原开始的。随着垦殖面积迅速增大，同时秦始皇大兴土木，掘北山之石，伐楚蜀之木，“蜀山兀，阿房出”，使秦岭森林遭受了一次大的破坏。西汉建都长安，仍用“实关中”的政策，人口稠密，有“关中之地于天下三分之一，而人众不过什三，然量其什居其六”的记载。但至唐朝时，终南山上的森林仍不时受到称道，山上树种繁多，百木争秀，山路两旁由于森林不断，仿佛成了青嶂，由山下望去“林霭阴闇，朝曦虽升，仍若昏夜”。至北宋时，终南山上的长林大竹和山下幽谷中的林泉胜景，还都脍炙人口。据当时文人墨客的记述，东部华山山麓人家散处绿竹之间，山上古祠罗列在松柏之中，山路曲折于林间，瀑布上悬于林梢，就是山下也是“树密鸟冲人”。但总体而言，为满足建筑和薪炭之用，“伐薪烧炭南山中”是普遍现象，因此唐宋时期秦岭的森林仍在继续缩小，长安附近诸山已无巨木可供采伐，而要远取之于岚州(今山西省西部，汾河上游的岚县)和岐陇一带，结果使岐山变成“有山秃如赭，有水浊如泔”的水土流失严重地区。这一时期，只有在交通不便的深山地区，大面积的天然林才得以保存下来。

　　秦岭南部自秦汉以来就是农业区，但只限于汉江盆地，宋代仍然是“邑舍稀疏殆若三家市”，大面积天然植被遭到破坏始于元末明初，明中叶以后流入旬阳山区的人数即达200万以上，毁林开荒非常严重。在明清时代，森林破坏的主要原因已不是政府有组织的大规模采伐，而是大量难民从四面八方拥入山区毁林开荒，以求生存。据《三省边防备览》记载，清乾隆时期，仅周至所管南山到洋县一路约100千米，“匠作佣工之人，不下数万”，可见当时毁林开荒规模之大。黑河流域上游的老林在1822年就已经退缩到老君岭，向南距分水岭仅20余千米，目前基本接近秦岭主脊。

　　民国以来，繁重的苛捐杂税又使许多百姓向林区迁移，导致浅山区森林植被破坏殆尽。而20世纪50年代到70年代，大炼钢铁，以粮为纲，使秦岭山区的森林又遭受了大规模地破坏。到20世纪70年代，秦岭山区已是“进山十里无柴，二十里无棍，三十里无椽，四十里无檩”，只有在交通不便的中高山区才残存着零星分布的天然林。此时秦岭的浅山地带已难以寻觅到大型动物踪迹，林麝、云豹、大鲵种群数量明显减少，而1964年农历五月初三秦岭最后一只华南虎在龙草坪公社被打死后，华南虎的踪迹就从秦岭永远消失了。同时，珍稀物种濒危度加剧，天麻、杜仲、厚朴、桃儿七等野生药用植物数量急骤减少。

　　若无干扰，植被具有自我恢复的能力，这一过程被称为恢复演替。在清光绪年间，由于秦巴山区阴雨连绵，高山冻害严重，庄禾不收，山民下移，秦岭部分地区的森林曾有所恢复，如佛坪县的东河与西河流域的蒸笼场、火地坝及龙潭子和观音山地区，在这些地区过去砍伐垦殖过的痕迹如大树残桩、石砌田埂、排水沟道等依然可见，森林多表现为中、幼龄林，并有较多的栎类萌生林。据调查了解，约50年前本区人口密度远较现在大得多，由现在少见人迹的观音山上宽阔的官道就可见一斑。20世纪80年代以来秦岭多个自然保护区相继成立以后，尤其是1998年天保工程、退耕还林工程、自然保护区建设工程实施以来，秦岭植被恶化得到了遏制，局部地区还得到了较好的恢复。

　　近年国家和地方政府对秦岭的生态保护投入了大量的人财物力。自1965年秦岭建立第一个自然保护区——太白山国家级自然保护区以来，陕西省共建立了30个自然保护区，其中秦岭有25个，总面积超过40多万公顷。在秦岭中段已建立完善的太白山、佛坪、周至、牛背梁、长青、老县城等自然保护区，构成了秦岭自然保护区群，对秦岭生态的维护和陕西省生态环境建设，尤其是对关中平原的经济发展、城市供水及保护生物多样性方面起着非常重要的作用。2007年陕西省人民政府发布《陕西省秦岭生态环境保护纲要》，这是继2001年国家环保总局将陕西秦岭确定为首批10个国家级生态功能保护区试点地区之一，2003年中共陕西省委、陕西省人民政府部署开展声势浩大的秦岭北麓生态环境综合整治工作之后，陕西省人民政府对秦岭生态环境保护工作采取的又一重大举措。

　　2008年，国家环境保护部和中国科学院共同研制的《全国生态功能区划》，将秦巴山区划为生态调节功能区中的水源涵养功能区，并提出具体保护要求。2009年，国家环境保护部与陕西省人民政府签署了《环境保护战略合作框架协议》，环保部将大力支持秦岭国家级生态功能保护区群的建设。这一切，都为秦岭生态系统的保护与修复提供了科学依据和法律保障。

　　2011年6月17日，随着西安市秦岭生态环境保护管理委员会办公室正式挂牌成立，西安市也吹响了秦岭生态保护的号角。为一座名山的生态环境保护成立专门机构，这在全国都是一个创新，这一举动标志着西安全面启动秦岭生态保护工作。