历史原因：古气候和古植物资料表明，在第四纪以前，秦岭中低山曾为典型亚热带气候，第四纪发生过数次山岳冰川，每次冰期来临，这里的热带、亚热带物种逐渐退却消失。在这种气候的漫长变化过程中，秦岭的亚热带植物的北侵南移和温带植物的南进北退反复交替，直到最后一次冰川消退，少数热带区系成分植物和许多亚热带区系成分植物及部分温带植物在局部优越的环境中定居生存下来，形成了一群本身起源时间古老、遗传保守性较强而不易适应变化环境边缘的物种。这些生长于边缘地带的植物常常表现出种群数量及质量的明显临界性和脆弱性。一遇到森林环境变迁、小气候恶化，这些植物就容易陷入濒危的境地。
濒危植物分布的生态“区域性”：秦岭现存的珍稀濒危植物的分布生态“区域性”较强，大多局限分布在小地形所形成的小气候的特殊优越环境之中，而且分布不连续，植株数量零散。对环境的适应以及抵抗外来不良因素的能力较弱，容易形成濒危状态。如华榛、连香树、水青树、金钱槭、水曲柳等，喜温暖湿润、土壤富含腐殖质的山沟和河溪两旁的林地环境；天麻、延龄草、狭叶瓶儿小草主要分布于森林林冠下或灌丛的阴湿无风、没有直射阳光的遮蔽环境等。有些物种目前在保护区中的数量还较多，如秦岭冷杉、天麻、领春木、野大豆等；而另一些种群在秦岭已是其分布的边缘地带，无论生活力或种群数量均较差，如红豆杉、香果树等本区为其分布的北缘。
人为因素：过去无节制的采伐和掠夺式经营利用，使得珍稀濒危植物生存的环境被破坏，种群数量不能及时恢复，这是造成珍稀植物面临濒危境地的重要原因。如由于单纯追求木材和林果产品的经济效益，大量砍伐天然森林，营造人工纯林，发展林果、药和油料树种，培植木耳、香菇，不合理的进行次生林改造等，造成林种经营单一化，自然植被逐渐消失；而长期以来无计划、无组织地采挖，使得天麻、红豆杉、青檀、杜仲等珍稀植物野生资源量急剧减少。
大秦岭——中国国家中央公园/谢伟主编.—西安：陕西旅游出版社，2012.9