秦岭植物的地理组成成分复杂多样，亚热带成分、温带成分、广布成分和中国特有成分都在秦岭汇集，其植物区系具有明显的原始性和过渡性，为人类及其他动物的生存、发展提供了重要的食物保障。根据研究资料的统计，秦岭地区有种子植物3446种，隶属198科1007属；藓类植物326种，隶属44科138属；蕨类植物311种，隶属36科85属。

　　秦岭地区种子植物中，最大的科是菊科(Asteraceae，355种)、禾本科(Gramineae，219种)和蔷薇科(Rosaceae，199种)。蔷薇科是我国温带地区植物区系和植被的特征科，也是秦岭地区植物区系和植物群落组成中的主要科，菊科和禾本科在秦岭崎岖的林下极为常见。具有100种以上的大科还有：豆科(Legumimosae)、毛茛科(Ranunculaceae)、莎草科(Cyperaceae)、唇形科(Labiatae)、伞形科(Umbelliferae)、百合科(Liliaceae)和兰科(Orchidaceae)。具60～100种的科：忍冬科(Caprifoliaceae)、杨柳科(Salicaceae)、玄参科(Scrophulariaceae)和虎耳草科(Saxifragaceae)；具有40～60种的科：蓼科(Polygnaceae)、十字花科(Cruciferae)、木犀科(Oleaceae)、小檗科(Berberidaceae)、石竹科(Caryophyllceae)和茜草科(Rubiaceae)。以上全部大科约含2139种，占秦岭地区全部植物区系的63.9%，其中中国特有种1041种，它们对该地区的植物区系和植被的构成起着十分重要的作用。而从属级单位的统计分析表明，秦岭地区有种子植物1007属、其中裸子植物23属、被子植物984属(双子叶植物783属，单子叶植物201属)。秦岭地区种子植物区系属的地理成分具有丰富的多样性，中国种子植物属一级的15种地理成分秦岭均有出现，表明秦岭植物区系与世界各地植物区系均有着不同程度的联系，但总体上以温带成分为主。